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- EMDB-43497: Cryo-EM structure of human CD45 extracellular region in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43497
タイトルCryo-EM structure of human CD45 extracellular region in complex with adenoviral protein E3/49K
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of extracellular domain od human CD45 and extracellular domain of adenoviral protein E3/49K
    • タンパク質・ペプチド: 45.5kDa protein
  • タンパク質・ペプチド: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplex / T cell signaling / Viral suppression / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane raft distribution / positive regulation of antigen receptor-mediated signaling pathway / positive regulation of hematopoietic stem cell migration / negative regulation of cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / regulation of interleukin-8 production / regulation of T cell receptor signaling pathway ...plasma membrane raft distribution / positive regulation of antigen receptor-mediated signaling pathway / positive regulation of hematopoietic stem cell migration / negative regulation of cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / regulation of interleukin-8 production / regulation of T cell receptor signaling pathway / membrane microdomain / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / negative regulation of microglial cell activation / Other semaphorin interactions / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / cell cycle phase transition / DN2 thymocyte differentiation / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / natural killer cell differentiation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / bleb / stem cell development / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / negative thymic T cell selection / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of phagocytosis / positive thymic T cell selection / heparan sulfate proteoglycan binding / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / bone marrow development / heterotypic cell-cell adhesion / ankyrin binding / positive regulation of immunoglobulin production / dephosphorylation / negative regulation of interleukin-2 production / leukocyte cell-cell adhesion / spectrin binding / response to aldosterone / positive regulation of stem cell proliferation / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / B cell proliferation / T cell differentiation / positive regulation of protein kinase activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / protein dephosphorylation / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / release of sequestered calcium ion into cytosol / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of interleukin-2 production / B cell differentiation / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / secretory granule membrane / negative regulation of protein kinase activity / response to gamma radiation / B cell receptor signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / heparin binding / T cell receptor signaling pathway / regulation of gene expression / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle / membrane raft / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / synapse / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenovirus E3 region protein CR2 / Adenovirus E3 region protein CR1 / Adenovirus E3 region protein CR2 / Adenovirus E3 region protein CR1 / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C / Protein tyrosine phosphatase, receptor type, N-terminal / Protein tyrosine phosphatase N terminal / Leukocyte receptor CD45 / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain ...Adenovirus E3 region protein CR2 / Adenovirus E3 region protein CR1 / Adenovirus E3 region protein CR2 / Adenovirus E3 region protein CR1 / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C / Protein tyrosine phosphatase, receptor type, N-terminal / Protein tyrosine phosphatase N terminal / Leukocyte receptor CD45 / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C / 45.5kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human adenovirus 19a (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Borowska MT / Caveney NA / Jude KM / Garcia KC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI103867 米国
Ludwig Institute for Cancer Research (LICR) 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2024
タイトル: Orientation-dependent CD45 inhibition with viral and engineered ligands.
著者: Marta T Borowska / Liu D Liu / Nathanael A Caveney / Kevin M Jude / Won-Ju Kim / Takeya Masubuchi / Enfu Hui / Robbie G Majzner / K Christopher Garcia /
要旨: CD45 is a cell surface phosphatase that shapes the T cell receptor signaling threshold but does not have a known ligand. A family of adenovirus proteins, including E3/49K, exploits CD45 to evade ...CD45 is a cell surface phosphatase that shapes the T cell receptor signaling threshold but does not have a known ligand. A family of adenovirus proteins, including E3/49K, exploits CD45 to evade immunity by binding to the extracellular domain of CD45, resulting in the suppression of T cell signaling. We determined the cryo-EM structure of this complex and found that the E3/49K protein is composed of three immunoglobulin domains assembled as "beads on a string" that compel CD45 into a closely abutted dimer by cross-linking the CD45 D3 domain, leading to steric inhibition of its intracellular phosphatase activity. Inspired by the E3/49K mechanism, we engineered CD45 surrogate ligands that can fine-tune T cell activation by dimerizing CD45 into different orientations and proximities. The adenovirus E3/49K protein has taught us that, despite a lack of a known ligand, CD45 activity can be modulated by extracellular dimerizing ligands that perturb its phosphatase activity and alter T cell responses.
履歴
登録2024年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43497.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 288 pix.
= 345.696 Å		1.2 Å/pix.
x 288 pix.
= 345.696 Å		1.2 Å/pix.
x 288 pix.
= 345.696 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.20033 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.296046 - 0.8287271
平均 (標準偏差)-0.0004243445 (±0.014643858)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 345.69598 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_43497_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43497_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43497_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of extracellular domain od human CD45 and extracellular d...

全体名称: Complex of extracellular domain od human CD45 and extracellular domain of adenoviral protein E3/49K
要素
  • 複合体: Complex of extracellular domain od human CD45 and extracellular domain of adenoviral protein E3/49K
    • タンパク質・ペプチド: 45.5kDa protein
  • タンパク質・ペプチド: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of extracellular domain od human CD45 and extracellular d...

超分子名称: Complex of extracellular domain od human CD45 and extracellular domain of adenoviral protein E3/49K
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 164 KDa

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分子 #1: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C

分子名称: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-tyrosine-phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.713836 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSPTPSPTGL TTAKMPSVPL SSDPLPTHTT AFSPASTFER ENDFSETTTS LSPDNTSTQV SPDSLDNASA FNTTGVSSVQ TPHLPTHAD SQTPSAGTDT QTFSGSAANA KLNPTPGSNA ISDVPGERST ASTFPTDPVS PLTTTLSLAH HSSAALPART S NTTITANT ...文字列:
QSPTPSPTGL TTAKMPSVPL SSDPLPTHTT AFSPASTFER ENDFSETTTS LSPDNTSTQV SPDSLDNASA FNTTGVSSVQ TPHLPTHAD SQTPSAGTDT QTFSGSAANA KLNPTPGSNA ISDVPGERST ASTFPTDPVS PLTTTLSLAH HSSAALPART S NTTITANT SDAYLNASET TTLSPSGSAV ISTTTIATTP SKPTCDEKYA NITVDYLYNK ETKLFTAKLN VNENVECGNN TC TNNEVHN LTECKNASVS ISHNSCTAPD KTLILDVPPG VEKFQLHDCT QVEKADTTIC LKWKNIETFT CDTQNITYRF QCG NMIFDN KEIKLENLEP EHEYKCDSEI LYNNHKFTNA SKIIKTDFGS PGEPQIIFCR SEAAHQGVIT WNPPQRSFHN FTLC YIKET EKDCLNLDKN LIKYDLQNLK PYTKYVLSLH AYIIAKVQRN GSAAMCHFTT KSAPPSQVWN MTVSMTSDNS MHVKC RPPR DRNGPHERYH LEVEAGNTLV RNESHKNCDF RVKDLQYSTD YTFKAYFHNG DYPGEPFILH HSTSYNS

UniProtKB: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C

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分子 #2: 45.5kDa protein

分子名称: 45.5kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 19a (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 39.408938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GFHTINATWW ANITLVGPPD TPVTWYDTQG LWFCNGSRVK NPQIRHTCND QNLTLIHVNK TYERTYMGYN RQGTKKEDYK VVVIPPPPA TVKPQPEPEY VFVYMGENKT LEGPPGTPVT WFNQDGKKFC EGEKVLHPEF NHTCDKQNLI LLFVNFTHDG A YLGYNHQG ...文字列:
GFHTINATWW ANITLVGPPD TPVTWYDTQG LWFCNGSRVK NPQIRHTCND QNLTLIHVNK TYERTYMGYN RQGTKKEDYK VVVIPPPPA TVKPQPEPEY VFVYMGENKT LEGPPGTPVT WFNQDGKKFC EGEKVLHPEF NHTCDKQNLI LLFVNFTHDG A YLGYNHQG TQRTHYEVTV LDLFPDSGQM KIENHSEETE QKNDEHHNWQ KQGGQKQGGQ KTNQTKVNDR RKTAQKRPSK LK PATIEAM LVTVTAGSNL TLVGPKAEGK VTWFDGDLKR PCEPNYRLRH ECNNQNLTLI NVTKDYEGTY YGTNDKDEGK RYR VKVNTT NSQSVKIQGA PHHHHHH

UniProtKB: 45.5kDa protein

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5306556
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5mfv

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 377081
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8vse:
Cryo-EM structure of human CD45 extracellular region in complex with adenoviral protein E3/49K

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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