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万見
- EMDB-43386: The Cryo-EM structure of LSD1-CoREST-HDAC1 in complex with KBTBD4... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43386
タイトルThe Cryo-EM structure of LSD1-CoREST-HDAC1 in complex with KBTBD4 enhanced by UM171 and IP6
マップデータ
試料
  • 複合体: LHC-K4
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase 1
    • タンパク質・ペプチド: REST corepressor 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine
キーワードmolecular glue / protein degradation / E3 ligase / transcription and translation / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / Krueppel-associated box domain binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / protein lysine delactylase activity / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation ...Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / Krueppel-associated box domain binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / protein lysine delactylase activity / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / NuRD complex / regulation of cell fate specification / endoderm development / negative regulation of stem cell population maintenance / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / protein deacetylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase / regulation of stem cell differentiation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / DNA repair complex / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / histone deacetylase activity / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of gene expression, epigenetic / Sin3-type complex / E-box binding / G1/S-Specific Transcription / eyelid development in camera-type eye / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / oligodendrocyte differentiation / odontogenesis of dentin-containing tooth / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / G0 and Early G1 / negative regulation by host of viral transcription / hair follicle placode formation / NF-kappaB binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / heterochromatin / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / transcription repressor complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / erythrocyte differentiation / negative regulation of cell migration / hippocampus development / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / circadian regulation of gene expression / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / neuron differentiation / transcription corepressor activity / p53 binding / heterochromatin formation / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex
類似検索 - 分子機能
Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4 / KBTBD4, BTB/POZ domain / KBTBD4, BACK domain / Kelch repeat type 2 / Kelch motif / : / Helical region in REST corepressor / : / ELM2 domain / ELM2 domain ...Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4 / KBTBD4, BTB/POZ domain / KBTBD4, BACK domain / Kelch repeat type 2 / Kelch motif / : / Helical region in REST corepressor / : / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone deacetylase / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / SANT domain profile. / SANT domain / Kelch-type beta propeller / Myb-like DNA-binding domain / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone deacetylase 1 / Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4 / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å
データ登録者Xie X / Mao H / Liau B / Zheng N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2018
タイトル: UCSF ChimeraX: Meeting modern challenges in visualization and analysis.
著者: Thomas D Goddard / Conrad C Huang / Elaine C Meng / Eric F Pettersen / Gregory S Couch / John H Morris / Thomas E Ferrin /
要旨: UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and ...UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and disparate types of data attendant with cutting-edge experimental methods, while providing advanced options for high-quality rendering (interactive ambient occlusion, reliable molecular surface calculations, etc.) and professional approaches to software design and distribution. This article highlights some specific advances in the areas of visualization and usability, performance, and extensibility. ChimeraX is free for noncommercial use and is available from http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ for Windows, Mac, and Linux.
履歴
登録2024年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43386.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.84 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.84 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.885 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.99580604 - 1.4640294
平均 (標準偏差)-0.000046424542 (±0.018048692)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 339.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_43386_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43386_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_43386_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LHC-K4

全体名称: LHC-K4
要素
  • 複合体: LHC-K4
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase 1
    • タンパク質・ペプチド: REST corepressor 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine

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超分子 #1: LHC-K4

超分子名称: LHC-K4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4

分子名称: Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.971711 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKGGNADSWQ REKLASMESP EEPGASMDEN YFVNYTFKDR SHSGRVAQGI MKLCLEEELF ADVTISVEGR EFQLHRLVLS AQSCFFRSM FTSNLKEAHN RVIVLQDVSE SVFQLLVDYI YHGTVKLRAE ELQEIYEVSD MYQLTSLFEE CSRFLARTVQ V GNCLQVMW ...文字列:
MKGGNADSWQ REKLASMESP EEPGASMDEN YFVNYTFKDR SHSGRVAQGI MKLCLEEELF ADVTISVEGR EFQLHRLVLS AQSCFFRSM FTSNLKEAHN RVIVLQDVSE SVFQLLVDYI YHGTVKLRAE ELQEIYEVSD MYQLTSLFEE CSRFLARTVQ V GNCLQVMW LADRHSDPEL YTAAKHCAKT HLAQLQNTEE FLHLPHRLLT DIISDGVPCS QNPTEAIEAW INFNKEEREA FA ESLRTSL KEIGENVHIY LIGKESSRTH SLAVSLHCAE DDSISVSGQN SLCHQITAAC KHGGDLYVVG GSIPRRMWKC NNA TVDWEW CAPLPRDRLQ HTLVSVPGKD AIYSLGGKTL QDTLSNAVIY YRVGDNVWTE TTQLEVAVSG AAGANLNGII YLLG GEEND LDFFTKPSRL IQCFDTETDK CHVKPYVLPF AGRMHAAVHK DLVFIVAEGD SLVCYNPLLD SFTRLCLPEA WSSAP SLWK IASCNGSIYV FRDRYKKGDA NTYKLDPATS AVTVTRGIKV LLTNLQFVLA

UniProtKB: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4

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分子 #2: Histone deacetylase 1

分子名称: Histone deacetylase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone deacetylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.178906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAQTQGTRRK VCYYYDGDVG NYYYGQGHPM KPHRIRMTHN LLLNYGLYRK MEIYRPHKAN AEEMTKYHSD DYIKFLRSIR PDNMSEYSK QMQRFNVGED CPVFDGLFEF CQLSTGGSVA SAVKLNKQQT DIAVNWAGGL HHAKKSEASG FCYVNDIVLA I LELLKYHQ ...文字列:
MAQTQGTRRK VCYYYDGDVG NYYYGQGHPM KPHRIRMTHN LLLNYGLYRK MEIYRPHKAN AEEMTKYHSD DYIKFLRSIR PDNMSEYSK QMQRFNVGED CPVFDGLFEF CQLSTGGSVA SAVKLNKQQT DIAVNWAGGL HHAKKSEASG FCYVNDIVLA I LELLKYHQ RVLYIDIDIH HGDGVEEAFY TTDRVMTVSF HKYGEYFPGT GDLRDIGAGK GKYYAVNYPL RDGIDDESYE AI FKPVMSK VMEMFQPSAV VLQCGSDSLS GDRLGCFNLT IKGHAKCVEF VKSFNLPMLM LGGGGYTIRN VARCWTYETA VAL DTEIPN ELPYNDYFEY FGPDFKLHIS PSNMTNQNTN EYLEKIKQRL FENLRMLPHA PGVQMQAIPE DAIPEESGDE DEDD PDKRI SICSSDKRIA CEEEFSDSEE EGEGGRKNSS NFKKAKRVKT EDEKEKDPEE KKEVTEEEKT KEEKPEAKGV KEEVK LA

UniProtKB: Histone deacetylase 1

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分子 #3: REST corepressor 1

分子名称: REST corepressor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.974441 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSWEEGSSGS SSDEEHGGGG MRVGPQYQAV VPDFDPAKLA RRSQERDNLG MLVWSPNQNL SEAKLDEYIA IAKEKHGYNM EQALGMLFW HKHNIEKSLA DLPNFTPFPD EWTVEDKVLF EQAFSFHGKT FHRIQQMLPD KSIASLVKFY YSWKKTRTKT S VMDRHARK ...文字列:
MSWEEGSSGS SSDEEHGGGG MRVGPQYQAV VPDFDPAKLA RRSQERDNLG MLVWSPNQNL SEAKLDEYIA IAKEKHGYNM EQALGMLFW HKHNIEKSLA DLPNFTPFPD EWTVEDKVLF EQAFSFHGKT FHRIQQMLPD KSIASLVKFY YSWKKTRTKT S VMDRHARK QKREREESED ELEEANGNNP IDIEVDQNKE SKKEVPPTET VPQVKKEKHS TQAKNRAKRK PPKGMFLSQE DV EAVSANA TAATTVLRQL DMELVSVKRQ IQNIKQTNSA LKEKLDGGIE PYRLPEVIQK CNARWTTEEQ LLAVQAIRKY GRD FQAISD VIGNKSVVQV KNFFVNYRRR FNIDEVLQEW EAEHGKEETN GPSNQKPVKS PDNSIKMPEE EDEAPVLDVR YASA S

UniProtKB: REST corepressor 1

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸

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分子 #6: (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyri...

分子名称: (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1ACV
分子量理論値: 453.542 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.4 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 186315
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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