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- EMDB-44092: WT strain WT mycobacterial ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44092
タイトルWT strain WT mycobacterial ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis ribosome, WT strain WT
    • RNA: x 4種
    • タンパク質・ペプチド: x 45種
  • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードribosome / mycobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein S14, type Z ...Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / : / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein bS18B / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL34
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Chen Y / Young ID / Fraser JS / Javid B
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM133129 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Ribosomal RNA methylation by GidB is a capacitor for discrimination of mischarged tRNA
著者: Chen Y / Young ID / Fraser JS / Javid B
履歴
登録2024年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44092.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 648 pix.
= 539.784 Å		0.83 Å/pix.
x 648 pix.
= 539.784 Å		0.83 Å/pix.
x 648 pix.
= 539.784 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.968
最小 - 最大-9.463696499999999 - 17.420078
平均 (標準偏差)-0.0069929827 (±0.48748744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ648648648
Spacing648648648
セルA=B=C: 539.784 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44092_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_44092_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Mycobacterium smegmatis ribosome, WT strain WT

全体名称: Mycobacterium smegmatis ribosome, WT strain WT
要素
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis ribosome, WT strain WT
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14B
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS16
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS18B
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS20
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL25
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL27
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL28
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL10
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL32
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL33A
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 23S rRNA fragment
  • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS6
  • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Mycobacterium smegmatis ribosome, WT strain WT

超分子名称: Mycobacterium smegmatis ribosome, WT strain WT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4, #7-#51
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 490.12675 KDa
配列文字列: UUUGGAGAGU UUGAUCCUGG CUCAGGACGA ACGCUGGCGG CGUGCUUAAC ACAUGCAAGU CGAACGGAAA GGCCCUUUCG GGGGUACUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGGGU GAUCUGCCCU GCACUUUGGG AUAAGCCUGG GAAACUGGGU C UAAUACCG ...文字列:
UUUGGAGAGU UUGAUCCUGG CUCAGGACGA ACGCUGGCGG CGUGCUUAAC ACAUGCAAGU CGAACGGAAA GGCCCUUUCG GGGGUACUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGGGU GAUCUGCCCU GCACUUUGGG AUAAGCCUGG GAAACUGGGU C UAAUACCG AAUACACCCU GCUGGUCGCA UGGCCUGGUA GGGGAAAGCU UUUGCGGUGU GGGAUGGGCC CGCGGCCUAU CA GCUUGUU GGUGGGGUGA UGGCCUACCA AGGCGACGAC GGGUAGCCGG CCUGAGAGGG UGACCGGCCA CACUGGGACU GAG AUACGG CCCAGACUCC UACGGGAGGC AGCAGUGGGG AAUAUUGCAC AAUGGGCGCA AGCCUGAUGC AGCGACGCCG CGUG AGGGA UGACGGCCUU CGGGUUGUAA ACCUCUUUCA GCACAGACGA AGCGCAAGUG ACGGUAUGUG CAGAAGAAGG ACCGG CCAA CUACGUGCCA GCAGCC(G7M)CGG UAAUACGUAG GGUCCGAGCG UUGUCCGGAA UUACUGGGCG UAAAGAGCUC GU AGGUGGU UUGUCGCGUU GUUCGUGAAA ACUCACAGCU UAACUGUGGG CGUGCGGGCG AUACGGGCAG ACUAGAGUAC UGC AGGGGA GACUGGAAUU CCUGGUGUAG CGGUGGAAUG CGCAGAUAUC AGGAGGAACA CCGGUGGCGA AGGCGGGUCU CUGG GCAGU AACUGACGCU GAGGAGCGAA AGCGUGGGGA GCGAACAGGA UUAGAUACCC UGGUAGUCCA CGCCGUAAAC GGUGG GUAC UAGGUGUGGG UUUCCUUCCU UGGGAUCCGU GCCGUAGCUA ACGCAUUAAG UACCCCGCCU GGGGAGUACG GCCGCA AGG CUAAAACUCA AAGGAAUUGA CGGGGGCCCG CACAAGCGGC GGAGCAUGUG GAUUAAUUCG AUGCAACGCG AAGAACC UU ACCUGGGUUU GACAUGCACA GGACGCCGGC AGAGAUGUCG GUUCCCUUGU GGCCUGUGUG CAGGUGGUGC AUGGCUGU C GUCAGCUCGU GUCGUGAGAU GUUGGGUUAA GUCCCGCAAC GAGCGCAACC CUUGUCUCAU GUUGCCAGCA CGUUAUGGU GGGGACUCGU GAGAGACUGC CGGGGUCAAC UCGGAGGAAG GUGGGGAUGA CGUCAAGUCA UCAUGCCCCU UAUGUCCAGG GCUUCACAC AUGCUACAAU GGCCGGUACA AAGGGCUGCG AUGCCGUGAG GUGGAGCGAA UCCUUUCAAA GCCGGUCUCA G UUCGGAUC GGGGUCUGCA ACUCGACCCC GUGAAGUCGG AGUCGCUAGU AAUCGCAGAU CAGCAACGCU GCGGUGAAUA CG UUCCCGG GCCUUGUACA CACCGCCCGU CACGUCAUGA AAGUCGGUAA CACCCGAAGC CGGUGGCCUA ACCCUUGUGG AGG GAGCCG UCGAAGGUGG GAUCGGCGAU UGGGACGAAG UCGUAACAAG GUAGCCGUAC CGGAAGGUGC GGCUGGAUC

GENBANK: GENBANK: CP082846.1

+
分子 #20: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 20 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 985.538625 KDa
配列文字列: AAGUGUUUAA GGGCGCAUGG UGGAUGCCUU GGCACUGGGA GCCGAUGAAG GACGUAGGAG GCUGCGAUAA GCCUCGGGGA GCUGUCAAC CGAGCGUUGA UCCGAGGAUG UCCGAAUGGG GAAACCCGGC ACGAGUGAUG UCGUGUCACC AGGCGCUGAA U AUAUAGGC ...文字列:
AAGUGUUUAA GGGCGCAUGG UGGAUGCCUU GGCACUGGGA GCCGAUGAAG GACGUAGGAG GCUGCGAUAA GCCUCGGGGA GCUGUCAAC CGAGCGUUGA UCCGAGGAUG UCCGAAUGGG GAAACCCGGC ACGAGUGAUG UCGUGUCACC AGGCGCUGAA U AUAUAGGC GUCUGGGGGG AACGCGGGGA AGUGAAACAU CUCAGUACCC GUAGGAAGAG AAAACAAAAU GUGAUUCCGU GA GUAGUGG CGAGCGAAAG CGGAGGAUGG CUAAACCGUA UGCAUGUGAU ACCGGGUAGG GGUUGUGUGU GCGGGGUUGU GGG ACCUAU CUUUCCGGCU CUACCUGGCU GGAGGGCAGU GAGAAAAUGU UGUGGUUAGC GGAAAUGGCU UGGGAUGGCC UGCC GUAGA CGGUGAGAGC CCGGUACGUG AAAACCCGAC GUCUGUCUUG AUGGUGUUCC CGAGUAGCAG CGGGCCCGUG GAAUC UGCU GUGAAUCUGC CGGGACCACC CGGUAAGCCU GAAUACUUCC CAGUGACCGA UAGCGGAUUA GUACCGUGAG GGAAUG GUG AAAAGUACCC CGGGAGGGGA GUGAAAGAGU ACCUGAAACC GUGCGCUUAC AAUCCGUCAG AGCCCUCGAC GUGUCGU GG GGUGAUGGCG UGCCUUUUGA AGAAUGAGCC UGCGAGUCAG GGACAUGUCG CGAGGUUAAC CCGGGUGGGG UAGCCGCA G CGAAAGCGAG UCUGAAUAGG GCGUAUCCAC ACAAGAGUGU GUGGUGUAGU GGUGUGUUCU GGACCCGAAG CGGAGUGAU CUACCCAUGG CCAGGGUGAA GCGCGGGUAA GACCGCGUGG AGGCCCGAAC CCACUUAGGU UGAAGACUGA GGGGAUGAGC UGUGGGUAG GGGUGAAAGG CCAAUCAAAC UCCGUGAUAG CUGGUUCUCC CCGAAAUGCA UUUAGGUGCA GCGUCGCAUG U UUCUUGCC GGAGGUAGAG CUACUGGAUG GCCGAUGGGC CCCACAGGGU UACUGACGUC AGCCAAACUC CGAAUGCCGG UA AGUCCAA GAGUGCGGCA GUGAGACGGC GGGGGAUAAG CUCCGUGCGU CGAGAGGGAA ACAGCCCAGA UCGCCGGCUA AGG CCCCUA AGCGUGUGCU AAGUGGAAAA GGAUGUGCAG UCGCGAAGAC AACCAGGAGG UUGGCUUAGA AGCAGCCACC CUUG AAAGA GUGCGUAAUA GCUCACUGGU CAAGUGAUUG UGCGCCGAUA AUGUAGCGGG GCUCAAGCAC ACCGCCGAAG CCGCG GCAG CCAACGUGUU GGCUGGGUAG GGGAGCGUCC UGCAUCCGGU GAAGCCGCCG AGUGAUCGAG UGGUGGAGGG UGUGGG AGU GAGAAUGCAG GCAUGAGUAG CGAUUAGGCA AGUGAGAACC UUGCCCGCCG AAAGACCAAG GGUUCCUGGG CCAGGCC AG UCCGCCCAGG GUGAGUCGGG ACCUAAGGCG AGGCCGACAG GCGUAGUCGA UGGACAACGG GUUGAUAUUC CCGUACCC G UGUAUGUGCG UCCAUGAUGA AUCAGCGGUA CUAACCAUCC AAAACCACCG UGACCGCACC UUUCGGGGUG UGGCGUUGG UGGGGCUGCA UGGGACCUUC GUUGGUAGUA GUCAAGCGAU GGGGUGACGC AGGAAGGUAG CCGUACCGGU CAGUGGUAAU ACCGGGGUA AGCCUGUAGG GAGUCAGAUA GGUAAAUCCG UCUGGCAUAU AUCCUGAGAG GUGAUGCAUA GCCGAGUGAG G CGAAUUCG GUGAUCCUAU GCUGCCGAGA AAAGCCUCUA GCGAGGACAU ACACGGCCCG UACCCCAAAC CAACACAGGU GG UCAGGUA GAGAAUACUA AGGCGUACGA GUGAACUAUG GUUAAGGAAC UCGGCAAAAU GCCCCCGUAA CUUCGGGAGA AGG GGGACC CACAUGGCGU GUAAGCCUUU ACGGCCCAAG CGUGAGUGGG UGGCACAAAC CAGUGAGAAG CGACUGUUUA CUAA AAACA CAGGUCCGUG CGAAGUCGCA AGACGAUGUA UACGGACUGA CGCCUGCCCG GUGCUGGAAG GUUAAGAGGA CCCGU UAAC UCCCUUUGGG GGUGAAGCGG AGAAUUUAAG CCCCAGUAAA CGGCGGUGGU AACUAUAACC AUCCUAAGGU AGCGAA AUU CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCUGCACGAA UGGCGUAACG ACUUCUCAAC UGUCUCAACC AUAGACUCGG CGAAAUU GC ACUACGAGUA AAGAUGCUCG UUACGCGCGG CAGGACGAAA AGACCCCGGG ACCUUCACUA CAACUUGGUA UUGGUGCU C GAUCGUAUUG GGCCUCUAAC CUCGGACCGU AUAUCCGGUU CAGGGACAGU GCCUGGUGGG UAGUUUAACU GGGGCGGUU GCCUCCUAAA AUGUAACGGA GGCGCCCAAA GGUUCCCUCA ACCUGGACGG CAAUCAGGUG UUGAGUGUAA GUGCACAAGG GAGCUUGAC UGCGAGACGG ACAUGUCGAG CAGGGACGAA AGUCGGGACU AGUGAUCCGG CACCUCUGAG UGGAAGGGGU G UCGCUCAA CGGAUAAAAG GUACCCCGGG GAUAACAGGC UGAUCUUCCC CAAGAGUCCA UAUCGACGGG AUGGUUUGGC AC CUCGAUG UCGGCUCGUC GCAUCCUGGG GCUGGAGCAG GUCCCAAGGG UUGGGCUGUU CGCCCAUUAA AGCGGCACGC GAG CUGGGU UUAGAACGUC GUGAGACAGU UCGGUCUCUA UCCGCCGCGC GCGUCAGAAG CUUGAGGAAA CCUGUCCCUA GUAC GAGAG GACCGGGACG GACGAACCUC UGGUAUACCA GUUGUCCCAC CAGGGGCACG GCUGGAUAGC CACGUUCGGA CAGGA UAAC CGCUGAAAGC AUCUAAGCGG GAAACCUCUU CCAAGACCAG GCUUCUCACC CUCUAGGAGG GAUAAGGCCC CCCGCA GAC CACGGGAUUG AUAGACCAGA CCUGGAAGCC UAGUAAUAGG UGCAGGGAAC UGGCACUAAC CGGCCGAAAA CUUAC

+
分子 #21: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 21 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 38.061816 KDa
配列文字列:
GUUACGGCGG UCCAUAGCGG CAGGGAAACG CCCGGUCCCA UCCCGAACCC GGAAGCUAAG CCUGCCAGCG CCGAUGAUAC UACCCAUCC GGGUGGAAAA GUAGGACACC GCCGAACAC

GENBANK: GENBANK: X55251.1

+
分子 #51: 23S rRNA fragment

分子名称: 23S rRNA fragment / タイプ: rna / ID: 51 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 26.249521 KDa
配列文字列:
ACGGUUUGUG UAGGAUAGGU GGGAGACUGU GAAGCUCACA CGCCAGUGUG GGUGGAGUCG UUGUUGAAAU ACCACUCUGA U

GENBANK: GENBANK: AB011184.1

+
分子 #2: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 23.61715 KDa
配列文字列: GQKINPHGFR LGITTEWKSR WYADKQYKDY VKEDVAIRKL LATGLERAGI ADVEIERTRD RVRVDIHTAR PGIVIGRRGT EADRIRADL EKLTGKQVQL NILEVKNPES QAQLVAQGVA EQLSNRVAFR RAMRKAIQSA MRQPNVKGIR VQCSGRLGGA E MSRSEFYR ...文字列:
GQKINPHGFR LGITTEWKSR WYADKQYKDY VKEDVAIRKL LATGLERAGI ADVEIERTRD RVRVDIHTAR PGIVIGRRGT EADRIRADL EKLTGKQVQL NILEVKNPES QAQLVAQGVA EQLSNRVAFR RAMRKAIQSA MRQPNVKGIR VQCSGRLGGA E MSRSEFYR EGRVPLHTLR ADIDYGLYEA KTTFGRIGVK VWIYKGDIVG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 23.28459 KDa
配列文字列: ARYTGPATRK SRRLGVDLVG GDQSFEKRPY PPGQHGRARI KESEYRQQLQ EKQKARFSYG VMEKQFRRYY EEANRQPGKT GDNLLRILE SRLDNVVYRA GLARTRRMAR QLVSHGHFLV NGVKVDIPSY RVSQYDIIDV KEKSLNTLPF QIARETAGER P IPSWLQVV ...文字列:
ARYTGPATRK SRRLGVDLVG GDQSFEKRPY PPGQHGRARI KESEYRQQLQ EKQKARFSYG VMEKQFRRYY EEANRQPGKT GDNLLRILE SRLDNVVYRA GLARTRRMAR QLVSHGHFLV NGVKVDIPSY RVSQYDIIDV KEKSLNTLPF QIARETAGER P IPSWLQVV GERQRILVHQ LPERAQIDVP LTEQLIVELY SK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #4: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 18.481439 KDa
配列文字列:
NYIERVVSIN RVSKVVKGGR RFSFTALVIV GDGKGMVGVG YGKAKEVPAA IAKGVEEARK NFFRVPLIGS TITHPVQGEA AAGVVMLRP ASPGTGVIAG GAARAVLECA GVHDILAKSL GSDNAINVVH ATVAALKLLQ RPEEVAARRG LPIEDVAPAG M LKARRESE ALAAAAAREG SA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein bS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 10.991637 KDa
配列文字列:
MRPYEIMVIL DPTLDERTVA PSLETFLNVI RKDGGTVDKV DIWGRRRLAY EIAKHAEGIY AVIDVKAEPA TVSELDRQLN LNESVLRTK VLRTDKH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 17.52918 KDa
配列文字列:
PRKGPAPKRP LVNDPVYGSQ LVTQLVNKVL LEGKKSLAER IVYGALEQAR EKTGTDPVVT LKRALDNVKP ALEVRSRRVG GATYQVPVE VRPDRSTTLA LRWLVNFSRQ RREKTMVERL ANEILDASNG LGASVKRRED THKMAEANRA FAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 14.361442 KDa
配列文字列:
TMTDPIADFL TRLRNANSAY HDEVTLPHSK LKANIAEILK REGYISDYRT EDARVGKSLV VQLKYGPSRE RSIAGLRRVS KPGLRVYAK STNLPRVLGG LGVAIISTSS GLLTDRQAAR QGVGGEVLAY VW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 14.093392 KDa
配列文字列:
PIQTVGRRKE AVVRVRLVPG TGQFNLDGRT LENYFPNKVH QQLIKAPLVT VDRVDQFDIY AHLDGGGPSG QAGALRLAIA RALILVQPE DRPALKKAGF LTRDPRAIER KKYGLKKARK APQYSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 11.252039 KDa
配列文字列:
GQKIRIRLKA YDHEAIDASA RKIVETVTRT GASVVGPVPL PTEKNVYCVI RSPHKYKDSR EHFEMRTHKR LIDILDPTPK TVDALMRID LPASVDVNIQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 12.151729 KDa
配列文字列:
KNVPHGAAHI KSTFNNTIVS ITDPQGNVIA WASSGHVGFK GSRKSTPFAA QLAAENAARK AQEHGVKKVD VFVKGPGSGR ETAIRSLQA AGLEVGTISD VTPQPHNGCR PPKRRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 13.678093 KDa
配列文字列:
PTIQQLVRKG RRDKIAKVKT AALKGSPQRR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VARVKLTSQV EVTAYIPGEG HNLQEHSMVL VRGGRVKDL PGVRYKIIRG SLDTQGVKNR KQARSRYGAK KEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 13.374481 KDa
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ARLVGVDLPR DKRMEIALTY IYGIGRTRSN EILAATGIDK NMRTKDLTDD QVTVLRDYIE GNLKVEGDLR REVQADIRRK IEIGCYQGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPKRTI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS14B

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
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AKKALVHKAN KKPKFAVRAY TRCNKCGRPH SVYRKFGLCR ICLREMAHAG ELPGVQKSSW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14B

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 10.2369 KDa
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ALTAEQKKEI LGQYGLHDTD TGSPEAQVAL LTKRIQDLTE HLKVHKHDHH SRRGLLLLVG RRRRLLKYVA QVDVARYRSL IERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein bS16

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 10.837609 KDa
配列文字列:
AVKIKLTRLG KIRNPQYRII VADARTRRDG RAIEVIGRYH PKEEPSLIQI DSERAQYWLG VGAQPTEPVL ALLKITGDWQ KFKGLPGAE GTLKVKE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 10.680461 KDa
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QKGPKYTPAA EKPRGRRKTA IGYVVSDKMQ KTIVVELEDR KSHPLYGKII RTTKKVKAHD ENGEAGIGDR VSLMETRPLS ATKRWRLVE ILEKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein bS18B

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS18B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
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配列文字列:
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18B

+
分子 #18: Small ribosomal subunit protein bS20

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
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配列文字列:
ANIKSQIKRI RTNERRRLRN QSVKSSLRTA IRGFREAVDA GDKDKASELL HATSRKLDKA ASKGVIHPNQ AANKKSALAL ALNKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 25.576547 KDa
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MAVVTMKQLL DSGAHFGHQT RRWNPKMKRF IFTDRNGIYI IDLQQTLTYI DKAYEFVKET VAHGGTVLFV GTKKQAQESI AEEATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFSTVHK RLQRLKELEA MEQTGGFEGR TKKEILMLTR EKNKLERSLG GIRDMQKVPS A VWVVDTNK EHIAVGEARK LGIPVIAILD TNCDPDVVDY PIPGNDDAIR SAALLTKVIA SAVAEGLQAR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #22: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
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GIRKYKPTTP GRRGASVSDF AEITRSTPEK SLVRPLHGKG GRNAHGRITT RHKGGGHKRA YRVIDFRRHD KDGVNAKVAH IEYDPNRTA NIALLHYLDG EKRYIIAPQG LKQGDVIESG ANADIKPGNN LPLRNIPAGT VIHAVELRPG GGAKLARSAG V SIQLLGKE GTYAALRMPS GEIRRVDVRC RATVGEVGNA EQSNINWGKA GRMRWKGKRP TVRGVVMNPV DHPHGGGEGK TS GGRHPVS PWGKPEGRTR KPNKPSDKLI VRRRRTGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 22.621902 KDa
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ARKGILGTKL GMTQVFDENN KVVPVTVVKA GPNVVTRIRT TERDGYSAVQ LAYGEISPRK VIKPVAGQFA AAGVNPRRHV AELRLDDEA AVAEYEVGQE LTAEIFSDGA YVDVTGTSKG KGFAGTMKRH GFRGQGAAHG AQAVHRRPGS IGGCATPGRV F KGTRMSGR MGNDRVTTQN LKVHKVDAEN GVLLIKGAIP GRNGGLVVVR SAIKRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #24: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 22.346301 KDa
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TLKVDVKTPA GKTDGSVELP AELFDVEPNI ALMHQVVTAQ LAAKRQGTHS TKTRGEVSGG GKKPYRQKGT GRARQGSTRA PQFTGGGTV HGPKPRDYSQ RTPKKMIAAA LRGALSDRAR NDRIHAVTEL VEGQTPSTKS AKTFLGTLTE NKKVLVVIGR T DEVGAKSV RNLPGVHVIS PDQLNTYDVL NADDVVFSVE ALNAYISANS K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #25: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 20.588701 KDa
配列文字列:
KALPRLKQRY REEIREALQQ EFNYANVMQI PGVVKVVVNM GVGDAARDAK LINGAINDLA LITGQKPEVR RARKSIAQFK LREGMPIGA RVTLRGDRMW EFLDRLISIA LPRIRDFRGL SPKQFDGTGN YTFGLNEQSM FHEIDVDSID RPRGMDITVV T TATNDAEG RALLRALGFP FKEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 19.165934 KDa
配列文字列:
SRIGKQPVPV PSGVDVTING QNLSVKGPKG TLTLDVAEPI SVSRAEDGAI VVTRPDDERR SRSLHGLSRT LIANLVTGVT EGYTQKMEI FGVGYRVQLK GQNLEFALGY SHPVLIEAPE GITFAVESPT KFSVSGIDKQ KVGQISAVIR RLRRPDPYKG K GVRYEGEQ IRRKVGKT

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein uL11

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 14.109185 KDa
配列文字列:
LIKLQIQAGQ ANPAPPVGPA LGQHGVNIME FCKAYNAATE SQRGNVIPVE ITVYEDRSFT FALKTPPAAK LLLKAAGVQK GSGEPHKTK VAKVTWDQVR EIAETKKADL NANDIDAAAK IIAGTARSMG ITVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 16.015493 KDa
配列文字列:
PTYTPKAGDT TRSWYVIDAS DVVLGRLASA AATLLRGKHK PTFTPNVDGG DFVIVINADK IAVSGDKLTK KFAYRHSGYP GGLRKRTIG ELLEKHPTRV VENAIIGMLP HNKLGRQIQK KLKVYAGPDH PHAAQQPIPF EIKQVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 13.400625 KDa
配列文字列:
MIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RADGSYIKFD ENAAVIIKN DNDPRGTRIF GPVGRELREK KFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 15.383968 KDa
配列文字列:
VIKLHDLKPA PGEKKAKTRV GRGEGSKGKT AGRGTKGTKA RKNVPVMFEG GQMPIHMRLP KLKGFKNRFR TEYQVVNVGD INKAFPQGG TVGVDELVAK GLVRKNSLVK VLGDGKLTVK VDVTANKFSG SAREAITAAG GSATEL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #31: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 15.498937 KDa
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPEQRGI ASGGTSVSFG DYGIQALEHA YITNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP DEKTARDALT RAIHKLPIKA RIVTREE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #32: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 13.210346 KDa
配列文字列:
PKPTKGPRLG GSSSHQSALL ANLATSLFEH GRIKTTEPKA RALRPYAEKL ITHAKKGALH NRREVMKKIR DKDVVHTLFA EIGPFYADR NGGYTRIIKV ENRKGDNAPM AVIELVREK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #33: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 13.580531 KDa
配列文字列:
AHKPVGQNIS EVRRNARLRR HARLRKKVAG TAEVPRLVVN RSARHIHVQL VNDLNGTTLA AASSIEADVR AIDGDKKAHS VRVGQLIAE RAKAAGVETV VFDRGGYTYG GRIAALADAA REAGLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #34: Large ribosomal subunit protein bL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 12.892806 KDa
配列文字列:
MNTLDFVDQA SLRDDIPTFS PGDTVNVHVK VIEGSKERIQ VFKGVVIRRQ GGGISETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIDVLTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #35: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 14.035175 KDa
配列文字列:
ARVKRALNAQ KKRRTVLKAS KGYRGQRSRL YRKAKEQQLH SLTYAYRDRR ARKGEFRKLW ISRINAAARA NDITYNRLIQ GLKAAGVEV DRKNLAELAV SDPAAFTALV DVARAALPED VNAPS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #36: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 10.72444 KDa
配列文字列:
TYAIVKTGGK QYKVAAGDVV KVEKLDSEPG ASVSLPVALV VDGANVTSKA DDLAKVAVTA EVLEHTKGPK IRIHKFKNKT GYHKRQGHR QQLTVLKVTG I

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 12.408192 KDa
配列文字列:
EFPSATAKAR YVRVSATKAR RVIDLVRGKS VEEALDILRW APQAASEPVA KVIASAAANA QNNEGLDPST LVVATVYADE GPTAKRIRP RAQGRAFRIR KRTSHITVIV ESRPP

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #38: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 10.748448 KDa
配列文字列:
ATITDPRDII LAPVISEKSY GLIEDNVYTF VVHPDSNKTQ IKIAIEKIFD VKVDSVNTAN RQGKRKRTRT GFGKRKSTKR AIVKLAAGS KPIDLFGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #39: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 10.455173 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLVAYPDR NKVLVEGVNR IKKHTAVSGG IVTQEAPIHV SNVMVVDSDG KPTRVGYRID DETGKKVRI AKTNGKDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #40: Large ribosomal subunit protein bL25

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 20.331725 KDa
配列文字列: TANIPNKLTA NVRTRTGKGA SRQARRDGKV PAVLYGHGTD PQHLELNARD FAAVLRSHGT NAILTLDIEG TEQLALTKAL DVHPIRRNI QHADLLVVQR GEKVTVEVTV LVEGDATPGT LVTQDANTIE IEAEALSIPE QLTVSVEGVE AGTQITAGQI S LPEGVNLI ...文字列:
TANIPNKLTA NVRTRTGKGA SRQARRDGKV PAVLYGHGTD PQHLELNARD FAAVLRSHGT NAILTLDIEG TEQLALTKAL DVHPIRRNI QHADLLVVQR GEKVTVEVTV LVEGDATPGT LVTQDANTIE IEAEALSIPE QLTVSVEGVE AGTQITAGQI S LPEGVNLI SDPELLVVNV VEAPSAEALE EEGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #41: Large ribosomal subunit protein bL27

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 8.322479 KDa
配列文字列:
SSSRNGRDSA AQRLGVKRFG GQVVKAGEIL VRQRGTHFHP GVNVGRGGDD TLFALAPGAV EFGAKRGRKT VNIVPVARP

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #42: Large ribosomal subunit protein bL28

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 6.75982 KDa
配列文字列:
AAVCDICGKG PGFGKSVSHS HRRTSRRWNP NIQPVRAVTR PGGNKQRINA CTSCIKAGKV SRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #43: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 7.590576 KDa
配列文字列:
GTTPGELREL TDDELKDKLR ESKEELFNLR FQMATGQLSN NRRLRTVRQE IARVYTVLRE RELG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #44: Large ribosomal subunit protein uL10

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 13.095021 KDa
配列文字列:
MAKADKATAV ADIAEQFKAS TATVVTEYRG LTVANLAELR RALGDSATYT VAKNTLVKRA ASEAGIEGLD ELFAGPTAIA FVKGEAVDA AKAIKKFAKD NKALVIKGGY MDGKALSVAD VEKIADL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #45: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 6.761772 KDa
配列文字列:
AELKITQVRS TIGARWKQRE SLRTLGLKKI RQSVVREDNA QTRGLINTVH HLVEVEEVG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #46: Large ribosomal subunit protein bL32

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 6.050149 KDa
配列文字列:
AVPKRRMSRA NTRSRRAQWK AEAPGLVTVS VAGQQRKVPR RLLKAARLGL VDLD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #47: Large ribosomal subunit protein bL33A

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL33A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 5.833775 KDa
配列文字列:
DVRPKITLAC EVCKHRNYIT KKNRRNDPDR LEIKKFCPNC GTHQPHKES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

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分子 #48: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 5.391384 KDa
配列文字列:
AKGKRTFQPN NRRRARVHGF RLRMRTRAGR AIVANRRSKG RRALTA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #49: Large ribosomal subunit protein bL35

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 7.16731 KDa
配列文字列:
PKAKTHSGAS KRFRRTGTGK IVRQKANRRH LLEHKPTKRT RRLDGRTTVS AADNSRINKL LNG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
分子量理論値: 4.341277 KDa
配列文字列:
MKVNPSVKPI CDKCRVIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #52: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 624 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #53: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 気圧: 2.2 kPa / 詳細: 15 mA positive charge
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.2 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9030 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 901.165 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. development) / 使用した粒子像数: 1466881
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. development)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. development)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. development)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5o60

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5o5j

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9b1y:
WT strain WT mycobacterial ribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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