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万見
- EMDB-43270: Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43270
タイトルHydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera
マップデータ
試料
  • 複合体: Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera
    • タンパク質・ペプチド: Vanadium-dependent bromoperoxidase
  • リガンド: VANADATE ION
  • リガンド: PEROXIDE ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードVHPO / VBPO / Vanadium-dependent bromoperoxidase / vanadate-dependent bromoperoxidase / haloperoxidase / 12-mer / electrophilic brominating enzyme / enzyme / hydrogen peroxide / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性bromide peroxidase / bromide peroxidase activity / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / metal ion binding / Vanadium-dependent bromoperoxidase
機能・相同性情報
生物種Corallina pilulifera (ピリヒバ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Hessefort LZ / Williams DR / Biegasiewicz KF
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: High-Resolution CryoEM unveils insights into the Catalytic Mechanism of a Vanadium-dependent Bromoperoxidase
著者: Hessefort LZ / Williams DR / Biegasiewicz KF
履歴
登録2024年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43270.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 512 pix.
= 527.36 Å		1.03 Å/pix.
x 512 pix.
= 527.36 Å		1.03 Å/pix.
x 512 pix.
= 527.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-9.107642 - 16.65014
平均 (標準偏差)-0.00032598883 (±0.23585552)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 527.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43270_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43270_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from C...

全体名称: Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera
要素
  • 複合体: Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera
    • タンパク質・ペプチド: Vanadium-dependent bromoperoxidase
  • リガンド: VANADATE ION
  • リガンド: PEROXIDE ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from C...

超分子名称: Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Corallina pilulifera (ピリヒバ)
分子量理論値: 829.603 KDa

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分子 #1: Vanadium-dependent bromoperoxidase

分子名称: Vanadium-dependent bromoperoxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: bromide peroxidase
由来(天然)生物種: Corallina pilulifera (ピリヒバ)
分子量理論値: 69.19925 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSEFMGIP ADNLQSRAKA SFDTRVAAAE LALNRGVVPS FANGEELLYR NPDPDNTDP SFIASFTKGL PHDDNGAIID PDDFLAFVRA INSGDEKEIA DLTLGPARDP ETGLPIWRSD LANSLELEVR G WENSSAGL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSEFMGIP ADNLQSRAKA SFDTRVAAAE LALNRGVVPS FANGEELLYR NPDPDNTDP SFIASFTKGL PHDDNGAIID PDDFLAFVRA INSGDEKEIA DLTLGPARDP ETGLPIWRSD LANSLELEVR G WENSSAGL TFDLEGPDAQ SIAMPPAPVL TSPELVAEIA ELYLMALGRE IEFSEFDSPK NAEYIQFAID QLNGLEWFNT PA KLGDPPA EIRRRRGEVT VGNLFRGILP GSEVGPYLSQ YIIVGSKQIG SATVGNKTLV SPNAADEFDG EIAYGSITIS QRV RIATPG RDFMTDLKVF LDVQDAADFR GFESYEPGAR LIRTIRDLAT WVHFDALYEA YLNACLILLA NGVPFDPNLP FQQE DKLDN QDVFVNFGSA HVLSLVTEVA TRALKAVRYQ KFNIHRRLRP EATGGLISVN KIAPQKGESI FPEVDLAVEE LGDIL EKAE ISNRKQNIAD GDPDPDPSFL LPMAFAEGSP FHPSYGSGHA VVAGACVTIL KAFFDSGIEI DQVFEVDKDE DKLVKS SFK GTLTVAGELN KLADNIAIGR NMAGVHYFSD QFESLLLGEQ VAIGILEEQS LTYGENFFFN LPKFDGTTIQ I

UniProtKB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

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分子 #2: VANADATE ION

分子名称: VANADATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: VO4
分子量理論値: 114.939 Da
Chemical component information

ChemComp-VN3:
VANADATE ION

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分子 #3: PEROXIDE ION

分子名称: PEROXIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PER
分子量理論値: 31.999 Da
Chemical component information

ChemComp-PER:
PEROXIDE ION

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5 / 構成要素 - 濃度: 95.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: NaCl
詳細: 25 mM pH 6.5 PIPES/NaOH buffer, 2.5 mM CaCl2, 95 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Approx. 2 micrometer holes
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 22 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 349552
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Collabfold
詳細Rounds of automatic real space refine in PHENIX with manual real space refine in coot
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8vix:
Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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