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- EMDB-43411: Phosphorylated human NCC in complex with indapamide -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43411
タイトルPhosphorylated human NCC in complex with indapamide
マップデータPhosphorylated human NCC in complex with indapamide
試料
  • 複合体: Phosphorylated human NCC in complex with Indapamide
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 3
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 3
  • リガンド: 4-chloro-N-[(2S)-2-methyl-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-3-sulfamoylbenzamide
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water
キーワードPhosphorylation / a thiazide-like drug / Indapamide / Outward-open / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:chloride symporter activity / apical plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thiazide-sensitive Na-K-Cl co-transporter / Amino acid permease, N-terminal / Amino acid permease N-terminal / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / SLC12A transporter family / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhao YX / Cao EH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK128592 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural bases for Na-Cl cotransporter inhibition by thiazide diuretic drugs and activation by kinases.
著者: Yongxiang Zhao / Heidi Schubert / Alan Blakely / Biff Forbush / Micholas Dean Smith / Jesse Rinehart / Erhu Cao /
要旨: The Na-Cl cotransporter (NCC) drives salt reabsorption in the kidney and plays a decisive role in balancing electrolytes and blood pressure. Thiazide and thiazide-like diuretics inhibit NCC-mediated ...The Na-Cl cotransporter (NCC) drives salt reabsorption in the kidney and plays a decisive role in balancing electrolytes and blood pressure. Thiazide and thiazide-like diuretics inhibit NCC-mediated renal salt retention and have been cornerstones for treating hypertension and edema since the 1950s. Here we determine NCC co-structures individually complexed with the thiazide drug hydrochlorothiazide, and two thiazide-like drugs chlorthalidone and indapamide, revealing that they fit into an orthosteric site and occlude the NCC ion translocation pathway. Aberrant NCC activation by the WNKs-SPAK kinase cascade underlies Familial Hyperkalemic Hypertension, but it remains unknown whether/how phosphorylation transforms the NCC structure to accelerate ion translocation. We show that an intracellular amino-terminal motif of NCC, once phosphorylated, associates with the carboxyl-terminal domain, and together, they interact with the transmembrane domain. These interactions suggest a phosphorylation-dependent allosteric network that directly influences NCC ion translocation.
履歴
登録2024年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43411.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43411.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phosphorylated human NCC in complex with indapamide
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 380 pix.
= 326.8 Å		0.86 Å/pix.
x 380 pix.
= 326.8 Å		0.86 Å/pix.
x 380 pix.
= 326.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-0.9438953 - 1.424901
平均 (標準偏差)0.00012993797 (±0.036809124)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 326.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional Map

ファイルemd_43411_additional_1.map
注釈Additional Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_43411_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_43411_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Phosphorylated human NCC in complex with Indapamide

全体名称: Phosphorylated human NCC in complex with Indapamide
要素
  • 複合体: Phosphorylated human NCC in complex with Indapamide
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 3
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 3
  • リガンド: 4-chloro-N-[(2S)-2-methyl-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-3-sulfamoylbenzamide
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Phosphorylated human NCC in complex with Indapamide

超分子名称: Phosphorylated human NCC in complex with Indapamide / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 12 member 3

分子名称: Solute carrier family 12 member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.364648 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: MAELPTTETP GDATLCSGRF TISTLLSSDE PSPPAAYDSS HPSHLTHSST FCMR(TPO)FGYN(TPO) IDVVPTYEHY AN (SEP)TQPGEP RKVRPTLADL HSFLKEGRHL HALAFDSRPS HEMTDGLVEG EAGTSSEKNP EEPVRFGWVK GVMIRCMLN IWGVILYLRL ...文字列:
MAELPTTETP GDATLCSGRF TISTLLSSDE PSPPAAYDSS HPSHLTHSST FCMR(TPO)FGYN(TPO) IDVVPTYEHY AN (SEP)TQPGEP RKVRPTLADL HSFLKEGRHL HALAFDSRPS HEMTDGLVEG EAGTSSEKNP EEPVRFGWVK GVMIRCMLN IWGVILYLRL PWITAQAGIV LTWIIILLSV TVTSITGLSI SAISTNGKVK SGGTYFLISR SLGPELGGSI GLIFAFANAV GVAMHTVGF AETVRDLLQE YGAPIVDPIN DIRIIAVVSV TVLLAISLAG MEWESKAQVL FFLVIMVSFA NYLVGTLIPP S EDKASKGF FSYRADIFVQ NLVPDWRGPD GTFFGMFSIF FPSATGILAG ANISGDLKDP AIAIPKGTLM AIFWTTISYL AI SATIGSC VVRDASGVLN DTVTPGWGAC EGLACSYGWN FTECTQQHSC HYGLINYYQT MSMVSGFAPL ITAGIFGATL SSA LACLVS AAKVFQCLCE DQLYPLIGFF GKGYGKNKEP VRGYLLAYAI AVAFIIIAEL NTIAPIISNF FLCSYALINF SCFH ASITN SPGWRPSFQY YNKWAALFGA IISVVIMFLL TWWAALIAIG VVLFLLLYVI YKKPEVNWGS SVQAGSYNLA LSYSV GLNE VEDHIKNYRP QCLVLTGPPN FRPALVDFVG TFTRNLSLMI CGHVLIGPHK QRMPELQLIA NGHTKWLNKR KIKAFY SDV IAEDLRRGVQ ILMQAAGLGR MKPNILVVGF KKNWQSAHPA TVEDYIGILH DAFDFNYGVC VMRMREGLNV SKMMQAH IN PVFDPAEDGK EASARVDPKA LVKEEQATTI FQSEQGKKTI DIYWLFDDGG LTLLIPYLLG RKRRWSKCKI RVFVGGQI N RMDQERKAII SLLSKFRLGF HEVHILPDIN QNPRAEHTKR FEDMIAPFRL NDGFKDEATV NEMRRDCPWK ISDEEITKN RVKSLRQVRL NEIVLDYSRD AALIVITLPI GRKGKCPSSL YMAWLETLSQ DLRPPVILIR GNQENVLTFY CQ

UniProtKB: Solute carrier family 12 member 3

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分子 #2: Solute carrier family 12 member 3

分子名称: Solute carrier family 12 member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.124711 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: MAELPTTETP GDATLCSGRF TISTLLSSDE PSPPAAYDSS HPSHLTHSST FCMRTFGYNT IDVVPTYEHY ANSTQPGEPR KVRPTLADL HSFLKEGRHL HALAFDSRPS HEMTDGLVEG EAGTSSEKNP EEPVRFGWVK GVMIRCMLNI WGVILYLRLP W ITAQAGIV ...文字列:
MAELPTTETP GDATLCSGRF TISTLLSSDE PSPPAAYDSS HPSHLTHSST FCMRTFGYNT IDVVPTYEHY ANSTQPGEPR KVRPTLADL HSFLKEGRHL HALAFDSRPS HEMTDGLVEG EAGTSSEKNP EEPVRFGWVK GVMIRCMLNI WGVILYLRLP W ITAQAGIV LTWIIILLSV TVTSITGLSI SAISTNGKVK SGGTYFLISR SLGPELGGSI GLIFAFANAV GVAMHTVGFA ET VRDLLQE YGAPIVDPIN DIRIIAVVSV TVLLAISLAG MEWESKAQVL FFLVIMVSFA NYLVGTLIPP SEDKASKGFF SYR ADIFVQ NLVPDWRGPD GTFFGMFSIF FPSATGILAG ANISGDLKDP AIAIPKGTLM AIFWTTISYL AISATIGSCV VRDA SGVLN DTVTPGWGAC EGLACSYGWN FTECTQQHSC HYGLINYYQT MSMVSGFAPL ITAGIFGATL SSALACLVSA AKVFQ CLCE DQLYPLIGFF GKGYGKNKEP VRGYLLAYAI AVAFIIIAEL NTIAPIISNF FLCSYALINF SCFHASITNS PGWRPS FQY YNKWAALFGA IISVVIMFLL TWWAALIAIG VVLFLLLYVI YKKPEVNWGS SVQAGSYNLA LSYSVGLNEV EDHIKNY RP QCLVLTGPPN FRPALVDFVG TFTRNLSLMI CGHVLIGPHK QRMPELQLIA NGHTKWLNKR KIKAFYSDVI AEDLRRGV Q ILMQAAGLGR MKPNILVVGF KKNWQSAHPA TVEDYIGILH DAFDFNYGVC VMRMREGLNV SKMMQAHINP VFDPAEDGK EASARVDPKA LVKEEQATTI FQSEQGKKTI DIYWLFDDGG LTLLIPYLLG RKRRWSKCKI RVFVGGQINR MDQERKAIIS LLSKFRLGF HEVHILPDIN QNPRAEHTKR FEDMIAPFRL NDGFKDEATV NEMRRDCPWK ISDEEITKNR VKSLRQVRLN E IVLDYSRD AALIVITLPI GRKGKCPSSL YMAWLETLSQ DLRPPVILIR GNQENVLTFY CQ

UniProtKB: Solute carrier family 12 member 3

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分子 #3: 4-chloro-N-[(2S)-2-methyl-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-3-sulfamoylb...

分子名称: 4-chloro-N-[(2S)-2-methyl-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-3-sulfamoylbenzamide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: BL1
分子量理論値: 365.835 Da
Chemical component information

ChemComp-BL1:
4-chloro-N-[(2S)-2-methyl-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-3-sulfamoylbenzamide / 阻害剤*YM

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2148162
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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