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- EMDB-44081: Urate bound human URAT1 in the inward-facing state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44081
タイトルUrate bound human URAT1 in the inward-facing state
マップデータ
試料
  • 複合体: Urate bound human URAT1 in the inward-facing state
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: URIC ACID
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードSLC transporter / SLC22A family / uric acid / inward facing / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / urate transport / renal urate salt excretion / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding ...Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / urate transport / renal urate salt excretion / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding / brush border membrane / cellular response to insulin stimulus / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Dai Y / Lee CH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143282 米国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Transport mechanism and structural pharmacology of human urate transporter URAT1.
著者: Yaxin Dai / Chia-Hsueh Lee /
要旨: Urate is an endogenous product of purine metabolism in the liver. High urate levels in the blood lead to gout, a very common and painful inflammatory arthritis. Excreted urate is reabsorbed in the ...Urate is an endogenous product of purine metabolism in the liver. High urate levels in the blood lead to gout, a very common and painful inflammatory arthritis. Excreted urate is reabsorbed in the kidney mainly by URAT1 antiporter, a key target for anti-gout drugs. To uncover the mechanisms of urate transport and drug inhibition, we determined cryo-EM structures of human URAT1 with urate, counter anion pyrazinoate, or anti-gout drugs of different chemotypes - lesinurad, verinurad, and dotinurad. We captured the outward-to-inward transition of URAT1 during urate uptake, revealing that urate binds in a phenylalanine-rich pocket and engages with key gating residues to drive the transport cycle. In contrast to the single binding site for urate, pyrazinoate interacts with three distinct, functionally relevant sites within URAT1, a mechanism that has not yet been observed in other anion antiporters. In addition, we found that while all three drugs compete with substrates and halt the transport cycle, verinurad and dotinurad further hijack gating residues to achieve high potency. These insights advance our understanding of organic anion transport and provide a foundation for designing improved gout therapeutics.
履歴
登録2024年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44081.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44081.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 384 pix.
= 249.216 Å		0.65 Å/pix.
x 384 pix.
= 249.216 Å		0.65 Å/pix.
x 384 pix.
= 249.216 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.649 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-1.2061383 - 1.8837736
平均 (標準偏差)0.00082806643 (±0.032307137)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 249.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44081_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44081_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Urate bound human URAT1 in the inward-facing state

全体名称: Urate bound human URAT1 in the inward-facing state
要素
  • 複合体: Urate bound human URAT1 in the inward-facing state
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: URIC ACID
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: Urate bound human URAT1 in the inward-facing state

超分子名称: Urate bound human URAT1 in the inward-facing state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 22 member 12

分子名称: Solute carrier family 22 member 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.257402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FSELLDLVGG LGRFQVLQTM ALMVSIMWLC TQSMLENFSA AVPSHRCWAP LLDNSTAVST SLSPEALLAI SIPPGPNQRP HQCRRFRQP QWQLLDPNAT ATSWSEADTE PCVDGWVYDR SIFTSTIVAK WNLVCDSHAL KPMAQSIYLA GILVGAAACG P ASDRFGRR ...文字列:
FSELLDLVGG LGRFQVLQTM ALMVSIMWLC TQSMLENFSA AVPSHRCWAP LLDNSTAVST SLSPEALLAI SIPPGPNQRP HQCRRFRQP QWQLLDPNAT ATSWSEADTE PCVDGWVYDR SIFTSTIVAK WNLVCDSHAL KPMAQSIYLA GILVGAAACG P ASDRFGRR LVLTWSYLQM AVMGTAAAFA PAFPVYCLFR FLLAFAVAGV MMNTGTLLME WTAARARPLV MTLNSLGFSF GH GLTAAVA YGVRDWTLLQ LVVSVPFFLC FLYSWWLPES ARWLIIKGKP DQALQELRKV ARINGHKEAK NLTIEVLMSS VKE EVASAK EPRSVLDLFC VPGLRFRTCI STLCWFAFGF TFFGLALDLQ ALGSNIFLLQ MFIGVVDIPA KMGALLLLSH LGRR PTLAA SLLLAGLCIL ANTLVPHEMG ALRSALAVLG LGGVGAAFTC ITIYSSELFP TVLRMTAVGL GQMAARGGAI LGPLV RLLG VHGPWLPLLV YGTVPVLSGL AALLLPETQS LPLPDTIQDV QNQAVKKATH GTLGNSVLKS TQF

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 12

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: URIC ACID

分子名称: URIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: URC
分子量理論値: 168.11 Da
Chemical component information

ChemComp-URC:
URIC ACID / 尿酸

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分子 #4: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 72.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 171602
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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