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- EMDB-43698: nsEM map of NHP ROj19wk34 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43698
タイトルnsEM map of NHP ROj19wk34 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
マップデータnsEM map of NHP ROj19wk34 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
試料
  • 複合体: nsEM map of NHP ROj19wk30 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
    • 複合体: Polyclonal Fab from NHP ROj19wk30
キーワードEMPEM / polyclonal / HA / H1 / Cali09 / Stem / antibody / Fab / vaccination / NHP / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.2 Å
データ登録者Turner HL / Ferguson JA / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NHP ROj19wk34 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
著者: Styles TM / Akhtar A / Gu C / Neumann G / Muramatsu H / McPartlan J / Gratz D / Tharp G / Turner HL / Ferguson JA / Rodriguez AJ / Loganathan M / Manuel Carreno J / Francis B / Qin Z / Han J ...著者: Styles TM / Akhtar A / Gu C / Neumann G / Muramatsu H / McPartlan J / Gratz D / Tharp G / Turner HL / Ferguson JA / Rodriguez AJ / Loganathan M / Manuel Carreno J / Francis B / Qin Z / Han J / Ward AB / Chahal J / Pardi N / Kawaoka Y / Krammer F / Ahmed R / Amara RR
履歴
登録2024年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43698.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈nsEM map of NHP ROj19wk34 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.67 Å/pix.
x 160 pix.
= 266.72 Å		1.67 Å/pix.
x 160 pix.
= 266.72 Å		1.67 Å/pix.
x 160 pix.
= 266.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.667 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0129
最小 - 最大-0.03718017 - 0.0937461
平均 (標準偏差)0.000028861254 (±0.0053367107)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 266.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 of NHP ROj19wk34 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09

ファイルemd_43698_half_map_1.map
注釈Half map 1 of NHP ROj19wk34 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of NHP ROj19wk34 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09

ファイルemd_43698_half_map_2.map
注釈Half map 2 of NHP ROj19wk34 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nsEM map of NHP ROj19wk30 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09

全体名称: nsEM map of NHP ROj19wk30 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
要素
  • 複合体: nsEM map of NHP ROj19wk30 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
    • 複合体: Polyclonal Fab from NHP ROj19wk30

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超分子 #1: nsEM map of NHP ROj19wk30 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09

超分子名称: nsEM map of NHP ROj19wk30 polyclonal Fab in complex with H1 Cali09
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: HA has E47K stabilizing mutation in HA2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/07/2009

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超分子 #2: Polyclonal Fab from NHP ROj19wk30

超分子名称: Polyclonal Fab from NHP ROj19wk30 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3lzg

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10952
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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