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万見
- EMDB-43046: Full length integrin AlphaIIbBeta3 in pre-active state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43046
タイトルFull length integrin AlphaIIbBeta3 in pre-active state
マップデータ
試料
  • 複合体: The extracellular domain of integrin AlphaIIbBeta3 in pre-active state
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-IIb
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-3
キーワードintegrin / CELL ADHESION
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.46 Å
データ登録者Huo T / Wu H / Wang Z
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL162842 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Full-length αIIbβ3 cryo-EM structure reveals intact integrin initiate-activation intrinsic architecture.
著者: Tong Huo / Hongjiang Wu / Zeinab Moussa / Mehmet Sen / Valerie Dalton / Zhao Wang /
要旨: Integrin αIIbβ3 is the key receptor regulating platelet retraction and accumulation and a proven drug-target for antithrombotic therapies. Here we resolve the cryo-EM structures of the full-length ...Integrin αIIbβ3 is the key receptor regulating platelet retraction and accumulation and a proven drug-target for antithrombotic therapies. Here we resolve the cryo-EM structures of the full-length αIIbβ3, which covers three distinct states along the activation pathway. Firstly, we obtain the αIIbβ3 structure at 3 Å resolution in the inactive state, revealing the overall topology of the heterodimer with the transmembrane (TM) helices and the ligand-binding domain tucked in a specific angle proximity to the TM region. After the addition of a Mn agonist, we resolve two coexisting structures representing two new states between inactive and active state. Our structures show conformational changes of the αIIbβ3 activating trajectory and a unique twisting of the integrin legs, which is required for platelets accumulation. Our structure provides direct structural evidence for how the lower legs are involved in full-length integrin activation mechanisms and offers a new strategy to target the αIIbβ3 lower leg.
履歴
登録2023年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43046.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.219
最小 - 最大-0.4042253 - 0.667278
平均 (標準偏差)-0.00047742427 (±0.028196516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43046_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43046_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The extracellular domain of integrin AlphaIIbBeta3 in pre-active state

全体名称: The extracellular domain of integrin AlphaIIbBeta3 in pre-active state
要素
  • 複合体: The extracellular domain of integrin AlphaIIbBeta3 in pre-active state
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-IIb
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-3

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超分子 #1: The extracellular domain of integrin AlphaIIbBeta3 in pre-active state

超分子名称: The extracellular domain of integrin AlphaIIbBeta3 in pre-active state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Integrin alpha-IIb

分子名称: Integrin alpha-IIb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MARALCPLQA LWLLEWVLLL LGPCAAPPAW ALNLDPVQLT FYAGPNGSQF GFSLDFHKDS HGRVAIVVG APRTLGPSQE ETGGVFLCPW RAEGGQCPSL LFDLRDETRN VGSQTLQTFK A RQGLGASV VSWSDVIVAC APWQHWNVLE KTEEAEKTPV GSCFLAQPES ...文字列:
MARALCPLQA LWLLEWVLLL LGPCAAPPAW ALNLDPVQLT FYAGPNGSQF GFSLDFHKDS HGRVAIVVG APRTLGPSQE ETGGVFLCPW RAEGGQCPSL LFDLRDETRN VGSQTLQTFK A RQGLGASV VSWSDVIVAC APWQHWNVLE KTEEAEKTPV GSCFLAQPES GRRAEYSPCR GN TLSRIYV ENDFSWDKRY CEAGFSSVVT QAGELVLGAP GGYYFLGLLA QAPVADIFSS YRP GILLWH VSSQSLSFDS SNPEYFDGYW GYSVAVGEFD GDLNTTEYVV GAPTWSWTLG AVEI LDSYY QRLHRLRGEQ MASYFGHSVA VTDVNGDGRH DLLVGAPLYM ESRADRKLAE VGRVY LFLQ PRGPHALGAP SLLLTGTQLY GRFGSAIAPL GDLDRDGYND IAVAAPYGGP SGRGQV LVF LGQSEGLRSR PSQVLDSPFP TGSAFGFSLR GAVDIDDNGY PDLIVGAYGA NQVAVYR AQ PVVKASVQLL VQDSLNPAVK SCVLPQTKTP VSCFNIQMCV GATGHNIPQK LSLNAELQ L DRQKPRQGRR VLLLGSQQAG TTLNLDLGGK HSPICHTTMA FLRDEADFRD KLSPIVLSL NVSLPPTEAG MAPAVVLHGD THVQEQTRIV LDCGEDDVCV PQLQLTASVT GSPLLVGADN VLELQMDAA NEGEGAYEAE LAVHLPQGAH YMRALSNVEG FERLICNQKK ENETRVVLCE L GNPMKKNA QIGIAMLVSV GNLEEAGESV SFQLQIRSKN SQNPNSKIVL LDVPVRAEAQ VE LRGNSFP ASLVVAAEEG EREQNSLDSW GPKVEHTYEL HNNGPGTVNG LHLSIHLPGQ SQP SDLLYI LDIQPQGGLQ CFPQPPVNPL KVDWGLPIPS PSPIHPAHHK RDRRQIFLPE PEQP SRLQD PVLVSCDSAP CTVVQCDLQE MARGQRAMVT VLAFLWLPSL YQRPLDQFVL QSHAW FNVS SLPYAVPPLS LPRGEAQVWT QLLRALEERA IPIWWVLVGV LGGLLLLTIL VLAMWK VGF FKRNRPPLEE DDEEGE

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分子 #2: Integrin beta-3

分子名称: Integrin beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRARPRPRPL WATVLALGAL AGVGVGGPNI CTTRGVSSCQ QCLAVSPMCA WCSDEALPLG SPRCDLKEN LLKDNCAPES IEFPVSEARV LEDRPLSDKG SGDSSQVTQV SPQRIALRLR P DDSKNFSI QVRQVEDYPV DIYYLMDLSY SMKDDLWSIQ NLGTKLATQM ...文字列:
MRARPRPRPL WATVLALGAL AGVGVGGPNI CTTRGVSSCQ QCLAVSPMCA WCSDEALPLG SPRCDLKEN LLKDNCAPES IEFPVSEARV LEDRPLSDKG SGDSSQVTQV SPQRIALRLR P DDSKNFSI QVRQVEDYPV DIYYLMDLSY SMKDDLWSIQ NLGTKLATQM RKLTSNLRIG FG AFVDKPV SPYMYISPPE ALENPCYDMK TTCLPMFGYK HVLTLTDQVT RFNEEVKKQS VSR NRDAPE GGFDAIMQAT VCDEKIGWRN DASHLLVFTT DAKTHIALDG RLAGIVQPND GQCH VGSDN HYSASTTMDY PSLGLMTEKL SQKNINLIFA VTENVVNLYQ NYSELIPGTT VGVLS MDSS NVLQLIVDAY GKIRSKVELE VRDLPEELSL SFNATCLNNE VIPGLKSCMG LKIGDT VSF SIEAKVRGCP QEKEKSFTIK PVGFKDSLIV QVTFDCDCAC QAQAEPNSHR CNNGNGT FE CGVCRCGPGW LGSQCECSEE DYRPSQQDEC SPREGQPVCS QRGECLCGQC VCHSSDFG K ITGKYCECDD FSCVRYKGEM CSGHGQCSCG DCLCDSDWTG YYCNCTTRTD TCMSSNGLL CSGRGKCECG SCVCIQPGSY GDTCEKCPTC PDACTFKKEC VECKKFDRGA LHDENTCNRY CRDEIESVK ELKDTGKDAV NCTYKNEDDC VVRFQYYEDS SGKSILYVVE EPECPKGPDI L VVLLSVMG AILLIGLAAL LIWKLLITIH DRKEFAKFEE ERARAKWDTA NNPLYKEATS TF TNITYRG T

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 175020
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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