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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43622 | ||||||||||||
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タイトル | Human PRC2 - RvLEAM(short) (1:6 molar ratio), 10 mM MgCl2 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Human polycomb repressive complex 2 / RvLEAM / air-water-interface / DNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Abe KM / Li G / Grant T / Lim CJ | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Human PRC2 - AavLEA1 (1:40 molar ratio) 著者: Abe KM / Li G / Grant T / Lim CJ | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43622.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43622-v30.xml emd-43622.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43622_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43622.png | 47 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43622.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_43622_half_map_1.map.gz emd_43622_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43622 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43622_validation.pdf.gz | 842.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43622_full_validation.pdf.gz | 841.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43622_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43622_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43622 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43622_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43622_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human polycomb repressive complex 2 (PRC2)
全体 | 名称: Human polycomb repressive complex 2 (PRC2) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human polycomb repressive complex 2 (PRC2)
超分子 | 名称: Human polycomb repressive complex 2 (PRC2) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.33 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |