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- EMDB-43173: Structure of YicC endoribonuclease bound to an RNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43173
タイトルStructure of YicC endoribonuclease bound to an RNA substrate
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of endoribonuclease YicC bound to RNA
    • 複合体: endoribonuclease YicC
      • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease YicC
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (26-MER)
  • リガンド: water
キーワードendoribonuclease / hexamer / e. coli / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Conserved hypothetical protein CHP00255 / YicC-like, N-terminal / Domain of unknown function DUF1732 / Endoribonuclease YicC-like, N-terminal region / Endoribonuclease YicC-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease YicC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Wu R / Lazarus MB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM124838 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural insights into RNA cleavage by a novel family of bacterial RNases.
著者: Ruoxi Wu / Shakti Ingle / Sarah A Barnes / Heather R Dahlin / Susmita Khamrui / Yufei Xiang / Yi Shi / David H Bechhofer / Michael B Lazarus /
要旨: Processing of RNA is a key regulatory mechanism for all living systems. Escherichia coli protein YicC belongs to the well-conserved YicC family and has been identified as a novel ribonuclease. Here, ...Processing of RNA is a key regulatory mechanism for all living systems. Escherichia coli protein YicC belongs to the well-conserved YicC family and has been identified as a novel ribonuclease. Here, we report a 2.8-Å-resolution crystal structure of the E. coli YicC apo protein and a 3.2-Å-cryo-EM structure of YicC bound to an RNA substrate. The apo YicC forms a dimer of trimers with a large open channel. In the RNA-bound form, the top trimer of YicC rotates nearly 70° and closes the RNA substrate inside the cavity to form a clamshell-pearl conformation that resembles no other known RNases. The structural information combined with mass spectrometry and biochemical data identified cleavage on the upstream side of an RNA hairpin. Mutagenesis studies demonstrated that the previously uncharacterized domain, DUF1732, is critical in both RNA binding and catalysis. These studies shed light on the mechanism of the previously unexplored YicC RNase family.
履歴
登録2023年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43173.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214. Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214. Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.137
最小 - 最大-1.028158 - 1.6275226
平均 (標準偏差)0.0019428658 (±0.058046643)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 214.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43173_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43173_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of endoribonuclease YicC bound to RNA

全体名称: Complex of endoribonuclease YicC bound to RNA
要素
  • 複合体: Complex of endoribonuclease YicC bound to RNA
    • 複合体: endoribonuclease YicC
      • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease YicC
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (26-MER)
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of endoribonuclease YicC bound to RNA

超分子名称: Complex of endoribonuclease YicC bound to RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: endoribonuclease YicC

超分子名称: endoribonuclease YicC / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes

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分子 #1: Endoribonuclease YicC

分子名称: Endoribonuclease YicC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 33.361031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSMIRSMTAY ARREIKGEWG SATWEMRSVN QRYLETYFRL PEQFRSLEPV VRERIRSRLT RGKVECTLRY EPDVSAQGEL ILNEKLAKQ LVTAANWVKM QSDEGEINPV DILRWPGVMA AQEQDLDAIA AEILAALDGT LDDFIVARET EGQALKALIE Q RLEGVTAE ...文字列:
GSMIRSMTAY ARREIKGEWG SATWEMRSVN QRYLETYFRL PEQFRSLEPV VRERIRSRLT RGKVECTLRY EPDVSAQGEL ILNEKLAKQ LVTAANWVKM QSDEGEINPV DILRWPGVMA AQEQDLDAIA AEILAALDGT LDDFIVARET EGQALKALIE Q RLEGVTAE VVKVRSHMPE ILQWQRERLV AKLEDAQVQL ENNRLEQELV LLAQRIDVAE ELDRLEAHVK ETYNILKKKE AV GRRLDFM MQEFNRESNT LASKSINAEV TNSAIELKVL IEQMREQIQN IE

UniProtKB: Endoribonuclease YicC

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分子 #2: RNA (26-MER)

分子名称: RNA (26-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.501202 KDa
配列文字列:
GGCAGAAGAA UGCUGUAAAA CAGAGA

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 22.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8ver

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / 使用した粒子像数: 342211
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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