[日本語] English
万見
- EMDB-43741: Cryo-EM structure of human tankyrase 2 SAM-PARP filament bound to... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43741
タイトルCryo-EM structure of human tankyrase 2 SAM-PARP filament bound to compound, XAV (focused refinement map).
マップデータLocal resolution filtered map
試料
  • 複合体: Tankyrase 2 SAM-PARP filament bound to compound XAV.
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
  • リガンド: 2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyrimidin-4-ol
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードNAD+ ADP-ribosyltransferase / WNT signaling / inhibitor / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / TCF dependent signaling in response to WNT / nucleotidyltransferase activity / Degradation of AXIN / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / outer membrane-bounded periplasmic space / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. ...Ankyrin repeat / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Malone BF / Zimmerman JL / Dow LE / Hite RK
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: A potent and selective TNKS2 inhibitor for tumor-selective WNT suppression.
著者: Zimmerman J / Malone BF / Finkin-Groner E / Sun S / Liang R / Foronda M / Schatoff EM / Granowsky E / Goswami S / Katti A / Leach B / Alcorn H / Tammela T / Fukase Y / Khan T / Huggins DJ / ...著者: Zimmerman J / Malone BF / Finkin-Groner E / Sun S / Liang R / Foronda M / Schatoff EM / Granowsky E / Goswami S / Katti A / Leach B / Alcorn H / Tammela T / Fukase Y / Khan T / Huggins DJ / Ginn J / Liverton N / Hite RK / Dow LE
履歴
登録2024年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution filtered map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.3965961 - 0.54089165
平均 (標準偏差)0.000042768814 (±0.0055047614)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 317.184 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Tankyrase 2 SAM-PARP filament bound to compound XAV.

全体名称: Tankyrase 2 SAM-PARP filament bound to compound XAV.
要素
  • 複合体: Tankyrase 2 SAM-PARP filament bound to compound XAV.
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
  • リガンド: 2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyrimidin-4-ol
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

-
超分子 #1: Tankyrase 2 SAM-PARP filament bound to compound XAV.

超分子名称: Tankyrase 2 SAM-PARP filament bound to compound XAV.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Focused refinement surrounding repeating unit of the helical filament.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Poly [ADP-ribose...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Construct is fused to a N-terminal twin-strep-MBP tag,Construct is fused to a N-terminal twin-strep-MBP tag,Construct is fused to a N-terminal twin-strep-MBP tag,Construct is fused to a N- ...詳細: Construct is fused to a N-terminal twin-strep-MBP tag,Construct is fused to a N-terminal twin-strep-MBP tag,Construct is fused to a N-terminal twin-strep-MBP tag,Construct is fused to a N-terminal twin-strep-MBP tag
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NAD+ ADP-ribosyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.614008 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KTGSMGIEEG KLVIWINGDK GYNGLAEVGK KFEKDTGIKV TVEHPDKLEE KFPQVAATG DGPDIIFWAH DRFGGYAQSG LLAEITPDKA FQDKLYPFTW DAVRYNGKLI AYPIAVEALS LIYNKDLLPN P PKTWEEIP ...文字列:
MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KTGSMGIEEG KLVIWINGDK GYNGLAEVGK KFEKDTGIKV TVEHPDKLEE KFPQVAATG DGPDIIFWAH DRFGGYAQSG LLAEITPDKA FQDKLYPFTW DAVRYNGKLI AYPIAVEALS LIYNKDLLPN P PKTWEEIP ALDKELKAKG KSALMFNLQE PYFTWPLIAA DGGYAFKYEN GKYDIKDVGV DNAGAKAGLT FLVDLIKNKH MN ADTDYSI AEAAFNKGET AMTINGPWAW SNIDTSKVNY GVTVLPTFKG QPSKPFVGVL SAGINAASPN KELAKEFLEN YLL TDEGLE AVNKDKPLGA VALKSYEEEL AKDPRIAATM ENAQKGEIMP NIPQMSAFWY AVRTAVINAA SGRQTVDEAL KDAQ TELEL EVLFQGPELS SVVSSSGTEG ASSLEKKEVP GVDFSITQFV RNLGLEHLMD IFEREQITLD VLVEMGHKEL KEIGI NAYG HRHKLIKGVE RLISGQQGLN PYLTLNTSGS GTILIDLSPD DKEFQSVEEE MQSTVREHRD GGHAGGIFNR YNILKI QKV CNKKLWERYT HRRKEVSEEN HNHANERMLF HGSPFVNAII HKGFDERHAY IGGMFGAGIY FAENSSKSNQ YVYGIGG GT GCPVHKDRSC YICHRQLLFC RVTLGKSFLQ FSAMKMAHSP PGHHSVTGRP SVNGLALAEY VIYRGEQAYP EYLITYQI M RPEGMVDG

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

-
分子 #2: 2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyr...

分子名称: 2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyrimidin-4-ol
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: XAV
分子量理論値: 312.31 Da
Chemical component information

ChemComp-XAV:
2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyrimidin-4-ol / XAV-939

-
分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 40 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
500.0 millimolarNaClSodium Chloride
20.0 millimolarHEPES
5.0 % v/vGlycerol
2.0 millimolar2-mercaptoethanol
0.05 % v/vTween-20

詳細: Sample was purified and concentrated in the above buffer but exchanged prior to vitrification to a low-salt (minimal) buffer composed of 20 millimolar HEPES pH 7.5. Sample buffer was ...詳細: Sample was purified and concentrated in the above buffer but exchanged prior to vitrification to a low-salt (minimal) buffer composed of 20 millimolar HEPES pH 7.5. Sample buffer was exchanged on grid via manual side-blotting.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 13.6 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -52.4 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1443106
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio reconstruction in cryosparc
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8aly


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8w28:
Cryo-EM structure of human tankyrase 2 SAM-PARP filament bound to compound, XAV (focused refinement map).

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る