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- EMDB-43356: Modifying portion of human FASN with NADP+ and the ACP at the DH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43356
タイトルModifying portion of human FASN with NADP+ and the ACP at the DH domain
マップデータModifying region of hFASN/NADP DH-ACP
試料
  • 複合体: human Fatty Acid Synthase
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
キーワードMegasynthase / Lipogenesis / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / glandular epithelial cell development / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity ...fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / glandular epithelial cell development / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / glycogen granule / Fatty acyl-CoA biosynthesis / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / modulation by host of viral process / ChREBP activates metabolic gene expression / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / mammary gland development / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid synthase activity / monocyte differentiation / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / osteoblast differentiation / melanosome / cadherin binding / inflammatory response / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain ...: / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Zinc-binding dehydrogenase / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Schultz K / Marmorstein R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118090 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Snapshots of acyl carrier protein shuttling in human fatty acid synthase.
著者: Kollin Schultz / Pedro Costa-Pinheiro / Lauren Gardner / Laura V Pinheiro / Julio Ramirez-Solis / Sarah M Gardner / Kathryn E Wellen / Ronen Marmorstein /
要旨: The mammalian fatty acid synthase (FASN) enzyme is a dynamic multienzyme that belongs to the megasynthase family. In mammals, a single gene encodes six catalytically active domains and a flexibly ...The mammalian fatty acid synthase (FASN) enzyme is a dynamic multienzyme that belongs to the megasynthase family. In mammals, a single gene encodes six catalytically active domains and a flexibly tethered acyl carrier protein (ACP) domain that shuttles intermediates between active sites for fatty acid biosynthesis. FASN is an essential enzyme in mammalian development through the role that fatty acids have in membrane formation, energy storage, cell signalling and protein modifications. Thus, FASN is a promising target for treatment of a large variety of diseases including cancer, metabolic dysfunction-associated fatty liver disease, and viral and parasite infections. The multi-faceted mechanism of FASN and the dynamic nature of the protein, in particular of the ACP, have made it challenging to understand at the molecular level. Here we report cryo-electron microscopy structures of human FASN in a multitude of conformational states with NADPH and NADP plus acetoacetyl-CoA present, including structures with the ACP stalled at the dehydratase (DH) and enoyl-reductase (ER) domains. We show that FASN activity in vitro and de novo lipogenesis in cells is inhibited by mutations at the ACP-DH and ACP-ER interfaces. Together, these studies provide new molecular insights into the dynamic nature of FASN and the ACP shuttling mechanism, with implications for developing improved FASN-targeted therapeutics.
履歴
登録2024年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43356.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Modifying region of hFASN/NADP DH-ACP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 384.84 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 384.84 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 384.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.069 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.265
最小 - 最大-0.2638456 - 1.3675705
平均 (標準偏差)0.0035539875 (±0.03950897)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 384.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43356_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map of the modifying region of hFASN/NADP DH-ACP

ファイルemd_43356_additional_1.map
注釈Sharpened map of the modifying region of hFASN/NADP DH-ACP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map b

ファイルemd_43356_half_map_1.map
注釈Half map b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map a

ファイルemd_43356_half_map_2.map
注釈Half map a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human Fatty Acid Synthase

全体名称: human Fatty Acid Synthase
要素
  • 複合体: human Fatty Acid Synthase
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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超分子 #1: human Fatty Acid Synthase

超分子名称: human Fatty Acid Synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Modifying region from a focused refinement with the ACP at the DH domain
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 554 KDa

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分子 #1: Fatty acid synthase

分子名称: Fatty acid synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acid synthase system
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 279.062562 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYYDYKDDD DKDYDIPTTE NLYFQGAMGS GIPEEVVIAG MSGKLPESEN LQEFWDNLIG GVDMVTDDDR RWKAGLYGLP RRSGKLKDL SRFDASFFGV HPKQAHTMDP QLRLLLEVTY EAIVDGGINP DSLRGTHTGV WVGVSGSETS EALSRDPETL V GYSMVGCQ ...文字列:
MSYYDYKDDD DKDYDIPTTE NLYFQGAMGS GIPEEVVIAG MSGKLPESEN LQEFWDNLIG GVDMVTDDDR RWKAGLYGLP RRSGKLKDL SRFDASFFGV HPKQAHTMDP QLRLLLEVTY EAIVDGGINP DSLRGTHTGV WVGVSGSETS EALSRDPETL V GYSMVGCQ RAMMANRLSF FFDFRGPSIA LDTACSSSLM ALQNAYQAIH SGQCPAAIVG GINVLLKPNT SVQFLRLGML SP EGTCKAF DTAGNGYCRS EGVVAVLLTK KSLARRVYAT ILNAGTNTDG FKEQGVTFPS GDIQEQLIRS LYQSAGVAPE SFE YIEAHG TGTKVGDPQE LNGITRALCA TRQEPLLIGS TKSNMGHPEP ASGLAALAKV LLSLEHGLWA PNLHFHSPNP EIPA LLDGR LQVVDQPLPV RGGNVGINSF GFGGSNVHII LRPNTQPPPA PAPHATLPRL LRASGRTPEA VQKLLEQGLR HSQDL AFLS MLNDIAAVPA TAMPFRGYAV LGGERGGPEV QQVPAGERPL WFICSGMGTQ WRGMGLSLMR LDRFRDSILR SDEAVK PFG LKVSQLLLST DESTFDDIVH SFVSLTAIQI GLIDLLSCMG LRPDGIVGHS LGEVACGYAD GCLSQEEAVL AAYWRGQ CI KEAHLPPGAM AAVGLSWEEC KQRCPPGVVP ACHNSKDTVT ISGPQAPVFE FVEQLRKEGV FAKEVRTGGM AFHSYFME A IAPPLLQELK KVIREPKPRS ARWLSTSIPE AQWHSSLART SSAEYNVNNL VSPVLFQEAL WHVPEHAVVL EIAPHALLQ AVLKRGLKPS CTIIPLMKKD HRDNLEFFLA GIGRLHLSGI DANPNALFPP VEFPAPRGTP LISPLIKWDH SLAWDVPAAE DFPNGSGSP SAAIYNIDTS SESPDHYLVD HTLDGRVLFP ATGYLSIVWK TLARALGLGV EQLPVVFEDV VLHQATILPK T GTVSLEVR LLEASRAFEV SENGNLVVSG KVYQWDDPDP RLFDHPESPT PNPTEPLFLA QAEVYKELRL RGYDYGPHFQ GI LEASLEG DSGRLLWKDN WVSFMDTMLQ MSILGSAKHG LYLPTRVTAI HIDPATHRQK LYTLQDKAQV ADVVVSRWLR VTV AGGVHI SGLHTESAPR RQQEQQVPIL EKFCFTPHTE EGCLSERAAL QEELQLCKGL VQALQTTVTQ QGLKMVVPGL DGAQ IPRDP SQQELPRLLS AACRLQLNGN LQLELAQVLA QERPKLPEDP LLSGLLDSPA LKACLDTAVE NMPSLKMKVV EVLAG HGHL YSRIPGLLSP HPLLQLSYTA TDRHPQALEA AQAELQQHDV AQGQWDPADP APSALGSADL LVCNCAVAAL GDPASA LSN MVAALREGGF LLLHTLLRGH PLGDIVAFLT STEPQYGQGI LSQDAWESLF SRVSLRLVGL KKSFYGSTLF LCRRPTP QD SPIFLPVDDT SFRWVESLKG ILADEDSSRP VWLKAINCAT SGVVGLVNCL RREPGGNRLR CVLLSNLSST SHVPEVDP G SAELQKVLQG DLVMNVYRDG AWGAFRHFLL EEDKPEEPTA HAFVSTLTRG DLSSIRWVCS SLRHAQPTCP GAQLCTVYY ASLNFRDIML ATGKLSPDAI PGKWTSQDSL LGMEFSGRDA SGKRVMGLVP AKGLATSVLL SPDFLWDVPS NWTLEEAASV PVVYSTAYY ALVVRGRVRP GETLLIHSGS GGVGQAAIAI ALSLGCRVFT TVGSAEKRAY LQARFPQLDS TSFANSRDTS F EQHVLWHT GGKGVDLVLN SLAEEKLQAS VRCLATHGRF LEIGKFDLSQ NHPLGMAIFL KNVTFHGVLL DAFFNESSAD WR EVWALVQ AGIRDGVVRP LKCTVFHGAQ VEDAFRYMAQ GKHIGKVVVQ VLAEEPEAVL KGAKPKLMSA ISKTFCPAHK SYI IAGGLG GFGLELAQWL IQRGVQKLVL TSRSGIRTGY QAKQVRRWRR QGVQVQVSTS NISSLEGARG LIAEAAQLGP VGGV FNLAV VLRDGLLENQ TPEFFQDVCK PKYSGTLNLD RVTREACPEL DYFVVFSSVS CGRGNAGQSN YGFANSAMER ICEKR RHEG LPGLAVQWGA IGDVGILVET MSTNDTIVSG TLPQRMASCL EVLDLFLNQP HMVLSSFVLA EKAAAYRDRD SQRDLV EAV AHILGIRDLA AVNLDSSLAD LGLD(4HH)LMSVE VRQTLERELN LVLSVREVRQ LTLRKLQELS SKADEASELA CPT PKEDGL AQQQTQLNLR SLLVNPEGPT LMRLNSVQSS ERPLFLVHPI EGSTTVFHSL ASRLSIPTYG LQCTRAAPLD SIHS LAAYY IDCIRQVQPE GPYRVAGYSY GACVAFEMCS QLQAQQSPAP THNSLFLFDG SPTYVLAYTQ SYRAKLTPGC EAEAE TEAI CFFVQQFTDM EHNRVLEALL PLKGLEERVA AAVDLIIKSH QGLDRQELSF AARSFYYKLR AAEQYTPKAK YHGNVM LLR AKTGGAYGED LGADYNLSQV CDGKVSVHVI EGDHRTLLEG SGLESIISII HSSLAEPRVS VREGLEHHHH HHHH

UniProtKB: Fatty acid synthase

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分子 #2: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: NAP
分子量理論値: 743.405 Da
Chemical component information

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19976 / 平均電子線量: 52.474 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 175733
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8vle


Chain - Residue range: 855-2194 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8vmd:
Modifying portion of human FASN with NADP+ and the ACP at the DH domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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