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万見
- EMDB-43795: CryoEM structure of AMETA-A3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43795
タイトルCryoEM structure of AMETA-A3
マップデータ
試料
  • 複合体: Adaptive Multi-Epitope Targeting and Avidity-Enhanced (AMETA) Nanobody Platform
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIgM / nanobody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


hexameric IgM immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / dimeric IgA immunoglobulin complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / pre-B cell allelic exclusion / IgM immunoglobulin complex ...hexameric IgM immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / dimeric IgA immunoglobulin complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / pre-B cell allelic exclusion / IgM immunoglobulin complex / glomerular filtration / CD22 mediated BCR regulation / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of respiratory burst / humoral immune response / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / blood microparticle / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / innate immune response / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin heavy constant mu
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Huang W / Sang Z / Taylor D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133841 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Adaptive multi-epitope targeting and avidity-enhanced nanobody platform for ultrapotent, durable antiviral therapy.
著者: Yufei Xiang / Jialu Xu / Briana L McGovern / Anna Ranzenigo / Wei Huang / Zhe Sang / Juan Shen / Randy Diaz-Tapia / Ngoc Dung Pham / Abraham J P Teunissen / M Luis Rodriguez / Jared Benjamin ...著者: Yufei Xiang / Jialu Xu / Briana L McGovern / Anna Ranzenigo / Wei Huang / Zhe Sang / Juan Shen / Randy Diaz-Tapia / Ngoc Dung Pham / Abraham J P Teunissen / M Luis Rodriguez / Jared Benjamin / Derek J Taylor / Mandy M T van Leent / Kris M White / Adolfo García-Sastre / Peijun Zhang / Yi Shi /
要旨: Pathogens constantly evolve and can develop mutations that evade host immunity and treatment. Addressing these escape mechanisms requires targeting evolutionarily conserved vulnerabilities, as ...Pathogens constantly evolve and can develop mutations that evade host immunity and treatment. Addressing these escape mechanisms requires targeting evolutionarily conserved vulnerabilities, as mutations in these regions often impose fitness costs. We introduce adaptive multi-epitope targeting with enhanced avidity (AMETA), a modular and multivalent nanobody platform that conjugates potent bispecific nanobodies to a human immunoglobulin M (IgM) scaffold. AMETA can display 20+ nanobodies, enabling superior avidity binding to multiple conserved and neutralizing epitopes. By leveraging multi-epitope SARS-CoV-2 nanobodies and structure-guided design, AMETA constructs exponentially enhance antiviral potency, surpassing monomeric nanobodies by over a million-fold. These constructs demonstrate ultrapotent, broad, and durable efficacy against pathogenic sarbecoviruses, including Omicron sublineages, with robust preclinical results. Structural analysis through cryoelectron microscopy and modeling has uncovered multiple antiviral mechanisms within a single construct. At picomolar to nanomolar concentrations, AMETA efficiently induces inter-spike and inter-virus cross-linking, promoting spike post-fusion and striking viral disarmament. AMETA's modularity enables rapid, cost-effective production and adaptation to evolving pathogens.
履歴
登録2024年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43795.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 360 pix.
= 480.96 Å		1.34 Å/pix.
x 360 pix.
= 480.96 Å		1.34 Å/pix.
x 360 pix.
= 480.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.336 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.42750067 - 1.1630119
平均 (標準偏差)-0.000014534355 (±0.018678684)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 480.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43795_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43795_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adaptive Multi-Epitope Targeting and Avidity-Enhanced (AMETA) Nan...

全体名称: Adaptive Multi-Epitope Targeting and Avidity-Enhanced (AMETA) Nanobody Platform
要素
  • 複合体: Adaptive Multi-Epitope Targeting and Avidity-Enhanced (AMETA) Nanobody Platform
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Adaptive Multi-Epitope Targeting and Avidity-Enhanced (AMETA) Nan...

超分子名称: Adaptive Multi-Epitope Targeting and Avidity-Enhanced (AMETA) Nanobody Platform
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu

分子名称: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.152266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSRGVPHIVM VDAYKRYKGG GGSIDTTIAE LPPKVSVFVP PRDGFFGNPR KSKLICQATG FSPRQIQVSW LREGKQVGSG VTTDQVQAE AKESGPTTYK VTSTLTIKES DWLGQSMFTC RVDHRGLTFQ QNASSMCVPD QDTAIRVFAI PPSFASIFLT K STKLTCLV ...文字列:
GSRGVPHIVM VDAYKRYKGG GGSIDTTIAE LPPKVSVFVP PRDGFFGNPR KSKLICQATG FSPRQIQVSW LREGKQVGSG VTTDQVQAE AKESGPTTYK VTSTLTIKES DWLGQSMFTC RVDHRGLTFQ QNASSMCVPD QDTAIRVFAI PPSFASIFLT K STKLTCLV TDLTTYDSVT ISWTRQNGEA VKTHTNISES HPNATFSAVG EASICEDDWN SGERFTCTVT HTDLPSPLKQ TI SRPKGVA LHRPDVYLLP PAREQLNLRE SATITCLVTG FSPADVFVQW MQRGQPLSPE KYVTSAPMPE PQAPGRYFAH SIL TVSEEE WNTGETYTCV VAHEALPNRV TERTVDKSTG KPTLYNVSLV MSDTAGTCY

UniProtKB: Immunoglobulin heavy constant mu

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分子 #2: Immunoglobulin J chain

分子名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.225762 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MKNHLLFWGV LAVFIKAVHV KAQEDERIVL VDNKCKCARI TSRIIRSSED PNEDIVERNI RIIVPLNNRE NISDPTSPLR TRFVYHLSD LCKKCDPTEV ELDNQIVTAT QSNICDEDSA TETCYTYDRN KCYTAVVPLV YGGETKMVET ALTPDACYPD H HHHHHHH

UniProtKB: Immunoglobulin J chain

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 34.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 233181
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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