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- EMDB-43523: Latrophilin-3 (ADGRL3) HormR and GAIN domains in the context of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43523
タイトルLatrophilin-3 (ADGRL3) HormR and GAIN domains in the context of the holoreceptor
マップデータ
試料
  • 複合体: Latrophilin3/ADGRL3 HormR+GAIN/7TM holoreceptor in complex with synthetic antibody fragment
    • 複合体: Latrophilin3/ADGRL3
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of Adhesion G protein-coupled receptor L3
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of Adhesion G protein-coupled receptor L3
    • 複合体: Synthetic antibody fragment
      • タンパク質・ペプチド: sAB Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: sAB Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードadhesion GPCR / GAIN domain / cell-cell adhesion / synapse / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / synapse assembly / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron migration / cell-cell junction / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon ...cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / synapse assembly / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron migration / cell-cell junction / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon / calcium ion binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, latrophilin, C-terminal / GPCR, family 2, latrophilin / Latrophilin Cytoplasmic C-terminal region / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / SUEL-type lectin domain profile. / GAIN domain, N-terminal / GPCR-Autoproteolysis INducing (GAIN) domain / Olfactomedin-like domain ...GPCR, family 2, latrophilin, C-terminal / GPCR, family 2, latrophilin / Latrophilin Cytoplasmic C-terminal region / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / SUEL-type lectin domain profile. / GAIN domain, N-terminal / GPCR-Autoproteolysis INducing (GAIN) domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain profile. / Olfactomedin-like domains / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Adhesion G protein-coupled receptor L3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Kordon SP / Bandekar SJ / Arac D
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM148412 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM134035-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32 GM142266 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Conformational coupling between extracellular and transmembrane domains modulates holo-adhesion GPCR function.
著者: Szymon P Kordon / Kristina Cechova / Sumit J Bandekar / Katherine Leon / Przemysław Dutka / Gracie Siffer / Anthony A Kossiakoff / Reza Vafabakhsh / Demet Araç /
要旨: Adhesion G Protein-Coupled Receptors (aGPCRs) are key cell-adhesion molecules involved in numerous physiological functions. aGPCRs have large multi-domain extracellular regions (ECRs) containing a ...Adhesion G Protein-Coupled Receptors (aGPCRs) are key cell-adhesion molecules involved in numerous physiological functions. aGPCRs have large multi-domain extracellular regions (ECRs) containing a conserved GAIN domain that precedes their seven-pass transmembrane domain (7TM). Ligand binding and mechanical force applied on the ECR regulate receptor function. However, how the ECR communicates with the 7TM remains elusive, because the relative orientation and dynamics of the ECR and 7TM within a holoreceptor is unclear. Here, we describe the cryo-EM reconstruction of an aGPCR, Latrophilin3/ADGRL3, and reveal that the GAIN domain adopts a parallel orientation to the transmembrane region and has constrained movement. Single-molecule FRET experiments unveil three slow-exchanging FRET states of the ECR relative to the transmembrane region within the holoreceptor. GAIN-targeted antibodies, and cancer-associated mutations at the GAIN-7TM interface, alter FRET states, cryo-EM conformations, and receptor signaling. Altogether, this data demonstrates conformational and functional coupling between the ECR and 7TM, suggesting an ECR-mediated mechanism for aGPCR activation.
履歴
登録2024年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43523.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 560 pix.
= 376.04 Å		0.67 Å/pix.
x 560 pix.
= 376.04 Å		0.67 Å/pix.
x 560 pix.
= 376.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6715 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.135
最小 - 最大-0.6933366 - 1.1857325
平均 (標準偏差)0.0001379278 (±0.00708544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 376.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43523_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43523_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Latrophilin3/ADGRL3 HormR+GAIN/7TM holoreceptor in complex with s...

全体名称: Latrophilin3/ADGRL3 HormR+GAIN/7TM holoreceptor in complex with synthetic antibody fragment
要素
  • 複合体: Latrophilin3/ADGRL3 HormR+GAIN/7TM holoreceptor in complex with synthetic antibody fragment
    • 複合体: Latrophilin3/ADGRL3
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of Adhesion G protein-coupled receptor L3
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of Adhesion G protein-coupled receptor L3
    • 複合体: Synthetic antibody fragment
      • タンパク質・ペプチド: sAB Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: sAB Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Latrophilin3/ADGRL3 HormR+GAIN/7TM holoreceptor in complex with s...

超分子名称: Latrophilin3/ADGRL3 HormR+GAIN/7TM holoreceptor in complex with synthetic antibody fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50 KDa

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超分子 #2: Latrophilin3/ADGRL3

超分子名称: Latrophilin3/ADGRL3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Synthetic antibody fragment

超分子名称: Synthetic antibody fragment / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Isoform 4 of Adhesion G protein-coupled receptor L3

分子名称: Isoform 4 of Adhesion G protein-coupled receptor L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.641762 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAMA QIPALEESCE AVEAREIMWF KTRQGQIAKQ PCPAGTIGVS TYLCLAPDGI WDPQGPDLSN CSSPWVNHIT QKLKSGETA ANIARELAEQ TRNHLNAGDI TYSVRAMDQL VGLLDVQLRN LTPGGKDSAA RSLNKLQKRE RSCRAYVQAM V ETVNNLLQ ...文字列:
DYKDDDDAMA QIPALEESCE AVEAREIMWF KTRQGQIAKQ PCPAGTIGVS TYLCLAPDGI WDPQGPDLSN CSSPWVNHIT QKLKSGETA ANIARELAEQ TRNHLNAGDI TYSVRAMDQL VGLLDVQLRN LTPGGKDSAA RSLNKLQKRE RSCRAYVQAM V ETVNNLLQ PQALNAWRDL TTSDQLRAAT MLLHTVEESA FVLADNLLKT DIVRENTDNI KLEVARLSTE GNLEDLKFPE NM GHGSTIQ LSANTLKQNG RNGEIRVAFV LYNNLGPYLS TENASMKLGT EALSTNHSVI VNSPVITAAI NKEFSNKVYL ADP VVFTVK HIKQSEENFN PNCSFWSYSK RTMTGYWSTQ GCRLLTTNKT HTTCSCNHL

UniProtKB: Adhesion G protein-coupled receptor L3

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分子 #2: Isoform 4 of Adhesion G protein-coupled receptor L3

分子名称: Isoform 4 of Adhesion G protein-coupled receptor L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.83925 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TNFAVLMAHV EVKHSDAVHD LLLDVITWVG ILLSLVCLLI CIFTFCFFRG LQSDRNTIHK NLCISLFVAE LLFLIGINRT DQPIACAVF AALLHFFFLA AFTWMFLEGV QLYIMLVEVF ESEHSRRKYF YLVGYGMPAL IVAVSAAVDY RSYGTDKVCW L RLDTYFIW ...文字列:
TNFAVLMAHV EVKHSDAVHD LLLDVITWVG ILLSLVCLLI CIFTFCFFRG LQSDRNTIHK NLCISLFVAE LLFLIGINRT DQPIACAVF AALLHFFFLA AFTWMFLEGV QLYIMLVEVF ESEHSRRKYF YLVGYGMPAL IVAVSAAVDY RSYGTDKVCW L RLDTYFIW SFIGPATLII MLNVIFLGIA LYKMFHHTAI LKPESGCLDN INYEDNRPFI KSWVIGAIAL LCLLGLTWAF GL MYINEST VIMAYLFTIF NSLQGMFIFI FHCVLQKKVR KEYGKCLRTH CCSGKSTESS IGSGKTSGSH HHHHHHH

UniProtKB: Adhesion G protein-coupled receptor L3

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分子 #3: sAB Light Chain

分子名称: sAB Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.329863 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSGQYPLTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSGQYPLTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: sAB Heavy Chain

分子名称: sAB Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.221016 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NISSSYIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARHNYWQWWE YSYALDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NISSSYIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARHNYWQWWE YSYALDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDKTHT

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
30.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
0.00075 %LMNG
0.00025 %GDN
0.0001 %CHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse protein sample in detergent buffer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2621532
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96958
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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