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- EMDB-43746: Plasmodium falciparum 20S proteasome bound to an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43746
タイトルPlasmodium falciparum 20S proteasome bound to an inhibitor
マップデータPlasmodium falciparum 20S proteasome bound with inhibitor
試料
  • 複合体: Plasmodium falciparum 20S proteasome bound with an inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 1種
キーワードMalaria / Plasmodium falciparum / proteasome / drug discovery / CYTOSOLIC PROTEIN / CYTOSOLIC PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Neutrophil degranulation / proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / hydrolase activity / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2, putative / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta type-6, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type ...Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2, putative / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta type-6, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-1, putative / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Han Y / Deng X / Ray S / Chen Z / Phillips M
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI103947 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI155784 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007062 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP220582 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Identification of potent and reversible piperidine carboxamides that are species-selective orally active proteasome inhibitors to treat malaria.
著者: Aloysus Lawong / Suraksha Gahalawat / Sneha Ray / Nhi Ho / Yan Han / Kurt E Ward / Xiaoyi Deng / Zhe Chen / Ashwani Kumar / Chao Xing / Varun Hosangadi / Kate J Fairhurst / Kyuto Tashiro / ...著者: Aloysus Lawong / Suraksha Gahalawat / Sneha Ray / Nhi Ho / Yan Han / Kurt E Ward / Xiaoyi Deng / Zhe Chen / Ashwani Kumar / Chao Xing / Varun Hosangadi / Kate J Fairhurst / Kyuto Tashiro / Glen Liszczak / David M Shackleford / Kasiram Katneni / Gong Chen / Jessica Saunders / Elly Crighton / Arturo Casas / Joshua J Robinson / Leah S Imlay / Xiaoyu Zhang / Andrew Lemoff / Zhiyu Zhao / Iñigo Angulo-Barturen / María Belén Jiménez-Díaz / Sergio Wittlin / Simon F Campbell / David A Fidock / Benoît Laleu / Susan A Charman / Joseph M Ready / Margaret A Phillips /
要旨: Malaria remains a global health concern as drug resistance threatens treatment programs. We identified a piperidine carboxamide (SW042) with anti-malarial activity by phenotypic screening. Selection ...Malaria remains a global health concern as drug resistance threatens treatment programs. We identified a piperidine carboxamide (SW042) with anti-malarial activity by phenotypic screening. Selection of SW042-resistant Plasmodium falciparum (Pf) parasites revealed point mutations in the Pf_proteasome β5 active-site (Pfβ5). A potent analog (SW584) showed efficacy in a mouse model of human malaria after oral dosing. SW584 had a low propensity to generate resistance (minimum inoculum for resistance [MIR] >10) and was synergistic with dihydroartemisinin. Pf_proteasome purification was facilitated by His-tag introduction onto β7. Inhibition of Pfβ5 correlated with parasite killing, without inhibiting human proteasome isoforms or showing cytotoxicity. The Pf_proteasome_SW584 cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure showed that SW584 bound non-covalently distal from the catalytic threonine, in an unexplored pocket at the β5/β6/β3 subunit interface that has species differences between Pf and human proteasomes. Identification of a reversible, species selective, orally active series with low resistance propensity provides a path for drugging this essential target.
履歴
登録2024年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43746.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43746.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Plasmodium falciparum 20S proteasome bound with inhibitor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.039390597 - 0.07876851
平均 (標準偏差)0.0003770189 (±0.0052817473)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_43746_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_43746_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium falciparum 20S proteasome bound with an inhibitor

全体名称: Plasmodium falciparum 20S proteasome bound with an inhibitor
要素
  • 複合体: Plasmodium falciparum 20S proteasome bound with an inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome endopeptidase complex
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome endopeptidase complex
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome endopeptidase complex
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3, putative
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6, putative
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
  • リガンド: (3S)-1-[(2-fluoroethoxy)acetyl]-N-{[(4P)-4-(6-methylpyridin-3-yl)-1,3-thiazol-2-yl]methyl}piperidine-3-carboxamide

+
超分子 #1: Plasmodium falciparum 20S proteasome bound with an inhibitor

超分子名称: Plasmodium falciparum 20S proteasome bound with an inhibitor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 750 KDa

+
分子 #1: Proteasome endopeptidase complex

分子名称: Proteasome endopeptidase complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 29.531656 KDa
配列文字列: MVRPSQSMYD RHLTIFSPDG NLYQIEYAIK AVKNTNITSV GVKGENCAVI ISQKKMATQY ISQDKLLDYN NITNIYNITD EIGCSMVGM PGDCLSMVYK ARSEASEFLY SNGYNVNAET LCRNICDKIQ VYTQHAYMRL HACSGMIIGI DENNKPELFK F DPSGFCAG ...文字列:
MVRPSQSMYD RHLTIFSPDG NLYQIEYAIK AVKNTNITSV GVKGENCAVI ISQKKMATQY ISQDKLLDYN NITNIYNITD EIGCSMVGM PGDCLSMVYK ARSEASEFLY SNGYNVNAET LCRNICDKIQ VYTQHAYMRL HACSGMIIGI DENNKPELFK F DPSGFCAG YRACVIGNKE QESISVLERL LEKRKKKIQQ ETIDEDIRNT TILAIEALQT ILAFDLKASE IEVAIVSTKN RN FTQISEK EIDNYLTYIA ERD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6, putative

+
分子 #2: Proteasome endopeptidase complex

分子名称: Proteasome endopeptidase complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 26.556391 KDa
配列文字列: MADGEYSFSL TTFSPTGKLV QIEYALNRVS SSSPALGIRA KNGVIIATEK KSPNELIEEN SIFKIQQISE HIGIVYAGMP GDFRVLLKR ARKEAIRYSL QYGSEILVKE LVKIIASIVQ EFTQTGGVRP FGLSLLICGV DVYGYHLYQI DPSGCYFNWM A TCVGKDYQ ...文字列:
MADGEYSFSL TTFSPTGKLV QIEYALNRVS SSSPALGIRA KNGVIIATEK KSPNELIEEN SIFKIQQISE HIGIVYAGMP GDFRVLLKR ARKEAIRYSL QYGSEILVKE LVKIIASIVQ EFTQTGGVRP FGLSLLICGV DVYGYHLYQI DPSGCYFNWM A TCVGKDYQ NNMSFLEKRY NKDIEIEDAI HTAILTLKES YEGVLNEKNI EIGVAYDNKP FKILTQNEIK DYLIEIE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2, putative

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 27.443037 KDa
配列文字列: MARRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYALEAINN ASITIGLITK DGVILGADKV FISKLIDKAN NYEKIYKIDK HIFCGVAGLN ADANILINQ SRLYAQRYLY NYNEVQPVSQ LVVQICDIKQ SYTQYGGLRP YGVSFLIGGY DTKDGYQLYH TDPSGNYSGW F ATAIGTNN ...文字列:
MARRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYALEAINN ASITIGLITK DGVILGADKV FISKLIDKAN NYEKIYKIDK HIFCGVAGLN ADANILINQ SRLYAQRYLY NYNEVQPVSQ LVVQICDIKQ SYTQYGGLRP YGVSFLIGGY DTKDGYQLYH TDPSGNYSGW F ATAIGTNN LTASSVLKQE WKNDMTLEEG LLLALKTLAK STDTEIPKSE KIELAYLTNK DGEVYQKYLT EKEIEELIKL YT QK

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 27.263285 KDa
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MSYDRAITVF SPDGHLLQVE HALEAVKKGG CAVAIKSSNF AVLAVEKKNI PKLQNPKTTE KLIKLDEHNC LAFAGLNADA RVLVNKTRL ECQRYYLNMD EPAPVDYIAK YVAKVQQKFT HRGGVRPFGI ATLIAGFKNN KEICIYQTEP SGIYAAWKAQ A IGKNAKIV QEFLEKNYQE NMEQKDCIFL ALKAIFEVVE LSSKNVEVAL LTEKDLTFIE EQEINSMVEL IDQERTKNNE QN E

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 28.417367 KDa
配列文字列: MFSTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYALGA IKLGSTAVGI CVNDGVILAS ERRISSTLIE KDSVEKLLSI DDHIGCAMSG LMADARTLI DYARVECNHY KFIYNENINI KSCVELISEL ALDFSNLSDS KRKKIMSRPF GVALLIGGVD KNGPCLWYTE P SGTNTRFS ...文字列:
MFSTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYALGA IKLGSTAVGI CVNDGVILAS ERRISSTLIE KDSVEKLLSI DDHIGCAMSG LMADARTLI DYARVECNHY KFIYNENINI KSCVELISEL ALDFSNLSDS KRKKIMSRPF GVALLIGGVD KNGPCLWYTE P SGTNTRFS AASIGSAQEG AELLLQENYK KDMTFEQAEI LALTVLRQVM EDKLSTSNVE ICAIKKSDQT FYKYNTDDIS RI IDVLPSP VYPTIDMTA

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

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分子 #6: Proteasome endopeptidase complex

分子名称: Proteasome endopeptidase complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 28.871697 KDa
配列文字列: MYRNLYDTDN IIYSPEGRLY QVEYASEAIK QGTCAVAIKS KDYVVVSGLK KCISKLSFPQ EKIFKIDDYI GISMSGITSD AKVLTKFMQ NECLSHKFLY NENINIESLV RSVADKYQKN TQKSSKRAFG VGLMIAAYHN EPCIFETRPN GSYFEYDALS F GARSHASK ...文字列:
MYRNLYDTDN IIYSPEGRLY QVEYASEAIK QGTCAVAIKS KDYVVVSGLK KCISKLSFPQ EKIFKIDDYI GISMSGITSD AKVLTKFMQ NECLSHKFLY NENINIESLV RSVADKYQKN TQKSSKRAFG VGLMIAAYHN EPCIFETRPN GSYFEYDALS F GARSHASK TYLEKNLHLF EECSLEELIL HCLKALKCSL SSESELTISN TALAVVGKNH PWQEISSLQL EEYLSKVKMD AE QEQVEEN VQNEANE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1, putative

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-3, putative

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 29.324295 KDa
配列文字列: MAGLSAGYDL SVSTFSPDGR LYQVEYIYKS INNNNTALCL ECKDGIICCC INSNMDKNKM IKKNSYNRIY HVNNNIIITY SGFDGDARN IIDRARSEAN TYYYNFHTNI PLHILVNRIS LYIHAYTLYW HMRPFAASII ISSFNEKDKG DIYCIEPNGA C YKYSGIVI ...文字列:
MAGLSAGYDL SVSTFSPDGR LYQVEYIYKS INNNNTALCL ECKDGIICCC INSNMDKNKM IKKNSYNRIY HVNNNIIITY SGFDGDARN IIDRARSEAN TYYYNFHTNI PLHILVNRIS LYIHAYTLYW HMRPFAASII ISSFNEKDKG DIYCIEPNGA C YKYSGIVI GKNKEMFKTE IEKKDYKDIN VRDAIEDIYK FILTSDDHMN KNNLQNLVNF SWICKESSYE FQNIHEEILT PA LNKAVEY IEKLN

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3, putative

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分子 #8: Proteasome subunit beta type-6, putative

分子名称: Proteasome subunit beta type-6, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 29.143936 KDa
配列文字列: TTIIGIIYDN GVMLACDSRT SSGTFISNKC SRKINRINEN LYVCRSGASA HSQKIIEIIK HYCVSMKNEN RKKGRFHEGE TIYDETTYD EEIDIDSINY LDYNNNNDNN LVTKNKYFYE DKFNDYNPLV ENVAHITKKI IYTNNNFLSC ALIFGGYDKI K KQQLYAVN ...文字列:
TTIIGIIYDN GVMLACDSRT SSGTFISNKC SRKINRINEN LYVCRSGASA HSQKIIEIIK HYCVSMKNEN RKKGRFHEGE TIYDETTYD EEIDIDSINY LDYNNNNDNN LVTKNKYFYE DKFNDYNPLV ENVAHITKKI IYTNNNFLSC ALIFGGYDKI K KQQLYAVN LNGSIIEKHD FAVSGSGSIY IQSYLQDKYK KFMTKKECFN LILNCVKYAM HNDNSSGGLI RIVNITKSFV EE FTVVNTQ MNFQY

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-6, putative

+
分子 #9: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 25.104885 KDa
配列文字列: TTICGLVCQN AVILGADTRA TEGPIVADKN CSKLHYISKN IWCAGAGVAG DLEHTTLWLQ HNVELHRLNT NTQPRVSMCV SRLTQELFK YQGYKVCAIV LGGVDVNGPQ LYGIHPHGSS CLLPFTALGS GSLNAMAVLE AKYRDNMTIE EGKNLVCEAI C AGIFNDLG ...文字列:
TTICGLVCQN AVILGADTRA TEGPIVADKN CSKLHYISKN IWCAGAGVAG DLEHTTLWLQ HNVELHRLNT NTQPRVSMCV SRLTQELFK YQGYKVCAIV LGGVDVNGPQ LYGIHPHGSS CLLPFTALGS GSLNAMAVLE AKYRDNMTIE EGKNLVCEAI C AGIFNDLG SGGNVDICVI TKDSYQHIRP YKEPNMRLYH LPHPTIYPKG TTPILSEKIE YIKKFISVED A

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #10: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 24.533131 KDa
配列文字列: MGSIYNYNGG CVLGMSGSNC VAIACDLRLG ANTFTTVSTK FSKIFKMNNN VYVGLSGLAT DIQTLYEILR YRVNLYEVRQ DAEMDVECF ANMLSSILYS NRFSPYFVNP IVVGFKLKHY VDEEGEKKVN YEPYLTAYDL IGAKCETRDF VVNGVTSEQL F GMCESLYV ...文字列:
MGSIYNYNGG CVLGMSGSNC VAIACDLRLG ANTFTTVSTK FSKIFKMNNN VYVGLSGLAT DIQTLYEILR YRVNLYEVRQ DAEMDVECF ANMLSSILYS NRFSPYFVNP IVVGFKLKHY VDEEGEKKVN YEPYLTAYDL IGAKCETRDF VVNGVTSEQL F GMCESLYV KDQDENGLFE TISQCLLSAL DRDCISGWGA EVLVLTPEKI IKKKLKARMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #11: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 22.889105 KDa
配列文字列: MDTLIGLRGN NFVVLAADTY SINSIIKLKN DDNTKFYDIH GNKCLLLGGS IGDRLQFGEF IRKNVHLYQY QNNTDMFVKS FAFFTRKNL AYYLRRNPFE VNCLIAGYDK KDGYQLYWCD YLSNMDSVNK GAHGYGAYLV SAILDKYYHE NLTVDEALDI F KLCFEELK ...文字列:
MDTLIGLRGN NFVVLAADTY SINSIIKLKN DDNTKFYDIH GNKCLLLGGS IGDRLQFGEF IRKNVHLYQY QNNTDMFVKS FAFFTRKNL AYYLRRNPFE VNCLIAGYDK KDGYQLYWCD YLSNMDSVNK GAHGYGAYLV SAILDKYYHE NLTVDEALDI F KLCFEELK KRFLLTQINY ELRIMYDNKV ETQYVTV

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #12: Proteasome subunit beta type

分子名称: Proteasome subunit beta type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 23.620646 KDa
配列文字列: TTTLAFKFKD GIIVAVDSRA SMGSFISSQN VEKIIEINKN ILGTMAGGAA DCLYWEKYLG KIIKIYELRN NEKISVRAAS TILSNILYQ YKGYGLCCGI ILSGYDHTGF NMFYVDDSGK KVEGNLFSCG SGSTYAYSIL DSAYDYNLNL DQAVELARNA I YHATFRDG ...文字列:
TTTLAFKFKD GIIVAVDSRA SMGSFISSQN VEKIIEINKN ILGTMAGGAA DCLYWEKYLG KIIKIYELRN NEKISVRAAS TILSNILYQ YKGYGLCCGI ILSGYDHTGF NMFYVDDSGK KVEGNLFSCG SGSTYAYSIL DSAYDYNLNL DQAVELARNA I YHATFRDG GSGGKVRVFH IHKNGYDKII EGEDVFDLHY HYTNPEQKDQ YVM

UniProtKB: Proteasome subunit beta

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分子 #13: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13
詳細: tag was introduced using the CRISPR/Cas9 system at the endogenous locus
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 33.155211 KDa
組換発現生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
配列文字列: MTLGPVVTGT SVIAIKYKHG IMIAADRKAS YGSYAKFQNV ERIFKINNKT VMGFSGELAD AQYLHELLTR KNINNLSEKK RKEDMYTPQ HYHSYVSRVF YVRKNRIDPL FNNIIIAGIN SQKYDNNDDN VLLYTNKNND DEQNEYKNNE EYKEIHKDDL Y IGFVDMHG ...文字列:
MTLGPVVTGT SVIAIKYKHG IMIAADRKAS YGSYAKFQNV ERIFKINNKT VMGFSGELAD AQYLHELLTR KNINNLSEKK RKEDMYTPQ HYHSYVSRVF YVRKNRIDPL FNNIIIAGIN SQKYDNNDDN VLLYTNKNND DEQNEYKNNE EYKEIHKDDL Y IGFVDMHG TNFCDDYITT GYARYFALTL LRDHYKDNMT EEEARILINE CLRILYFRDA TSSNFIQIVK VTSKGVEYEE PY ILPCVLN SADYVYPSTL LPPAGCMWGS GSENLYFQGH HHHHHHH

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #14: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 27.301203 KDa
配列文字列: MDLILYNDNL TEKKTEKENV IEHGRGFKRW YPYIDNGGTV IGLTGKDYVI LAADTRLSLS YSIYTRFCPK ISKLTDKCII GSSGMQSDI KTLHSLLQKK IQLFVLEHSH YPDIHVIARL LCVILYSRRF FPYYAFNILA GVDENNKGVL YNYDSVGSYC E ATHSCVGS ...文字列:
MDLILYNDNL TEKKTEKENV IEHGRGFKRW YPYIDNGGTV IGLTGKDYVI LAADTRLSLS YSIYTRFCPK ISKLTDKCII GSSGMQSDI KTLHSLLQKK IQLFVLEHSH YPDIHVIARL LCVILYSRRF FPYYAFNILA GVDENNKGVL YNYDSVGSYC E ATHSCVGS GSQLILPILD NRVEQKNQLI KNTNFNLGDD INFVKDAITS ATERDIYTGD KTLIYVIDKM GINVNTLDLK QD

UniProtKB: Proteasome subunit beta

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分子 #15: (3S)-1-[(2-fluoroethoxy)acetyl]-N-{[(4P)-4-(6-methylpyridin-3-yl)...

分子名称: (3S)-1-[(2-fluoroethoxy)acetyl]-N-{[(4P)-4-(6-methylpyridin-3-yl)-1,3-thiazol-2-yl]methyl}piperidine-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: A1AE6
分子量理論値: 420.501 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1074710
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2981

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 20317
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5fmg


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8w2f:
Plasmodium falciparum 20S proteasome bound to an inhibitor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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