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- EMDB-43667: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43667
タイトルSoluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs
マップデータSharpened
試料
  • 複合体: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: 1G2 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 1G2 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: 7H3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: 7H3 Fab Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードorthoherpesvirus / betaherpesvirus / cytomegalovirus / human betaherpesvirus 5 / human cytomegalovirus / HCMV / glycoprotein B / gB / HCMV gB / VIRAL PROTEIN / 7H3 / 1G2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sponholtz MR / Byrne PO / McLellan JS
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure-based design of a soluble human cytomegalovirus glycoprotein B antigen stabilized in a prefusion-like conformation.
著者: Madeline R Sponholtz / Patrick O Byrne / Alison G Lee / Ajit R Ramamohan / Jory A Goldsmith / Ryan S McCool / Ling Zhou / Nicole V Johnson / Ching-Lin Hsieh / Megan Connors / Krithika P ...著者: Madeline R Sponholtz / Patrick O Byrne / Alison G Lee / Ajit R Ramamohan / Jory A Goldsmith / Ryan S McCool / Ling Zhou / Nicole V Johnson / Ching-Lin Hsieh / Megan Connors / Krithika P Karthigeyan / Chelsea M Crooks / Adelaide S Fuller / John D Campbell / Sallie R Permar / Jennifer A Maynard / Dong Yu / Matthew J Bottomley / Jason S McLellan /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) is a class III membrane fusion protein required for viral entry. HCMV vaccine candidates containing gB have demonstrated moderate clinical efficacy, ...Human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) is a class III membrane fusion protein required for viral entry. HCMV vaccine candidates containing gB have demonstrated moderate clinical efficacy, but no HCMV vaccine has been approved. Here, we used structure-based design to identify and characterize amino acid substitutions that stabilize gB in its metastable prefusion conformation. One variant containing two engineered interprotomer disulfide bonds and two cavity-filling substitutions (gB-C7), displayed increased expression and thermostability. A 2.8 Å resolution cryoelectron microscopy structure shows that gB-C7 adopts a prefusion-like conformation, revealing additional structural elements at the membrane-distal apex. Unlike previous observations for several class I viral fusion proteins, mice immunized with postfusion or prefusion-stabilized forms of soluble gB protein displayed similar neutralizing antibody titers, here specifically against an HCMV laboratory strain on fibroblasts. Collectively, these results identify initial strategies to stabilize class III viral fusion proteins and provide tools to probe gB-directed antibody responses.
履歴
登録2024年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年9月18日-
現状2024年9月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43667.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.64084613 - 1.0011692
平均 (標準偏差)0.00014917551 (±0.015032465)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.59836 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43667_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened

ファイルemd_43667_additional_1.map
注釈Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B

ファイルemd_43667_half_map_1.map
注釈Half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half A

ファイルemd_43667_half_map_2.map
注釈Half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B...

全体名称: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs
要素
  • 複合体: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: 1G2 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 1G2 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: 7H3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: 7H3 Fab Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B...

超分子名称: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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分子 #1: Envelope glycoprotein B

分子名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 88.931438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESRIWCLVV CVNLCIVCLG AAVSSSSTRG TSATHSHHSS HTTSAAHSRS GSVSQRVTSS QTVSHGVNET IYNTTLKYGD VVGVNTTKY PYRVCSMAQG TDLIRFERNI VCTSMKPINE DLDEGIMVVY KRNIVAHTFK VRVYQKVLTF RRSYAYIHTT Y LLGSNTEY ...文字列:
MESRIWCLVV CVNLCIVCLG AAVSSSSTRG TSATHSHHSS HTTSAAHSRS GSVSQRVTSS QTVSHGVNET IYNTTLKYGD VVGVNTTKY PYRVCSMAQG TDLIRFERNI VCTSMKPINE DLDEGIMVVY KRNIVAHTFK VRVYQKVLTF RRSYAYIHTT Y LLGSNTEY VAPPMWEIHH INSHSQCYSS YSRVIAGTVF VAYHRDSYEN KTMQLMPDDY SNTHSTRYVT VKDQWHSRGS TW LYRETSN LNCMVTITTA RSKYPYHFFA TSTGDVVDIS PFYNGTNRNA SYFGENADKF FIFPNYTIVS DFGRPNSALE THR LVAFLE RADSVISWDI QDEKNVTCQL TFWEASERTI RSEAEDSYHF SSAKMTATFL SKKQEVNMSD SALDCVRDEA INKL QQIFN TSYNQTYEKY GNVSVFETTG GLVVFWQGIK QKSLVELERL ANRSSLNLTH NSTKSSTDGN NATHLSNMES VHNLV YAQL QFTYDTLRGY INRALAQIAE AWCVDQRRTL EVFKELSKIN PSAILSAIYN KPIAARFMGD VLGLASCVTI NQTSVK VLR DMNVKESPGR CYSRPVVIFN FANSSYVQYG QLGEDNEILL GNHRTEECQL PSLKIFIAGN SAYEYVDYLF KRMIDLS SI STVDSMIALD IDPLENTDFR VLELYSQKEL RSSNVFDLEE IMREFNSYKQ RVKYVEDKVV DPGSGYIPEA PRDGQAYV R KDGEWVLLST FLGAAASLEV LFQGPGHHHH HHHHSAWSHP QFEKGGASGG GGSGGSAWSH PQFEK

UniProtKB: Envelope glycoprotein B

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分子 #2: 1G2 Fab Heavy Chain

分子名称: 1G2 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.206172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGASID RSTYYWGWIR QPPGKGLEWI ANIYYNGRAV YSPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKVRSLTA ADTAVYYCAT RWNYFFDFDY WGRGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGASID RSTYYWGWIR QPPGKGLEWI ANIYYNGRAV YSPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKVRSLTA ADTAVYYCAT RWNYFFDFDY WGRGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCD

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分子 #3: 1G2 Fab Light Chain

分子名称: 1G2 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.853125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIE TNYVSWYQQF PGTAPKLLIY RNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEAEYYC GTWDDNSWVF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列:
QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIE TNYVSWYQQF PGTAPKLLIY RNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEAEYYC GTWDDNSWVF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS

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分子 #4: 7H3 Fab Light Chain

分子名称: 7H3 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.879361 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLSQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG KNYVYWYQQV PGTAPKLLMF KNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEADYYC SAWDGSLSRP LFGGGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSVLSQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG KNYVYWYQQV PGTAPKLLMF KNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEADYYC SAWDGSLSRP LFGGGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #5: 7H3 Fab Heavy Chain

分子名称: 7H3 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.152064 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKNPGASVKV SCKASGYTFT DYYIHWVRQA PGQGLEWMGW FNPNSGGTNF VQNFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAMYYCAKD SAKTASAYYG LNFFYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列:
QVQLVQSGAE VKNPGASVKV SCKASGYTFT DYYIHWVRQA PGQGLEWMGW FNPNSGGTNF VQNFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAMYYCAKD SAKTASAYYG LNFFYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCD

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02% (w/v) sodium azide, 3% (v/v) glycerol, 0.25% CHAPS, and 0.1% (w/v) amphipol A8-35
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation, 1G2 Fab, and 7H3 Fab purified separately, mixed, and incubated for 30 minutes on ice prior to grid preparation

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8679 / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.0) / 使用した粒子像数: 211132
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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