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- EMDB-43342: Cryo-EM structure of native H2AK119bu nucleosome at 2.6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43342
タイトルCryo-EM structure of native H2AK119bu nucleosome at 2.6
マップデータ
試料
  • 複合体: native H2AK119bu nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-A
    • DNA: DNA (136-MER)
    • DNA: DNA (136-MER)
キーワードNucleosome / native H2AK119bu / cryo-EM / 2.6 / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / mononuclear cell migration / female germ cell nucleus / nucleosome disassembly / plasminogen activation / chromosome organization / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus ...sperm DNA condensation / mononuclear cell migration / female germ cell nucleus / nucleosome disassembly / plasminogen activation / chromosome organization / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / UCH proteinases / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / heterochromatin formation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / inflammatory response / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / cell surface / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H4 / Histone H3.1 / Histone H2B type 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang Y / Zhang K
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM130696 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-21-1-0714 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142959 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Role of histone variants H2BC1 and H2AZ.2 in H2AK119ub nucleosome organization and Polycomb gene silencing
著者: Shen XY / Chen CX / Wang Y / Zheng W / Zheng JH / Jones AE / Zhu B / Zhang H / Lyons C / Rijal A / Moley JA / Cao GS / Liu K / Winn R / McGinty RK / Zhang K / Wang HB
履歴
登録2024年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43342.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43342.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 341.76 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 341.76 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 341.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.321
最小 - 最大-3.8763304 - 5.8449154
平均 (標準偏差)-0.00009577193 (±0.109516226)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 341.75998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43342_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43342_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : native H2AK119bu nucleosome

全体名称: native H2AK119bu nucleosome
要素
  • 複合体: native H2AK119bu nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-A
    • DNA: DNA (136-MER)
    • DNA: DNA (136-MER)

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超分子 #1: native H2AK119bu nucleosome

超分子名称: native H2AK119bu nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.504476 KDa
配列文字列:
PHRYRPGTVA LREIRRYQKS TELLIRKLPF QRLVREIAQD FKTDLRFQSS AVMALQEACE AYLVGLFEDT NLCAIHAKRV TIMPKDIQL ARRIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.566249 KDa
配列文字列:
RKVLRDNIQG ITKPAIRRLA RRGGVKRISG LIYEETRGVL KVFLENVIRD AVTYTEHAKR KTVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.865871 KDa
配列文字列:
RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYS ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRND EELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

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分子 #4: Histone H2B type 1-A

分子名称: Histone H2B type 1-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.384881 KDa
配列文字列:
TRKESYSIYI YKVLKQVHPD TGISSKAMSI MNSFVTDIFE RIASEASRLA HYSKRSTISS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTK YTSS

UniProtKB: Histone H2B type 1-A

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分子 #5: DNA (136-MER)

分子名称: DNA (136-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.883789 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC) (DC)(DA)(DA)(DC)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC) (DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT) (DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT) (DG)(DA)

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分子 #6: DNA (136-MER)

分子名称: DNA (136-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.048941 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT) (DA)(DA)(DC)(DT)(DG) ...文字列:
(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT) (DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DA)(DA)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1aoi

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1288371
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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