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万見
- EMDB-43374: CryoET of VSV incubated with liposomes at pH 5.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43374
タイトルCryoET of VSV incubated with liposomes at pH 5.5
マップデータTomogram TS3016 from the 90s post-incubation dataset, pertaining to Fig. 2A.
試料
  • ウイルス: Vesicular stomatitis Indiana virus strain San Juan (ウイルス)
キーワードVirus / Liposome / Fusion / Class III Fusion / VSV / VSV G
生物種Vesicular stomatitis Indiana virus strain San Juan (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Si Z / Xia X / Tang S / Milojevic L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI171426 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Capturing Intermediates and Membrane Remodeling during Class III Fusion
著者: Milojevic L / Si Z / Xia X / Chen L / He Y / Tang S / Luo M / Zhou ZH
履歴
登録2024年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43374.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43374.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 831.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram TS3016 from the 90s post-incubation dataset, pertaining to Fig. 2A.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.16 Å/pix.
x 333 pix.
= 2717.28 Å		8.16 Å/pix.
x 960 pix.
= 7833.6 Å		8.16 Å/pix.
x 682 pix.
= 5565.12 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-6.527553 - 26.656967000000002
平均 (標準偏差)0.4765678 (±0.33842728)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ960682333
Spacing682960333
セルA: 5565.12 Å / B: 7833.5996 Å / C: 2717.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vesicular stomatitis Indiana virus strain San Juan

全体名称: Vesicular stomatitis Indiana virus strain San Juan (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Vesicular stomatitis Indiana virus strain San Juan (ウイルス)

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超分子 #1: Vesicular stomatitis Indiana virus strain San Juan

超分子名称: Vesicular stomatitis Indiana virus strain San Juan / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 11285
生物種: Vesicular stomatitis Indiana virus strain San Juan
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Cell Microscopy Core, Department of Cell Biology, University Medical Center Utrecht
直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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