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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Circularly Permuted 50S Ribosomal Subunit Assembly Intermediate - CP63 Class D | ||||||||||||
![]() | Class D CP63 50S Ribosomal Intermediate | ||||||||||||
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![]() | 50S subunit / assembly intermediate / RNA-protein complex / ribosome | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å | ||||||||||||
![]() | Dong X / Sheng K / Williamson JR | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Assembly of Bacterial Ribosome with Circularly Permuted rRNA 著者: Dong X / Sheng K / Williamson JR / Gebert L / Aiyer S / Lyumkis D | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 91.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 98.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 173.3 MB 173.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 ( |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Class D CP63 50S Ribosomal Intermediate | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Class D CP63 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 2
ファイル | emd_43853_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Class D CP63 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Class D CP63 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 1
ファイル | emd_43853_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Class D CP63 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate
全体 | 名称: CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate |
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要素 |
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-超分子 #1: CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate
超分子 | 名称: CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Most of the sucrose was removed by spin concentration. | ||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 microliter of the sample was added.. | ||||||||||||||||||
詳細 | The in vitro assembled large ribosomal subunit was purified by sucrose gradient and was spin-concentrated in a 100 kDa MW-cutoff filter. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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詳細 | In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data were acquired using tilts ranging at -20 degrees. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2277 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |