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- EMDB-43518: Cryo-EM structure of human ABC transporter ABCC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43518
タイトルCryo-EM structure of human ABC transporter ABCC1
マップデータ
試料
  • 複合体: Human ATP Binding Cassette Subfamily C Member 1 (hABCC1) in complex with cholesterol hemisuccinate
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance-associated protein 1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードOrganic anion exporter / ATPase-dependent export / homodimer / multidrug-resistant protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingolipid translocation / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / ABC-type vitamin B12 transporter activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / cobalamin transport / sphingolipid transporter activity / leukotriene transport / glutathione transmembrane transport ...sphingolipid translocation / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / ABC-type vitamin B12 transporter activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / cobalamin transport / sphingolipid transporter activity / leukotriene transport / glutathione transmembrane transport / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / glutathione transmembrane transporter activity / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / heme catabolic process / xenobiotic transport across blood-brain barrier / transepithelial transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / export across plasma membrane / Paracetamol ADME / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / xenobiotic transport / Heme degradation / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / lateral plasma membrane / ABC-type transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / cell chemotaxis / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / cellular response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Shinde O / Li P
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationA-2107 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145287 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Structures of ATP-binding cassette transporter ABCC1 reveal the molecular basis of cyclic dinucleotide cGAMP export.
著者: Omkar Shinde / Joshua A Boyer / Stephanie Cambier / Jordyn J VanPortfliet / Xuewu Sui / Gaya P Yadav / Elizabeth G Viverette / Mario J Borgnia / A Phillip West / Qi Zhang / Daniel B Stetson / Pingwei Li /
要旨: Cyclic nucleotide GMP-AMP (cGAMP) plays a critical role in mediating the innate immune response through the cyclic GMP-AMP synthase (cGAS)-stimulator of interferon genes (STING) pathway. Recent ...Cyclic nucleotide GMP-AMP (cGAMP) plays a critical role in mediating the innate immune response through the cyclic GMP-AMP synthase (cGAS)-stimulator of interferon genes (STING) pathway. Recent studies showed that ATP-binding cassette subfamily C member 1 (ABCC1) is a cGAMP exporter. The exported cGAMP can be imported into uninfected cells to stimulate a STING-mediated innate immune response. However, the molecular basis of cGAMP export mediated by ABCC1 remains unclear. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of human ABCC1 in a ligand-free state and a cGAMP-bound state. These structures reveal that ABCC1 forms a homodimer via its N-terminal transmembrane domain. The ligand-bound structure shows that cGAMP is recognized by a positively charged pocket. Mutagenesis and functional studies confirmed the roles of the ligand-binding pocket in cGAMP recognition and export. This study provides insights into the structure and function of ABCC1 as a cGAMP exporter and lays a foundation for future research targeting ABCC1 in infection and anti-cancer immunity.
履歴
登録2024年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43518.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43518.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.42 Å/pix.
x 220 pix.
= 312.4 Å		1.42 Å/pix.
x 220 pix.
= 312.4 Å		1.42 Å/pix.
x 220 pix.
= 312.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.4770817 - 2.350462
平均 (標準偏差)0.0032719334 (±0.05210283)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 312.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43518_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43518_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human ATP Binding Cassette Subfamily C Member 1 (hABCC1) in compl...

全体名称: Human ATP Binding Cassette Subfamily C Member 1 (hABCC1) in complex with cholesterol hemisuccinate
要素
  • 複合体: Human ATP Binding Cassette Subfamily C Member 1 (hABCC1) in complex with cholesterol hemisuccinate
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance-associated protein 1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: Human ATP Binding Cassette Subfamily C Member 1 (hABCC1) in compl...

超分子名称: Human ATP Binding Cassette Subfamily C Member 1 (hABCC1) in complex with cholesterol hemisuccinate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200 kDa/nm

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分子 #1: Multidrug resistance-associated protein 1

分子名称: Multidrug resistance-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type xenobiotic transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 171.762953 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALRGFCSAD GSDPLWDWNV TWNTSNPDFT KCFQNTVLVW VPCFYLWACF PFYFLYLSRH DRGYIQMTPL NKTKTALGFL LWIVCWADL FYSFWERSRG IFLAPVFLVS PTLLGITMLL ATFLIQLERR KGVQSSGIML TFWLVALVCA LAILRSKIMT A LKEDAQVD ...文字列:
MALRGFCSAD GSDPLWDWNV TWNTSNPDFT KCFQNTVLVW VPCFYLWACF PFYFLYLSRH DRGYIQMTPL NKTKTALGFL LWIVCWADL FYSFWERSRG IFLAPVFLVS PTLLGITMLL ATFLIQLERR KGVQSSGIML TFWLVALVCA LAILRSKIMT A LKEDAQVD LFRDITFYVY FSLLLIQLVL SCFSDRSPLF SETIHDPNPC PESSASFLSR ITFWWITGLI VRGYRQPLEG SD LWSLNKE DTSEQVVPVL VKNWKKECAK TRKQPVKVVY SSKDPAQPKE SSKVDANEEV EALIVKSPQK EWNPSLFKVL YKT FGPYFL MSFFFKAIHD LMMFSGPQIL KLLIKFVNDT KAPDWQGYFY TVLLFVTACL QTLVLHQYFH ICFVSGMRIK TAVI GAVYR KALVITNSAR KSSTVGEIVN LMSVDAQRFM DLATYINMIW SAPLQVILAL YLLWLNLGPS VLAGVAVMVL MVPVN AVMA MKTKTYQVAH MKSKDNRIKL MNEILNGIKV LKLYAWELAF KDKVLAIRQE ELKVLKKSAY LSAVGTFTWV CTPFLV ALC TFAVYVTIDE NNILDAQTAF VSLALFNILR FPLNILPMVI SSIVQASVSL KRLRIFLSHE ELEPDSIERR PVKDGGG TN SITVRNATFT WARSDPPTLN GITFSIPEGA LVAVVGQVGC GKSSLLSALL AEMDKVEGHV AIKGSVAYVP QQAWIQND S LRENILFGCQ LEEPYYRSVI QACALLPDLE ILPSGDRTEI GEKGVNLSGG QKQRVSLARA VYSNADIYLF DDPLSAVDA HVGKHIFENV IGPKGMLKNK TRILVTHSMS YLPQVDVIIV MSGGKISEMG SYQELLARDG AFAEFLRTYA STEQEQDAEE NGVTGVSGP GKEAKQMENG MLVTDSAGKQ LQRQLSSSSS YSGDISRHHN STAELQKAEA KKEETWKLME ADKAQTGQVK L SVYWDYMK AIGLFISFLS IFLFMCNHVS ALASNYWLSL WTDDPIVNGT QEHTKVRLSV YGALGISQGI AVFGYSMAVS IG GILASRC LHVDLLHSIL RSPMSFFERT PSGNLVNRFS KELDTVDSMI PEVIKMFMGS LFNVIGACIV ILLATPIAAI IIP PLGLIY FFVQRFYVAS SRQLKRLESV SRSPVYSHFN ETLLGVSVIR AFEEQERFIH QSDLKVDENQ KAYYPSIVAN RWLA VRLEC VGNCIVLFAA LFAVISRHSL SAGLVGLSVS YSLQVTTYLN WLVRMSSEME TNIVAVERLK EYSETEKEAP WQIQE TAPP SSWPQVGRVE FRNYCLRYRE DLDFVLRHIN VTINGGEKVG IVGRTGAGKS SLTLGLFRIN ESAEGEIIID GINIAK IGL HDLRFKITII PQDPVLFSGS LRMNLDPFSQ YSDEEVWTSL ELAHLKDFVS ALPDKLDHEC AEGGENLSVG QRQLVCL AR ALLRKTKILV LDEATAAVDL ETDDLIQSTI RTQFEDCTVL TIAHRLNTIM DYTRVIVLDK GEIQEYGAPS DLLQQRGL F YSMAKDAGLV

UniProtKB: Multidrug resistance-associated protein 1

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.46 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTris-HCl
150.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 35 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 220485
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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