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- EMDB-4369: Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4369
タイトルUnique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM. This file contains the 28S ribosomal subunit.
マップデータ
試料
  • 複合体: mammalian mitochondrial translation initiation complex
    • 複合体: Porcine Ribosome
      • タンパク質・ペプチド: x 33種
      • RNA: x 3種
    • 複合体: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
    • 複合体: Nucleic acids
  • リガンド: x 8種
キーワードtranslation initiation / initiation factor IF2 / mitochondria / membrane targeting / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


Hormone ligand-binding receptors / G alpha (q) signalling events / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation initiation ...Hormone ligand-binding receptors / G alpha (q) signalling events / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation initiation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial ribosome / ribosome disassembly / mitochondrial small ribosomal subunit / regulation of translational initiation / mitochondrial translation / organelle membrane / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / mitochondrial matrix / translation / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / mRNA binding / apoptotic process / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 ...Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / : / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / CHCH / CHCH domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Small GTP-binding protein domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10p/S20e
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S11 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S23 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial ...Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S11 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S23 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S22 / Progonadoliberin / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS10m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS33 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Mitochondrial ribosomal protein S6 / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Small ribosomal subunit protein mS29 / 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS39 / Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kummer E / Leibundgut M
資金援助 スイス, 3件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology OrganizationALTF 1196-2014 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
Swiss National Science Foundation138262 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM.
著者: Eva Kummer / Marc Leibundgut / Oliver Rackham / Richard G Lee / Daniel Boehringer / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban /
要旨: Mitochondria maintain their own specialized protein synthesis machinery, which in mammals is used exclusively for the synthesis of the membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. The ...Mitochondria maintain their own specialized protein synthesis machinery, which in mammals is used exclusively for the synthesis of the membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. The initiation of protein synthesis in mitochondria differs substantially from bacterial or cytosolic translation systems. Mitochondrial translation initiation lacks initiation factor 1, which is essential in all other translation systems from bacteria to mammals. Furthermore, only one type of methionyl transfer RNA (tRNA) is used for both initiation and elongation, necessitating that the initiation factor specifically recognizes the formylated version of tRNA (fMet-tRNA). Lastly, most mitochondrial mRNAs do not possess 5' leader sequences to promote mRNA binding to the ribosome. There is currently little mechanistic insight into mammalian mitochondrial translation initiation, and it is not clear how mRNA engagement, initiator-tRNA recruitment and start-codon selection occur. Here we determine the cryo-EM structure of the complete translation initiation complex from mammalian mitochondria at 3.2 Å. We describe the function of an additional domain insertion that is present in the mammalian mitochondrial initiation factor 2 (mtIF2). By closing the decoding centre, this insertion stabilizes the binding of leaderless mRNAs and induces conformational changes in the rRNA nucleotides involved in decoding. We identify unique features of mtIF2 that are required for specific recognition of fMet-tRNA and regulation of its GTPase activity. Finally, we observe that the ribosomal tunnel in the initiating ribosome is blocked by insertion of the N-terminal portion of mitochondrial protein mL45, which becomes exposed as the ribosome switches to elongation mode and may have an additional role in targeting of mitochondrial ribosomes to the protein-conducting pore in the inner mitochondrial membrane.
履歴
登録2018年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月9日-
マップ公開2018年8月8日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6gaz
  • 表面レベル: 0.085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4369.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 84.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 281 pix.
= 390.59 Å		1.39 Å/pix.
x 281 pix.
= 390.59 Å		1.39 Å/pix.
x 281 pix.
= 390.59 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085 / ムービー #1: 0.085
最小 - 最大-0.24249981 - 0.60988814
平均 (標準偏差)0.0011413419 (±0.017309353)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ281281281
Spacing281281281
セルA=B=C: 390.59 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z281281281
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z390.590390.590390.590
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS281281281
D min/max/mean-0.2420.6100.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4369_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_4369_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_4369_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mammalian mitochondrial translation initiation complex

全体名称: mammalian mitochondrial translation initiation complex
要素
  • 複合体: mammalian mitochondrial translation initiation complex
    • 複合体: Porcine Ribosome
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein L19
      • RNA: 12S ribosomal RNA, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S24
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S14
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: bS16m, MRPS16
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S18C
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S21
      • RNA: P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial
      • RNA: MT-CO3 mRNA, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: unassigned secondary structure elements
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S22
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S23
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S25
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S26
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S27
      • タンパク質・ペプチド: Mitoribosomal protein ms28, mrps28
      • タンパク質・ペプチド: Death associated protein 3
      • タンパク質・ペプチド: mS31, MRPS31
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S33
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S34
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S35
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S37
      • タンパク質・ペプチド: Aurora kinase A interacting protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S39
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
    • 複合体: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
    • 複合体: Nucleic acids
  • リガンド: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: N-FORMYLMETHIONINE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: mammalian mitochondrial translation initiation complex

超分子名称: mammalian mitochondrial translation initiation complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
分子量理論値: 2.85 MDa

+
超分子 #2: Porcine Ribosome

超分子名称: Porcine Ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#36
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
超分子 #3: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial

超分子名称: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Nucleic acids

超分子名称: Nucleic acids / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #19-#20
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial

分子名称: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.811219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SGGSGSGWKS QLSSTKSKKV VEVWIGMTIE ELARAMEKNT DYVYEALLNT DIDIDSLEAD SHLDEVWIKE VITKAGMKLK WSKLKQDKV RKNKDAVRRP QADPALLTPR SPVVTIMGHV DHGKTTLLDK FRKTQVAAVE TGGITQHIGA FLVSLPSGEK I TFLDTPGH ...文字列:
SGGSGSGWKS QLSSTKSKKV VEVWIGMTIE ELARAMEKNT DYVYEALLNT DIDIDSLEAD SHLDEVWIKE VITKAGMKLK WSKLKQDKV RKNKDAVRRP QADPALLTPR SPVVTIMGHV DHGKTTLLDK FRKTQVAAVE TGGITQHIGA FLVSLPSGEK I TFLDTPGH AAFSAMRARG AQVTDIVVLV VAADDGVMKQ TVESIQHAKD AQVPIILAVN KCDKAEADPE KVKKELLAYD VV CEDYGGD VQAVPVSALT GDNLMALAEA TVALAEMLEL KADPNGPVEG TVIESFTDKG RGLVTTAIIQ RGTLRKGSVL VAG KCWAKV RLMFDENGKT IDEAYPSMPV GITGWRDLPS AGEEILEVES EPRAREVVDW RKYEQEQEKG QEDLKIIEEK RKEH KEAHQ KAREKYGHLL WKKRSILRFL ERKEQIPLKP KEKRERDSNV LSVIIKGDVD GSVEAILNII DTYDASHECE LELVH FGVG DVSANDVNLA ETFDGVIYGF NVNAGNVIQQ SAAKKGVKIK LHKIIYRLVE DLQEELSSRL PCAVEEHPVG EASILA TFS VTEGKKKVPV AGCRVQKGQL EKQKKFKLTR NGHVIWKGSL TSLKHHKDDI SIVKTGMDCG LSLDEDNMEF QVGDRIV CY EEKQIQAKTS WDPGF

UniProtKB: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial

+
分子 #2: Mitochondrial ribosomal protein L19

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 33.441539 KDa
配列文字列: MAASITRGSW AAVGLGQSFP PTRALLPAPA SVICRTLAGS GRQQVTGSSE PGAFQPPPKP VIVDKRRPQR PETRFLSPEF IPPRGRTNP LKFQIERKDM LERRKILHIP EFYVGSILRV TTADPYASAK TSQFLGICIQ RSGSGLGATF ILRNTIEGQG V EICFELYN ...文字列:
MAASITRGSW AAVGLGQSFP PTRALLPAPA SVICRTLAGS GRQQVTGSSE PGAFQPPPKP VIVDKRRPQR PETRFLSPEF IPPRGRTNP LKFQIERKDM LERRKILHIP EFYVGSILRV TTADPYASAK TSQFLGICIQ RSGSGLGATF ILRNTIEGQG V EICFELYN PRIQEIQVVK LEKRLDNSLL YLRDALPEYS TFDVNMKPIT QEFNQEVPVN QLKVKMKPKP WSKRWERPKF NI KGIRFDL CLTEEQMREA QKWSQPWLEF DMMREYDTSK IEAAIWDEIE ASKNS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19m

+
分子 #4: Mitochondrial ribosomal protein S2

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 31.731604 KDa
配列文字列: MASGPLLPRL LGAGAPRRPL RLHLVPTATP GPAGPTGRTL GSNAAPAARE PELGNDLRDR ILSEPLKHAD FFNLKELFSV RSLFDARVH LGHKAGCRHR FMEPYLFGSR LGQDIIDLEQ TAAHLQLALN FTAHVAYREG IILFVSRHRQ FAHLIETTAR D CGEYAHTR ...文字列:
MASGPLLPRL LGAGAPRRPL RLHLVPTATP GPAGPTGRTL GSNAAPAARE PELGNDLRDR ILSEPLKHAD FFNLKELFSV RSLFDARVH LGHKAGCRHR FMEPYLFGSR LGQDIIDLEQ TAAHLQLALN FTAHVAYREG IILFVSRHRQ FAHLIETTAR D CGEYAHTR YFKGGLLTNA PLLLGPGVRL PDLIIFLHTL NNVFEPHVAV RDAAKMNIPT VGIVDTNCNP ALITYPVPGN DD SPPAVRL FCRLFQVAIS RAKEKRRQVE ALYRLQGPAG AERGPAAPPP PE

UniProtKB: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial

+
分子 #5: Mitochondrial ribosomal protein S24

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 18.935172 KDa
配列文字列:
MVASVCGGGL RPLVLSWSRE LPCAWRALHI SAVCAKNRAA RVRVSKGDKP VTYEEAHAPH YIAHRKGWLS LHTGNLDGED HAAERTVED VFLRKFMLGT FPGCLADQLV LKRRANQLEI CALVLRQLPP HKFYFLVGYS ETLLSHFYKC PVHLHLQTVP S KVVYKYI

UniProtKB: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial

+
分子 #6: Mitochondrial ribosomal protein S5

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 48.213074 KDa
配列文字列: MAAAVRAAGF FPGLFGASAG NLWSRQLYLN TFPAASILTS KTFPSNGPLS PPGTRDNHHF TSLACALQTQ CSISSPSNWM GQQYRSYSF FTKLTADELW KGALAESGAG ARKGRGKRTK KKRRKDLNRG QIIGEGRHGF LWPGLNIPLM RNGAVQTIAQ R SKEDQEKV ...文字列:
MAAAVRAAGF FPGLFGASAG NLWSRQLYLN TFPAASILTS KTFPSNGPLS PPGTRDNHHF TSLACALQTQ CSISSPSNWM GQQYRSYSF FTKLTADELW KGALAESGAG ARKGRGKRTK KKRRKDLNRG QIIGEGRHGF LWPGLNIPLM RNGAVQTIAQ R SKEDQEKV EADMVQQREE WDRRRKMKVK RERGWSGNTW GGVSLGPPDP GPNGETYDDF DTRILEVRNV FNMTAKEGRK RS VRVLVAV GNGKGAAGFA IGKATERADA FRKAKNRAVH YLHYIERYED HTIYHDISLK FKRTHIKMKK QPRGYGLHCH RAI MTICRL IGIKDLYAKV SGSVNMLNLT RGLFLGLSRQ ETHQQLADKK SLHVVEFREE CGPLPIVVAS PQGALRKDPE PEDE VPDIT LDWEDVKAAQ GMKRSVWSGL KRAAT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5m

+
分子 #7: Mitochondrial ribosomal protein S6

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 14.283703 KDa
配列文字列:
MPRYELALIL KAMQRPETAA ALKRTLEALM DRGAVVRNLE NLGERMLPYK ISAHNQRHSR GGYFLVDFYA PATTVESMME HLSRDIDVI RPNIVKHPLT QEVKECEGIV PVPLEEKLYS TKKRK

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S6

+
分子 #8: Mitochondrial ribosomal protein S7

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 28.150918 KDa
配列文字列: MAAPAVKAAR GWSCSALGVR IAVLRFPGLT QVRWSRYGPE YKDPQIDKEY YRKPLAEQTE EEKYERDFKK TQLIKAAPAT KTSSVFEDP VISKFTNMMM KGGNKVLARS LMTQTLEAVK RKQFAKYHAA SAEEQATIER NPYTIFHQAL KNCEPVIGLV P ILKGGHFY ...文字列:
MAAPAVKAAR GWSCSALGVR IAVLRFPGLT QVRWSRYGPE YKDPQIDKEY YRKPLAEQTE EEKYERDFKK TQLIKAAPAT KTSSVFEDP VISKFTNMMM KGGNKVLARS LMTQTLEAVK RKQFAKYHAA SAEEQATIER NPYTIFHQAL KNCEPVIGLV P ILKGGHFY QVPVPLADRR RRFLAMKWMI AECREKKHRR VLMPEKLSQE LLEAFHNQGP VIKRKHDMHK MAEANRALAH YR WW

UniProtKB: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial

+
分子 #9: Mitochondrial ribosomal protein S9

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 45.60457 KDa
配列文字列: MAAPCVFCGA AVSYRLFLGC RVSFARGQVL WKAAAPELQA GARCQILRLR HTAVVTTKKN VAASRRETYT VDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF TQEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPIMKHPE EIFPKQRAIQ WGEDGRPFHF LFYTGKQSYY S LMHDTYGK ...文字列:
MAAPCVFCGA AVSYRLFLGC RVSFARGQVL WKAAAPELQA GARCQILRLR HTAVVTTKKN VAASRRETYT VDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF TQEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPIMKHPE EIFPKQRAIQ WGEDGRPFHF LFYTGKQSYY S LMHDTYGK LLDVEKHHNQ LRAKDLLAEK TKILKDPIGS RWLIKEELEE MLVEKLSDQD YAQFIRLLER LSALPCGATE ED FVNRFRR SIPIQSKKQL IEPLQYDEQG MAFSRGEGKR KTAKAEVVVY GQGSGRIDVN GVDYLLYFPV TQDREQLMFP LHF LDRLGK HDMTCAVSGG GRSAQAGAVR LAMARALCSF VTEDEVEWMR QAGLLTADPR VRERKKPGQE GARRKFTWKK R

UniProtKB: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial

+
分子 #10: Mitochondrial ribosomal protein S10

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 23.192758 KDa
配列文字列: MAARTAFGAL ARRLWQGSRN FSVSSSRSST AKNGGFLLST TMKWVQFSNL HVDVPKDMTK PEITISDEPD TLYKRLSVLV KGHDKAVLD SYEYFAVLAA KELGISIKVH EPPRKIERFT LLKSVHIFKK HRVQYEMRTL YRCLELEHLT GSTADVYLEY I QRNLPEGV ...文字列:
MAARTAFGAL ARRLWQGSRN FSVSSSRSST AKNGGFLLST TMKWVQFSNL HVDVPKDMTK PEITISDEPD TLYKRLSVLV KGHDKAVLD SYEYFAVLAA KELGISIKVH EPPRKIERFT LLKSVHIFKK HRVQYEMRTL YRCLELEHLT GSTADVYLEY I QRNLPEGV AMEVTKTKLE QLPEHIRKPI WETMPEEKEE SKS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10m

+
分子 #11: Mitochondrial ribosomal protein S11

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 20.841922 KDa
配列文字列: MQVVRNAGSR LLQSWAWPPK TRIVAGLPAS TIHRSAPHLQ DAAAKLDIED KEEARTPSHS SFSIYPPIPG QENSLRWAGK KFEEIPIAH IKASYNNTQI QVVSAAHQPL AHASCGTEGF RNAKKGTGIA AQTAGIAAAA KATGKGVTHV RVVVKGLGPG R LSAIKGLT ...文字列:
MQVVRNAGSR LLQSWAWPPK TRIVAGLPAS TIHRSAPHLQ DAAAKLDIED KEEARTPSHS SFSIYPPIPG QENSLRWAGK KFEEIPIAH IKASYNNTQI QVVSAAHQPL AHASCGTEGF RNAKKGTGIA AQTAGIAAAA KATGKGVTHV RVVVKGLGPG R LSAIKGLT MGGLEVISIT DNTPIPHNGC RPRKARRL

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S11

+
分子 #12: Mitochondrial ribosomal protein S12

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 15.257107 KDa
配列文字列:
MSWSGLLRGL GTSLNCGLAL VPRPWATRPM ATLNQMHRLG PPKHPPGKMG PTAGRPQLKG VVLRTFIRKP KKPNSANRKC CRVRLSTGR EAVCFIPGEG HSLQEHHVVL VQGGRTQDLP GVKLTVVRGK YDCGHVQKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12m

+
分子 #13: Mitochondrial ribosomal protein S14

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 15.120739 KDa
配列文字列:
MAASMLGFLL RTVRQMVPSS ASGQVRSYYV DWKMLRDVKR RKMAYEYADE RLRINSLRKN TILPKDLQEV ADEEIASLPR DSCPVRIRN RCVMTSRPRG VKRRWRLSRI VFRHLADHGQ LSGVQRAMW

UniProtKB: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial

+
分子 #14: Mitochondrial ribosomal protein S15

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 27.411428 KDa
配列文字列: MLRAAWRALS SIRTQAVTQA PVLGLPGGGC ARFPSVQRAL PSRPAGLILR AARGYAAQKP VQPNQDDPPP SMLLLDYQNV PGIHKVDDV VKRLLSLEMA NQKEKLKIKK MQLMNKVLEN PEDTSSLEAR IVALTVKIRN YEEHMQKHRK DKAHKRFLLM S IDQRKKML ...文字列:
MLRAAWRALS SIRTQAVTQA PVLGLPGGGC ARFPSVQRAL PSRPAGLILR AARGYAAQKP VQPNQDDPPP SMLLLDYQNV PGIHKVDDV VKRLLSLEMA NQKEKLKIKK MQLMNKVLEN PEDTSSLEAR IVALTVKIRN YEEHMQKHRK DKAHKRFLLM S IDQRKKML KNLRETNYAV FEKICKELGI EYTFPPPYHR KAHRRWVTKK ALCTQVFREV QKLKKQKRAL RAAAVAAHKQ G

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15m

+
分子 #15: bS16m, MRPS16

分子名称: bS16m, MRPS16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 15.182668 KDa
配列文字列:
MVQLTTVLCR AYRGGHLTIR LALGGCTNRP FYRIVAAHSK CPRDGRFVEQ LGSYDPLPNS HGEKLVALNF DRIRHWIGCG AHLSKPVEK LLGLSGFYPL HPMMITNAER LRRKRAREVL LASQKTDTEA TETKAS

+
分子 #16: Mitochondrial ribosomal protein S17

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 14.452014 KDa
配列文字列:
MSIARSSVHA KWVVGKVIGT AMQKTAKVRV TRLVLDPYLL KYFNKRKTYF AHDALQQCTV GDIVLLKALP VPRTKHVKHE LAEIIFKVG QVIDPVTGKP CAGTTYLESP ISPESTRLTK NLEALQLSST Q

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #17: Mitochondrial ribosomal protein S18C

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S18C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 16.211086 KDa
配列文字列:
MAAVVSLCSR LGRRKSTDFV NAAVCLTDPG THAVLWRSCS QYKQVASNED LPVPMENPYK EPLKKCILCE KHVDYKNVQL LSQFISPFT GCIYGRHITG LCGKKQKEIT KAIKRAQILG FMPVTYKDPA YLKDPKVCNI KYRE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18m

+
分子 #18: Mitochondrial ribosomal protein S21

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 10.682506 KDa
配列文字列:
MANHLKFIAR TVMVQEGNVE GAYRTLNRIL TMDGLIEDIK RRRYYEKPCR RRQRESYETC RRIYNMEMAR KINFLMRKNR ADPWQGC

UniProtKB: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial

+
分子 #21: unassigned secondary structure elements

分子名称: unassigned secondary structure elements / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21
詳細: Unassigned secondary structure elements have been built as poly-alanine.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 1.297416 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAA

+
分子 #22: Mitochondrial ribosomal protein S22

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 43.234645 KDa
配列文字列: MPHEPRETRN LSLPLPALVA RIIMATLKAS ALLRSLQTNS CGTGRVCFPV RARPRPRALL QPLPGASGTG TLCRGLGSES ESGNSEIRK PTFMDEEVQN ILIKMTGLDL QKIFKPALQE LKPPTYKLMT QAQLEEATKQ AVEAAKVRLK MPPVLEERAP I NDVLAEDK ...文字列:
MPHEPRETRN LSLPLPALVA RIIMATLKAS ALLRSLQTNS CGTGRVCFPV RARPRPRALL QPLPGASGTG TLCRGLGSES ESGNSEIRK PTFMDEEVQN ILIKMTGLDL QKIFKPALQE LKPPTYKLMT QAQLEEATKQ AVEAAKVRLK MPPVLEERAP I NDVLAEDK ILEGTETAKY VFTDISYSIP HRERFIVVRE PSGTLRKASW EERDRMIQVY FPREGRRILT PVIFKEENLQ TM YSQDQHV DVLNLCVAQF EPDSAEYIKI HHHTYEDIDK CGKYDLLRST RHFGGMAWYF VNKKKIDGLL IDQIQRDLVS DAT SLVHLY HILHPDGQSA QEAKKQGAEG LHLIKVFAKT EAQKGAYIEL TLQAYQEAFI THSAAS

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S22

+
分子 #23: Mitochondrial ribosomal protein S23

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 21.666674 KDa
配列文字列: MAGSRLETVG SIFSRTRDLI RAGVLKEKPL WLDIYNAFPP LREPVFRRPR LRYGKAKAAV QDIFYHEDRI RAKFYSAYGS GPKAFDLFN PNFKSTCQRF VEKYIELQRL GETDEEKLFV EAGKALLAEG VTLRRVGEAR TQQEGSPISR KSEPTGIKPQ T AVEENQPW ...文字列:
MAGSRLETVG SIFSRTRDLI RAGVLKEKPL WLDIYNAFPP LREPVFRRPR LRYGKAKAAV QDIFYHEDRI RAKFYSAYGS GPKAFDLFN PNFKSTCQRF VEKYIELQRL GETDEEKLFV EAGKALLAEG VTLRRVGEAR TQQEGSPISR KSEPTGIKPQ T AVEENQPW KEVPQDQPLE APEKESKGLP PP

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S23

+
分子 #24: Mitochondrial ribosomal protein S25

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 19.954186 KDa
配列文字列:
MPMKGRFPIR RTLQYLGQGD VVFKDSVKVM TVNYNTHGEL GEGARKFVFF NIPQIQYKNP WVQITMFKNM TPSPFLRFYL DSGEQVLVD VESKSNKEIV EHIRKILGKN EETLEKEEQE KKQLSHPAHF GPRKYCLREC MCEVEGQVPC PGLVPLPKEM T GKYKAALK ATAQD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS25

+
分子 #25: Mitochondrial ribosomal protein S26

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 23.6379 KDa
配列文字列: MLRVLGGLGA RPAGRLPAPL LLPTRGRKTR HDPPAKSKAG RVATPPAVDP TEFFVLTERY RQYRQTVRAL RLEFMSEVRK KLHEARAGV QAERKAQEDA AEHRELMAWN QAENQRLHEL RLARLRQEAL EQERRQAEEA VLQAREAQAW AQLKEQEVLQ L QEEAKTFI ...文字列:
MLRVLGGLGA RPAGRLPAPL LLPTRGRKTR HDPPAKSKAG RVATPPAVDP TEFFVLTERY RQYRQTVRAL RLEFMSEVRK KLHEARAGV QAERKAQEDA AEHRELMAWN QAENQRLHEL RLARLRQEAL EQERRQAEEA VLQAREAQAW AQLKEQEVLQ L QEEAKTFI TRENLEARVE EALDSPKSYN WAITREGLVV RPQQKGS

UniProtKB: Progonadoliberin

+
分子 #26: Mitochondrial ribosomal protein S27

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 45.244129 KDa
配列文字列: RRCLLSAAYV DSHKWEARDK EDCHLADLAS LMDKTYERKL PVSSLTISRF VDNIASREDI DHAEYYLYKF RHSPNCWYLR DWTIHTWIR QCLKYGAQDK ALYTLKNKVQ YGIFPDNYTF NLLMDYFIKK ENYKDALSVV FEIMMQEAFE VPSTQLLSLY V LYHCLAEK ...文字列:
RRCLLSAAYV DSHKWEARDK EDCHLADLAS LMDKTYERKL PVSSLTISRF VDNIASREDI DHAEYYLYKF RHSPNCWYLR DWTIHTWIR QCLKYGAQDK ALYTLKNKVQ YGIFPDNYTF NLLMDYFIKK ENYKDALSVV FEIMMQEAFE VPSTQLLSLY V LYHCLAEK TDLSWEEERN FGASLLLPGL KQKNSVGLSS QLYGYALLGK VELQQGLRAV YCNMPLLWQP GYLHRALQVM EK VASSPED GQLCGEALDV LDRVLKAVTA PAQGTSEEQP QEGEESQRSE ELVEQLDVEE TEQSKLPQYL ERFEALRSKL QAL GKVESE SLLTLSTQLA KAQLPTCEAE DIAVYEQRLQ QWHGERVRLI QREQEQRERA RQDYEARRAA KASA

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S27

+
分子 #27: Mitoribosomal protein ms28, mrps28

分子名称: Mitoribosomal protein ms28, mrps28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 21.014912 KDa
配列文字列:
MAALCRTRAV TAKSHFLRVF FFSRPCRGTG TESGSGSESS ESTEPKQRPG GFASALERHS ELQQKAEFGR MRGSPKNVES FASMLRHSP LTQMGPAKNK LVIGQIFHIV EDDLYIDFGG KFHCVCKRPE VDGEKYQKGT RVRLRLLDLE LTSRFLGATT D TTILEADA VLLGLQESKD SKSKEERHEK

UniProtKB: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial

+
分子 #28: Death associated protein 3

分子名称: Death associated protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 45.582414 KDa
配列文字列: MLKGVTRLIS RVHKLDPGHV LYMGTQAPQS LAAHLDNQVP VKSPRAISRT SEDDPAKHRE QHEGQHYNIS LQELKTVFPH GLPPRFAMQ VKTFNEACLM VRKPALELLH YLKNTNFAHP AVRYVLYGEK GTGKTLSLCH ILHFCAKQNW LILHIPDAHI W VKNCRDLL ...文字列:
MLKGVTRLIS RVHKLDPGHV LYMGTQAPQS LAAHLDNQVP VKSPRAISRT SEDDPAKHRE QHEGQHYNIS LQELKTVFPH GLPPRFAMQ VKTFNEACLM VRKPALELLH YLKNTNFAHP AVRYVLYGEK GTGKTLSLCH ILHFCAKQNW LILHIPDAHI W VKNCRDLL QSNYNKQRFD QPLEASTWLK NFKTANEHFL SQIKVQEKYV WNKRESTEKG RPLGEVVEQG IMRVRNATDA VG IVLKELK RQSSLGIFHL LVAVDGVNAL WGRTTLKRED KSPIAPEELA LIHNLRKMVK NDWQGGAIVL TVSQTGSLFK PRN AYLPQE LLGKEGFDAL DPFIPILVSN YNPKEFESCI QYYLENNWLQ HEKAHTEEGK KELLFLSNRN PGQLERLCAY L

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS29

+
分子 #29: mS31, MRPS31

分子名称: mS31, MRPS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 44.091996 KDa
配列文字列: MLPRVSAVIP LRPLSRLPLC SGGPEASAAA ILLLDSLRGT VRTENNIQRY FGTNNLVYSK KDEQSGPTCE ISKETESKGS VKENSKKDL LNIIKGMKVE LSTVNVQTTK PSNKRQLKNL ETAIGRIKKA PEDTPQKRSE SLSSELVAAV SAVADSLPFD R RMTKSELL ...文字列:
MLPRVSAVIP LRPLSRLPLC SGGPEASAAA ILLLDSLRGT VRTENNIQRY FGTNNLVYSK KDEQSGPTCE ISKETESKGS VKENSKKDL LNIIKGMKVE LSTVNVQTTK PSNKRQLKNL ETAIGRIKKA PEDTPQKRSE SLSSELVAAV SAVADSLPFD R RMTKSELL RQLQKHEEDS R(UNK)QKDGEKPK ISFSNIISDM KVARSATARV STRPVHQIQF DEGTDDFADQ EKTLNLKK S FRKNIFKGRR LNIFEPQAVT EEAPETEAVP SLWDIEFAKQ LAAVTERPFQ NGFEEMIQWT KEGKLWEFPI NNEAGFDDD GSEFHEHIFL DKYLQDFPKQ GPIRHFMELV TCGLSKNPYL SVKQKVEHIE WFRNYFNEKR VILKESGIQL N

+
分子 #30: Mitochondrial ribosomal protein S33

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 12.54465 KDa
配列文字列:
MSSLSEYAVR MSRLSARLFG EVARPTDSKS MKVVKLFSEQ PLAKRKETYD WYPNHNTYFA LMGTLRFLGL YRDEHQDFRD EQLRLKKLR GKGKPRKGEG KRAMKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS33

+
分子 #31: Mitochondrial ribosomal protein S34

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 25.843818 KDa
配列文字列: MARKKVRPRL IAELARRVRA LREQRERPRD SQRYALDYET MMRPHSGNRL PMRAWADVRH ESRLLQLLNR LPLFGLGRLV TRKSWLWQH DEPCYWRLTR VRPDYAAENL DHGKAWGILT FKGKTESEAR EIEQVMYHDW RLVPKHEEEA FTAFTLVPED T PLSVPYPP ...文字列:
MARKKVRPRL IAELARRVRA LREQRERPRD SQRYALDYET MMRPHSGNRL PMRAWADVRH ESRLLQLLNR LPLFGLGRLV TRKSWLWQH DEPCYWRLTR VRPDYAAENL DHGKAWGILT FKGKTESEAR EIEQVMYHDW RLVPKHEEEA FTAFTLVPED T PLSVPYPP LLRAMILAQR QKYGDTSTEE PMLNLERARI DPWDYPAKLE AKTKTKGAAV

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #32: Mitochondrial ribosomal protein S35

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 37.104809 KDa
配列文字列: MAATSLPAWL ILKSRAGTFR AFSTAMSPAT RSPRPALRTT ERTSKPERAL RRKALPPRTE KMAVDQDWPS VYPVAAPFKP SAVPLPVRM GYPVKRGVPM AKEGNLELLK IPNFLHLTPV AIKRHCEALK DFCTEWPAAL DSDEKCEKHF PIEIDTADYV S AGPSIRNP ...文字列:
MAATSLPAWL ILKSRAGTFR AFSTAMSPAT RSPRPALRTT ERTSKPERAL RRKALPPRTE KMAVDQDWPS VYPVAAPFKP SAVPLPVRM GYPVKRGVPM AKEGNLELLK IPNFLHLTPV AIKRHCEALK DFCTEWPAAL DSDEKCEKHF PIEIDTADYV S AGPSIRNP KARVVTLRVK LSSLNLDDHA KKKLIKLVGD RYCKSTDVLT IKTDRCPLKR QNYDYAVYLL TVLYHESWKT EE WEKKKTE ADMEEYIWEN STSEKNILET LLQIKAAEKN LELSKEELLG TKEVEDYRKS VVSLKNEGDN ENTLSQYKES VKR LLNLA

UniProtKB: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1

+
分子 #33: Mitochondrial ribosomal protein S37

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.561903 KDa
配列文字列:
MATPSLRGRL ARLGNPRRPI LKPNKPLILA NHVGERRREK GEATCITEMS VMMACWKQNE FRDEACRKEI QDFFDCASRA EAARKMRSI QENLGELGSL PPKKLNKLLH RFPNKPHVS

UniProtKB: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1

+
分子 #34: Aurora kinase A interacting protein 1

分子名称: Aurora kinase A interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 22.843941 KDa
配列文字列: MFLVRLTSQL LRAVPGAGRS GSPRVSEVLG RHACRPRYST QPPGPSGIAS LPGKHVHPEL EEMLVPRKMS ISPLESWLTI RYLLPRLGA GTPGTVSPAQ LYQCPPSQVG EGVKQGDKEV RDTPQMQCKN ILKIRRRKMN HHKYRKLVKR TRFLRRKVRE G RLRQKQVK ...文字列:
MFLVRLTSQL LRAVPGAGRS GSPRVSEVLG RHACRPRYST QPPGPSGIAS LPGKHVHPEL EEMLVPRKMS ISPLESWLTI RYLLPRLGA GTPGTVSPAQ LYQCPPSQVG EGVKQGDKEV RDTPQMQCKN ILKIRRRKMN HHKYRKLVKR TRFLRRKVRE G RLRQKQVK FERDLKRIWQ KAGLKEAPAG WQTPKIYLKN Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS38

+
分子 #35: Mitochondrial ribosomal protein S39

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 76.473766 KDa
配列文字列: MAAVASARWL GVRSGLCLPL TGRRVGPCGR TPRSRFYSGS AAHPEVEGAN VTGIEEVVIP KKKTWDKVAI LQALASTVHR DSTAAPYVF QDDPYLIPTS SVESHSFLLA KKSGENAAKF IINSYPKYFQ KDIAEPHIPC LMPEYFEPQI EDVSEAALQE R IKL(UNK) ...文字列:
MAAVASARWL GVRSGLCLPL TGRRVGPCGR TPRSRFYSGS AAHPEVEGAN VTGIEEVVIP KKKTWDKVAI LQALASTVHR DSTAAPYVF QDDPYLIPTS SVESHSFLLA KKSGENAAKF IINSYPKYFQ KDIAEPHIPC LMPEYFEPQI EDVSEAALQE R IKL(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)TWRTK NNAERIFALM PEKNAHSYC TMIRGMVKHQ APTQALNLYT VLLNNRLRAD VYTFNSLIEA TALVVNEKFE EKWNNILDLL KQMVTQNVKP N LQTFNTIL KCLRRFYAFG KLPALQTLRE MKAIGIEPSL ATYHYVIQLF YQHESPSKGS SLIIYDIMNE VMGKRFSPRD PD DDMFFQS AMRVCSSLRD LELAYQVHGL LNTGDNWKLI GSDHRRNFYY SKFFNLLCFM EQIDVTLKWY KDLIPSVFFP HSQ TMIDLL QALDVANRLD MVPQIWKDSK EYGHTFRNEL KEEILMLMAR DQHPPELQVA FADCAADIKS TYESQDARQT APEW PASSL NYVAVLFLRA GRTQEAWKML GLFRKHNKIP RAELLNEFLD SAKASSSPAQ AIELVKLASA FSLPVCEGLT RRVMA EFTL TQEQREALGE LTALTSDSSS DSDSDSDSDI SEGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS39

+
分子 #36: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 29.220465 KDa
配列文字列: MAASILNVLL RRLPGVSPFR GAYGVQVLLQ TLCTKAPPED DSLPQVPISP YKDEPWKYLD SEEYQNRYGS RPVWADYRRN HKGGIPPQR TRKMCIRGNK VAGNPCPICR DQKLHVDFRN VKLLEQFVCA HTGIIFHAPY TGVCMKQHKK LTQAIQKARD H GLLRYHIP ...文字列:
MAASILNVLL RRLPGVSPFR GAYGVQVLLQ TLCTKAPPED DSLPQVPISP YKDEPWKYLD SEEYQNRYGS RPVWADYRRN HKGGIPPQR TRKMCIRGNK VAGNPCPICR DQKLHVDFRN VKLLEQFVCA HTGIIFHAPY TGVCMKQHKK LTQAIQKARD H GLLRYHIP QVEPRDLDFS TTHGAVSSTP PAPTLVSGDP WYPWYSWKQP PERELSRLRR LYQGRLREES GPPPELMPEV PL TAPAEAS STEPGAPQSA L

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS40

+
分子 #3: 12S ribosomal RNA, mitochondrial

分子名称: 12S ribosomal RNA, mitochondrial / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
分子量理論値: 308.989062 KDa
配列文字列: ACACAGGUUU GGUCCUGGCC UUUCUAUUAA UUCUUAAUAA AAUUACACAU GCAAGUAUCC GCGCCCCGGU GAGAAUGCCC UCCAGAUCU UAAAGAUCAA AAGGAGCAGG UAUCAAGCAC ACCUAUAACG GUAGCUCAUA ACGCCUUGCU CAACCACACC C CCACGGGA ...文字列:
ACACAGGUUU GGUCCUGGCC UUUCUAUUAA UUCUUAAUAA AAUUACACAU GCAAGUAUCC GCGCCCCGGU GAGAAUGCCC UCCAGAUCU UAAAGAUCAA AAGGAGCAGG UAUCAAGCAC ACCUAUAACG GUAGCUCAUA ACGCCUUGCU CAACCACACC C CCACGGGA AACAGCAGUG AUAAAAAUUA AGCCAUGAAC GAAAGUUUGA CUAAGUUAUA UUAAUUAGAG UUGGUAAAUC UC GUGCCAG CCACCGCGGU CAUACGAUUA ACCCAAAUUA AUAGAUCCAC GGCGUAAAGA GUGUUUAAGA AAAAAAAUCA CAA UAGAGU UAAAUUAUAA CUAAGCUGUA AAAAGCCCUA GUUAAAAUAA AAUAACCCAC GAAAGUGACU CUAAUAAUCC UGAC ACACG AUAGCUAGGA CCCAAACUGG GAUUAGAUAC CCCACUAUGC CUAGCCCUAA ACCCAAAUAG UUACAUAACA AAACU AUUC GCCAGAGUAC UACUCGCAAC UGCCUAAAAC UCAAAGGACU UGGCGGUGCU UCACAUCCAC CUAGAGGAGC CUGUUC UAU AAUCGAUAAA CCCCGAUAGA CCUUACCAAC CCUUGCCAAU UCAGCCUAUA UACCGCCAUC UUCAGCAAAC CCUAAAA AG GAACAAUAGU AAGCACAAUC AUAGCACAUA AAAACGUUAG GUCAAGGUGU AGCUUAUGGG UUGGAAAGAA AUGGGCUA C AUUUUCUACA UAAGAAUAUC CACCACACGA AAGUUUUUAU GAAACUAAAA ACCAAAGGAG GAUUUAGCAG UAAAUCAAG AAUAGAGUGC UUGAUUGAAU AAGGCCAUGA AGCACGCACA CACCGCCCGU CACCCUCCUC AAGCAUGUAG UAAUAAAAAU AACCUAUAU UCAAUUACAC AACCAUGCAA GAAGAGACAA GUCGUAACAA GGUAAGCAUA CUGGAAAGUG UGCUUGGAUU A CC

GENBANK: GENBANK: AF304203.1

+
分子 #19: P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial

分子名称: P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial / タイプ: rna / ID: 19 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.664498 KDa
配列文字列:
AGUAAGGUCA GCUAAAUAAG CUAUCGGGCC CAUACCCCGA AAAUGUUGGU UAUACCCUUC CCGUACUACC A

GENBANK: GENBANK: KY671085.1

+
分子 #20: MT-CO3 mRNA, mitochondrial

分子名称: MT-CO3 mRNA, mitochondrial / タイプ: rna / ID: 20 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.946098 KDa
配列文字列: AUGACCCACC AAUCACAUGC CUAUCAUAUA GUAAAACCCA GCCCAUGACC CCUAACAGGG GCCCUCUCAG CCCUCCUAAU GACCUCCGG CCUAGCCAUG UGAUUUCACU UCCACUCCAU AACGCUCCUC AUACUAGGCC UACUAACCAA CACACUAACC A UAUACCAA ...文字列:
AUGACCCACC AAUCACAUGC CUAUCAUAUA GUAAAACCCA GCCCAUGACC CCUAACAGGG GCCCUCUCAG CCCUCCUAAU GACCUCCGG CCUAGCCAUG UGAUUUCACU UCCACUCCAU AACGCUCCUC AUACUAGGCC UACUAACCAA CACACUAACC A UAUACCAA UGAUGGCGCG AUGUAACACG AGAAAGCACA UAC

GENBANK: GENBANK: KY671085.1

+
分子 #37: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE

分子名称: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: GSP
分子量理論値: 539.246 Da
Chemical component information

ChemComp-GSP:
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S

+
分子 #38: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 111 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #39: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #40: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 1 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

+
分子 #41: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #42: N-FORMYLMETHIONINE

分子名称: N-FORMYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 1 / 式: FME
分子量理論値: 177.221 Da
Chemical component information

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン

+
分子 #43: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #44: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.171 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細contains 55S mitochondrial ribosome, mitochondrial initiation factor 2, mitochondrial formyl-Met-tRNAMet and MT-CO3 mRNA

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 13936 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1366787
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5aj4

最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 139206
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 73.8
得られたモデル

PDB-6gaz:
Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM. This file contains the 28S ribosomal subunit.

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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