PDB-8ver: Structure of YicC endoribonuclease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ver

タイトル

Structure of YicC endoribonuclease

要素

Endoribonuclease YicC

キーワード

HYDROLASE / endoribonuclease / hexamer / e. coli

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Dahlin, H.R. / Khamrui, S. / Lazarus, M.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural insights into RNA cleavage by a novel family of bacterial RNases.
著者: Ruoxi Wu / Shakti Ingle / Sarah A Barnes / Heather R Dahlin / Susmita Khamrui / Yufei Xiang / Yi Shi / David H Bechhofer / Michael B Lazarus /

要旨: Processing of RNA is a key regulatory mechanism for all living systems. Escherichia coli protein YicC belongs to the well-conserved YicC family and has been identified as a novel ribonuclease. Here, ...

履歴

登録	2023年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ver.cif.gz	706.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ver.ent.gz	595.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ver.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8ver ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8ver	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	43173C 8vesC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoribonuclease YicC

B: Endoribonuclease YicC

C: Endoribonuclease YicC

D: Endoribonuclease YicC

E: Endoribonuclease YicC

F: Endoribonuclease YicC

ヘテロ分子

201 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.923, 76.539, 136.345
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endoribonuclease YicC 分子量: 33391.055 Da / 分子数: 6 / 変異: A187T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yicC, orfX, b3644, JW3619 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P23839, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.3 M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92141 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月30日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92141 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.797→48.449 Å / Num. obs: 37513 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.797→3.146 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1876 / CC_1/2: 0.539 / % possible all: 62.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→38.34 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	1907	5.09 %
R_work	0.2263	-	-
obs	0.2284	37486	65.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13792	0	60	0	13852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14001
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.378	18872
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.412	5460
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	2144
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2456

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.87	0.5742	8	0.6984	128	X-RAY DIFFRACTION	3
2.87-2.94	0.8468	18	0.4993	302	X-RAY DIFFRACTION	8
2.95-3.03	0.5011	18	0.4287	451	X-RAY DIFFRACTION	12
3.03-3.13	0.4902	30	0.383	748	X-RAY DIFFRACTION	19
3.13-3.24	0.3718	46	0.3398	1247	X-RAY DIFFRACTION	32
3.24-3.37	0.3582	98	0.31	2258	X-RAY DIFFRACTION	58
3.37-3.52	0.3098	189	0.2789	3341	X-RAY DIFFRACTION	87
3.52-3.71	0.3164	206	0.2749	3826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.94	0.3001	206	0.2431	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.25	0.2595	224	0.2081	3884	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.67	0.2537	216	0.2004	3835	X-RAY DIFFRACTION	100
4.67-5.35	0.2557	227	0.2116	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-6.73	0.3313	191	0.2656	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
6.73-38.34	0.2051	230	0.182	3960	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4207	-1.3745	-0.3072	2.8501	0.3969	0.35	-0.3749	-1.5137	-0.6107	0.4044	0.8147	-0.4795	-0.0699	0.9945	-0.1481	0.6162	0.2534	-0.0629	1.176	0.0141	0.4925	30.58	11.25	64.758
2	5.3761	-2.1241	0.2558	2.7314	-0.5977	1.0854	-0.1076	0.1167	-1.2199	-0.2531	0.2646	-0.015	0.3122	0.6786	-0.0165	0.3138	0.2773	0.1996	0.794	-0.0278	0.3545	25.774	7.811	54.577
3	5.6334	-3.8389	0.0766	4.5648	1.6408	2.8313	-0.5111	-0.9454	-1.2056	-0.2366	0.4625	0.6702	0.5153	-0.386	-0.111	0.8587	0.0792	-0.0278	0.9029	0.2065	0.7454	25.713	-2.343	56.645
4	5.5682	-3.3092	0.027	2.8324	0.2955	0.9627	-0.3563	-1.8216	-0.3856	0.2392	0.732	-0.161	0.334	0.7272	-0.1504	0.5864	0.1971	0.0003	0.828	-0.0555	0.4035	27.082	6.469	58.668
5	4.1074	-1.5012	-0.2892	3.4293	0.4971	2.5274	-0.7013	-0.8525	-0.31	0.6454	-0.1011	0.1865	0.3326	-0.1636	-0.2663	0.4997	0.1514	-0.0052	0.7078	-0.1262	0.7701	65.161	-13.335	48.6
6	5.2318	-2.7475	-3.301	1.5017	1.5772	2.4159	-0.9758	-0.7928	-0.7126	0.6147	1.0971	-0.2472	0.439	0.9604	-0.1331	0.9845	0.4104	-0.053	1.3613	0.0961	0.8906	43.248	-7.145	61.611
7	1.4674	-0.0244	-0.3726	0.4567	0.8043	1.6692	-0.5609	-1.4683	0.0979	0.4926	-0.0258	0.1702	0.0475	0.1176	-2.1935	0.2251	0.5145	0.5854	1.0806	-0.3505	-0.3915	10.736	24.588	66.52
8	5.7161	-2.6493	1.8885	3.354	-1.2845	3.5154	-0.9618	-0.5055	1.0606	0.5383	-0.0479	0.8462	-0.7546	-0.867	0.0688	0.8374	0.2107	-0.2205	0.9166	-0.2651	1.5756	-24.898	50.253	54.79
9	3.7079	-3.1218	0.7673	4.1318	-1.1567	0.3347	-1.3363	-0.8895	-0.085	-0.676	0.2946	0.5373	-0.1905	-1.0378	0.1397	1.3288	0.3255	0.0528	1.3525	-0.2323	1.6837	-37.776	45.624	53.056
10	3.3459	0.1943	0.4875	1.6744	1.4859	1.868	-0.139	-0.6526	-0.1577	0.2391	0.0883	0.838	-0.202	-0.5982	0.3987	0.6914	0.3375	0.4031	1.0618	-0.0936	1.1617	-29.057	38.547	56.855
11	3.3032	-4.2088	1.1632	7.4184	-2.3602	3.1185	-0.2617	-1.1462	-0.9302	-0.1353	0.2304	1.1913	0.4099	-0.3897	0.3379	0.3671	0.3832	0.3235	1.266	0.0743	0.5004	-6.431	25.963	65.117
12	4.7621	-1.6971	0.4685	2.7888	0.3798	1.5579	-0.5117	-1.2204	0.3063	0.0742	0.2677	0.6135	-0.1409	0.1818	-0.0922	0.2802	0.1538	0.2055	0.4415	-0.1703	0.2594	-0.497	30.14	56.797
13	5.0483	-2.5018	-0.7251	1.3937	0.187	0.4411	0.1494	-1.2896	-1.5464	0.3362	0.2924	1.0872	0.3817	0.7612	-0.04	1.0791	0.1409	0.1976	1.1338	-0.0392	1.0988	23.837	-12.84	48.053
14	4.3731	-2.2177	0.2952	1.1308	-0.367	1.4215	0.4455	-0.229	1.0437	0.1294	0.2523	0.1574	-0.218	0.7809	-0.0971	1.4988	-0.0532	0.1027	0.8423	-0.1715	1.3247	23.173	-3.365	41.743
15	7.1002	-3.3524	-2.0494	3.8416	1.8005	2.6377	0.242	0.4279	-0.024	-0.0227	0.1474	0.142	0.207	0.5717	-0.1731	2.0562	0.0718	-0.0643	1.4108	-0.0965	1.4576	37.339	-7.277	38.585
16	5.7942	-2.1018	-0.322	2.0394	-0.3409	1.2793	-0.0496	0.1304	-0.6842	-0.4428	-0.0495	0.22	0.0867	0.3461	-0.0538	1.263	0.0534	0.107	1.1489	-0.2705	1.0803	28.365	-9.633	38.587
17	5.4837	-1.9146	-0.648	2.6921	0.2039	1.7027	-0.1504	0.4715	-0.4469	-0.4136	-0.0327	-0.3586	-0.1635	0.2658	-0.2065	0.9184	0.1772	0.0331	0.7892	-0.1515	0.4993	70.283	-12.764	33.975
18	7.5352	-2.8702	-1.2274	2.5523	0.3936	1.4567	-0.0695	0.7109	-1.9535	0.2645	-0.1955	0.8094	-0.2246	0.5569	0.0362	1.1313	0.1052	0.2173	1.1108	-0.2298	1.0671	31.682	-19.227	39.87
19	4.7774	-1.4287	-0.6361	1.3296	0.4786	1.5669	-0.0751	-0.9586	-0.8671	-0.3075	0.4724	1.096	0.5182	0.0157	0.2226	0.5038	-0.1094	0.3666	0.58	0.4231	1.3338	-6.754	4.475	57.377
20	6.4608	-3.6248	-0.9862	4.1794	0.831	2.0324	-0.6524	-0.8034	0.7358	-0.4065	0.6413	0.5279	-0.8622	-0.7111	-0.2565	1.3306	0.3724	0.4831	1.5879	0.5503	1.3558	-31.735	34.348	65.397
21	2.3184	1.6876	0.5822	2.3227	-0.3648	0.7148	-0.1589	-0.8346	-1.0516	0.3693	0.212	-0.5974	0.5242	0.4354	0.1281	1.1937	-0.1612	-0.0854	1.6481	-0.1828	2.0208	-37.132	29.862	55.265
22	4.2423	-3.9942	-2.0396	4.7181	2.7296	3.3184	-0.1077	0.4655	-1.047	-1.2626	-0.2586	0.4762	-0.1408	-0.5735	-0.2313	0.6321	-0.2612	-0.129	0.5666	0.1709	1.738	-16.691	9.868	50.304
23	3.9939	-0.1463	-1.8754	2.7771	-1.0767	1.3508	-0.4479	0.5765	-1.011	-0.3858	-0.5913	0.5925	1.0684	-0.1416	0.0099	1.3784	-0.2448	-0.1376	0.9436	-0.0855	1.6107	-0.841	-5.548	40.569
24	5.1009	-1.2639	-0.7063	2.4309	-0.4467	1.167	-0.0538	-0.2813	-0.5358	-1.5605	0.3107	0.8051	0.2524	-0.0655	-0.0556	0.5109	-0.0724	-0.0034	0.3557	0.1623	0.7725	-4.064	10.812	51.435
25	6.4305	-1.9004	1.7455	2.6018	-1.1698	1.8944	0.2653	-0.4277	1.7143	-0.6914	0.1914	-0.9589	0.0302	0.5602	-0.0059	0.3404	-0.0778	0.1538	0.5931	-0.3427	0.7921	33.493	35.345	48.103
26	3.5104	-0.2599	0.7065	3.3152	-0.8303	2.0374	-0.3759	0.3691	-0.363	-0.1607	0.0837	-0.3973	0.5091	0.1792	-0.2442	0.6864	0.1842	0.3269	0.4713	-0.1754	0.3869	15.853	30.526	46.467
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28	2.3476	-2.9586	-0.2218	4.1219	-0.6734	2.2469	0.4491	0.4125	1.1405	-1.1925	-0.0696	-0.885	0.0679	0.8465	-0.1015	0.4727	0.0495	0.1393	0.7301	-0.0941	0.6423	39.929	25.816	47.12
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精密化 TLSグループ

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3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 43:51 )	A	43 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 52:71 )	A	52 - 71
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 72:115 )	A	72 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 116:129 )	A	116 - 129
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 130:174 )	A	130 - 174
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 175:193 )	A	175 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 194:202 )	A	194 - 202
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 203:210 )	A	203 - 210
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 211:236 )	A	211 - 236
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 237:287 )	A	237 - 287
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 1:17 )	B	1 - 17
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 18:36 )	B	18 - 36
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 37:41 )	B	37 - 41
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 42:72 )	B	42 - 72
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 77:120 )	B	77 - 120
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 121:139 )	B	121 - 139
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN B AND RESID 140:183 )	B	140 - 183
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN B AND RESID 184:195 )	B	184 - 195
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN B AND RESID 196:204 )	B	196 - 204
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN B AND RESID 205:232 )	B	205 - 232
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN B AND RESID 233:240 )	B	233 - 240
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 241:287 )	B	241 - 287
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN C AND RESID 1:24 )	C	1 - 24
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN C AND RESID 25:32 )	C	25 - 32
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN C AND RESID 33:62 )	C	33 - 62
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN C AND RESID 63:72 )	C	63 - 72
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN C AND RESID 76:116 )	C	76 - 116
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN C AND RESID 117:122 )	C	117 - 122
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN C AND RESID 123:178 )	C	123 - 178
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN C AND RESID 179:191 )	C	179 - 191
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN C AND RESID 192:217 )	C	192 - 217
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN C AND RESID 218:237 )	C	218 - 237
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN C AND RESID 238:262 )	C	238 - 262
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN C AND RESID 263:287 )	C	263 - 287
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN D AND RESID 1:44 )	D	1 - 44
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN D AND RESID 45:65 )	D	45 - 65
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN D AND RESID 66:70 )	D	66 - 70
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN D AND RESID 71:116 )	D	71 - 116
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN D AND RESID 117:122 )	D	117 - 122
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN D AND RESID 123:147 )	D	123 - 147
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN D AND RESID 148:180 )	D	148 - 180
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN D AND RESID 181:184 )	D	181 - 184
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN D AND RESID 185:218 )	D	185 - 218
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN D AND RESID 219:237 )	D	219 - 237
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN D AND RESID 238:264 )	D	238 - 264
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN D AND RESID 265:287 )	D	265 - 287
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN E AND RESID 1:9 )	E	1 - 9
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN E AND RESID 10:37 )	E	10 - 37
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN E AND RESID 38:66 )	E	38 - 66
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN E AND RESID 67:81 )	E	67 - 81
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN E AND RESID 82:122 )	E	82 - 122
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN E AND RESID 123:137 )	E	123 - 137
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN E AND RESID 138:178 )	E	138 - 178
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN E AND RESID 179:200 )	E	179 - 200
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN E AND RESID 201:205 )	E	201 - 205
58	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN E AND RESID 206:226 )	E	206 - 226
59	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN E AND RESID 227:251 )	E	227 - 251
60	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN E AND RESID 252:287 )	E	252 - 287
61	X-RAY DIFFRACTION	61	( CHAIN F AND RESID 1:13 )	F	1 - 13
62	X-RAY DIFFRACTION	62	( CHAIN F AND RESID 14:20 )	F	14 - 20
63	X-RAY DIFFRACTION	63	( CHAIN F AND RESID 21:68 )	F	21 - 68
64	X-RAY DIFFRACTION	64	( CHAIN F AND RESID 69:94 )	F	69 - 94
65	X-RAY DIFFRACTION	65	( CHAIN F AND RESID 95:117 )	F	95 - 117
66	X-RAY DIFFRACTION	66	( CHAIN F AND RESID 118:190 )	F	118 - 190
67	X-RAY DIFFRACTION	67	( CHAIN F AND RESID 191:192 )	F	191 - 192
68	X-RAY DIFFRACTION	68	( CHAIN F AND RESID 203:209 )	F	203 - 209
69	X-RAY DIFFRACTION	69	( CHAIN F AND RESID 210:220 )	F	210 - 220
70	X-RAY DIFFRACTION	70	( CHAIN F AND RESID 221:279 )	F	221 - 279
71	X-RAY DIFFRACTION	71	( CHAIN F AND RESID 280:287 )	F	280 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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