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万見
- EMDB-43516: Cryo-EM structure of HMPV (MPV-2cREKR) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43516
タイトルCryo-EM structure of HMPV (MPV-2cREKR)
マップデータ
試料
  • 複合体: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR)
    • タンパク質・ペプチド: Prefusion of HMPV (MPV-2c)
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードPrefusion / HMPV / Cryo-EM / VIRUS / VIRAL PROTEIN
生物種Human metapneumovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Yu X / Langedijk JPM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Efficacious human metapneumovirus vaccine based on AI-guided engineering of a closed prefusion trimer.
著者: Mark J G Bakkers / Tina Ritschel / Machteld Tiemessen / Jacobus Dijkman / Angelo A Zuffianò / Xiaodi Yu / Daan van Overveld / Lam Le / Richard Voorzaat / Marlies M van Haaren / Martijn de ...著者: Mark J G Bakkers / Tina Ritschel / Machteld Tiemessen / Jacobus Dijkman / Angelo A Zuffianò / Xiaodi Yu / Daan van Overveld / Lam Le / Richard Voorzaat / Marlies M van Haaren / Martijn de Man / Sem Tamara / Leslie van der Fits / Roland Zahn / Jarek Juraszek / Johannes P M Langedijk /
要旨: The prefusion conformation of human metapneumovirus fusion protein (hMPV Pre-F) is critical for eliciting the most potent neutralizing antibodies and is the preferred immunogen for an efficacious ...The prefusion conformation of human metapneumovirus fusion protein (hMPV Pre-F) is critical for eliciting the most potent neutralizing antibodies and is the preferred immunogen for an efficacious vaccine against hMPV respiratory infections. Here we show that an additional cleavage event in the F protein allows closure and correct folding of the trimer. We therefore engineered the F protein to undergo double cleavage, which enabled screening for Pre-F stabilizing substitutions at the natively folded protomer interfaces. To identify these substitutions, we developed an AI convolutional classifier that successfully predicts complex polar interactions often overlooked by physics-based methods and visual inspection. The combination of additional processing, stabilization of interface regions and stabilization of the membrane-proximal stem, resulted in a Pre-F protein vaccine candidate without the need for a heterologous trimerization domain that exhibited high expression yields and thermostability. Cryo-EM analysis shows the complete ectodomain structure, including the stem, and a specific interaction of the newly identified cleaved C-terminus with the adjacent protomer. Importantly, the protein induces high and cross-neutralizing antibody responses resulting in near complete protection against hMPV challenge in cotton rats, making the highly stable, double-cleaved hMPV Pre-F trimer an attractive vaccine candidate.
履歴
登録2024年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43516.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43516.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 242.688 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 242.688 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 242.688 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.948 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-1.3594687 - 1.963642
平均 (標準偏差)0.0006632078 (±0.0545859)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 242.688 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43516_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43516_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR)

全体名称: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR)
要素
  • 複合体: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR)
    • タンパク質・ペプチド: Prefusion of HMPV (MPV-2c)
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR)

超分子名称: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ウイルス)

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分子 #1: Prefusion of HMPV (MPV-2c)

分子名称: Prefusion of HMPV (MPV-2c) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ウイルス)
分子量理論値: 56.553586 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC SDGPSLIKTE LDLTKSALRE LKTVSADQL RRRRELPRFM NYTLNNAKKT NVTLSKKRKR RFVLGAIALG RATAAAVTAG VAIAKTIRLE SEVTAIKNAL K TTNEAVST ...文字列:
MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC SDGPSLIKTE LDLTKSALRE LKTVSADQL RRRRELPRFM NYTLNNAKKT NVTLSKKRKR RFVLGAIALG RATAAAVTAG VAIAKTIRLE SEVTAIKNAL K TTNEAVST LGNGVRVLAT AVRELKDFVS KNLTRAINKN KCDIDDLKMA VSFSQFNRRF LNVVRQFSEN AGITPAISLD LM TDAELAR AISNMPTSAG QIKLMLENRA MVRRKGFGIL IGVYGSSVIY MVQLPIFGVI DTPCWIVKAA PSCSEKKGNY ACL LREDQG WYCQNAGSTV YYPNEKDCET RGDHVFCDTA AGINVAEQSK ECNINISTTN YPCKVSTGRN PISMVALSPL GALV ACYKG VSCSIGSNRV GIIKQLNKGC SYITNQDADT VTIDNTVYQL SKVEGEQHVI KGRPVSSSFD PIKFPPDQFN VALDQ VFEN IENSQAWVRK FDEILSSIEK GNTGGSEPEA

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97386
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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