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万見
- EMDB-43331: Tomogram of human Alzheimer's disease brain tissue showing longit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43331
タイトルTomogram of human Alzheimer's disease brain tissue showing longitudinal axonal cross-section
マップデータTomogram of human Alzheimer's disease brain tissue
試料
  • 組織: human Alzheimer's disease brain tissue
キーワードmyelin / neuron / brain / aggregate / PROTEIN FIBRIL
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Creekmore BC / Lee EB / Chang Y-W
資金援助 米国, 13件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2309043 米国
Other privateDeCrane Family Fund for PPA Research
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1AG065341 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P30AG072979 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P01AG066597 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)U19AG062418 米国
David and Lucile Packard Foundation2019-69645 米国
Burroughs Wellcome Fund1022785 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RM1GM136511 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)F30AG077756 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F30CA261198 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130302 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM132039 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ultrastructure of human brain tissue vitrified from autopsy revealed by cryo-ET with cryo-plasma FIB milling.
著者: Benjamin C Creekmore / Kathryn Kixmoeller / Ben E Black / Edward B Lee / Yi-Wei Chang /
要旨: Ultrastructure of human brain tissue has traditionally been examined using electron microscopy (EM) following fixation, staining, and sectioning, which limit resolution and introduce artifacts. ...Ultrastructure of human brain tissue has traditionally been examined using electron microscopy (EM) following fixation, staining, and sectioning, which limit resolution and introduce artifacts. Alternatively, cryo-electron tomography (cryo-ET) allows higher resolution imaging of unfixed cellular samples while preserving architecture, but it requires samples to be vitreous and thin enough for transmission EM. Due to these requirements, cryo-ET has yet to be employed to investigate unfixed, never previously frozen human brain tissue. Here we present a method for generating lamellae in human brain tissue obtained at time of autopsy that can be imaged via cryo-ET. We vitrify the tissue via plunge-freezing and use xenon plasma focused ion beam (FIB) milling to generate lamellae directly on-grid at variable depth inside the tissue. Lamellae generated in Alzheimer's disease brain tissue reveal intact subcellular structures including components of autophagy and potential pathologic tau fibrils. Furthermore, we reveal intact compact myelin and functional cytoplasmic expansions. These images indicate that plasma FIB milling with cryo-ET may be used to elucidate nanoscale structures within the human brain.
履歴
登録2024年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43331.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomogram of human Alzheimer's disease brain tissue
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.7 Å/pix.
x 750 pix.
= 8025. Å		10.7 Å/pix.
x 1440 pix.
= 15408. Å		10.7 Å/pix.
x 1024 pix.
= 10956.8 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-15173.0 - 6733.0
平均 (標準偏差)292.084659999999985 (±766.743399999999951)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-7878-140
サイズ14401024750
Spacing10241440750
セルA: 10956.8 Å / B: 15408.0 Å / C: 8025.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human Alzheimer's disease brain tissue

全体名称: human Alzheimer's disease brain tissue
要素
  • 組織: human Alzheimer's disease brain tissue

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超分子 #1: human Alzheimer's disease brain tissue

超分子名称: human Alzheimer's disease brain tissue / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: middle frontal cortex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: middle frontal cortex

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: DPBS
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: back blot for 6s before plunging.
Cryo protectant20% glycerol, 1M trehalose
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 7200 / 集束イオンビーム - 温度: 113 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 100000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 400
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Tescan S8000X. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Raw images were gain normalize in serialEM. Raw images were high-pass filtered at 1000 pixels then vertical line filtered with a 95% tolerance of direction.
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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