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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43009 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TTMV-LY1 anellovirus virus-like particle expressed in HEK293 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Anello Virus: Virus Like Particle (VLP) / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | TT viral protein of unknown function / TT viral orf 1 / T=1 icosahedral viral capsid / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | TTV-like mini virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Rajendra B / Swanson K | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure of anellovirus-like particles reveal a mechanism for immune evasion. 著者: Shu-Hao Liou / Rajendra Boggavarapu / Noah R Cohen / Yue Zhang / Ishwari Sharma / Lynn Zeheb / Nidhi Mukund Acharekar / Hillary D Rodgers / Saadman Islam / Jared Pitts / Cesar Arze / Harish ...著者: Shu-Hao Liou / Rajendra Boggavarapu / Noah R Cohen / Yue Zhang / Ishwari Sharma / Lynn Zeheb / Nidhi Mukund Acharekar / Hillary D Rodgers / Saadman Islam / Jared Pitts / Cesar Arze / Harish Swaminathan / Nathan Yozwiak / Tuyen Ong / Roger J Hajjar / Yong Chang / Kurt A Swanson / Simon Delagrave / 要旨: Anelloviruses are nonpathogenic viruses that comprise a major portion of the human virome. Despite being ubiquitous in the human population, anelloviruses (ANVs) remain poorly understood. Basic ...Anelloviruses are nonpathogenic viruses that comprise a major portion of the human virome. Despite being ubiquitous in the human population, anelloviruses (ANVs) remain poorly understood. Basic features of the virus, such as the identity of its capsid protein and the structure of the viral particle, have been unclear until now. Here, we use cryogenic electron microscopy to describe the first structure of an ANV-like particle. The particle, formed by 60 jelly roll domain-containing ANV capsid proteins, forms an icosahedral particle core from which spike domains extend to form a salient part of the particle surface. The spike domains come together around the 5-fold symmetry axis to form crown-like features. The base of the spike domain, the P1 subdomain, shares some sequence conservation between ANV strains while a hypervariable region, forming the P2 subdomain, is at the spike domain apex. We propose that this structure renders the particle less susceptible to antibody neutralization by hiding vulnerable conserved domains while exposing highly diverse epitopes as immunological decoys, thereby contributing to the immune evasion properties of anelloviruses. These results shed light on the structure of anelloviruses and provide a framework to understand their interactions with the immune system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43009.map.gz | 778.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43009-v30.xml emd-43009.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43009.png | 552.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43009.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_43009_half_map_1.map.gz emd_43009_half_map_2.map.gz | 765.2 MB 765.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43009 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43009 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43009_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43009_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43009_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43009_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43009 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43009 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8v7xMC 8cygC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43009_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43009_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TTV-like mini virus
全体 | 名称: TTV-like mini virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: TTV-like mini virus
超分子 | 名称: TTV-like mini virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 93678 / 生物種: TTV-like mini virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: TTV-like mini virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 72.328844 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPWWYRRRSY NPWRRRNWFR RPRKTIYRRY RRRRRWVRRK PFYKRKIKRL NIVEWQPKSI RKCRIKGMLC LFQTTEDRLS YNFDMYEES IIPEKLPGGG GFSIKNISLY ALYQEHIHAH NIFTHTNTDR PLARYTGCSL KFYQSKDIDY VVTYSTSLPL R SSMGMYNS ...文字列: MPWWYRRRSY NPWRRRNWFR RPRKTIYRRY RRRRRWVRRK PFYKRKIKRL NIVEWQPKSI RKCRIKGMLC LFQTTEDRLS YNFDMYEES IIPEKLPGGG GFSIKNISLY ALYQEHIHAH NIFTHTNTDR PLARYTGCSL KFYQSKDIDY VVTYSTSLPL R SSMGMYNS MQPSIHLMQQ NKLIVPSKQT QKRRKPYIKK HISPPTQMKS QWYFQHNIAN IPLLMIRTTA LTLDNYYIGS RQ LSTNVTI HTLNTTYIQN RDWGDRNKTY YCQTLGTQRY FLYGTHSTAQ NINDIKLQEL IPLTNTQDYV QGFDWTEKDK HNI TTYKEF LTKGAGNPFH AEWITAQNPV IHTANSPTQI EQIYTASTTT FQNKKLTDLP TPGYIFITPT VSLRYNPYKD LAER NKCYF VRSKINAHGW DPEQHQELIN SDLPQWLLLF GYPDYIKRTQ NFALVDTNYI LVDHCPYTNP EKTPFIPLST SFIEG RSPY SPSDTHEPDE EDQNRWYPCY QYQQESINSI CLSGPGTPKI PKGITAEAKV KYSFNFKWGG DLPPMSTITN PTDQPT YVV PNNFNETTSL QNPTTRPEHF LYSFDERRGQ LTEKATKRLL KDWETK UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 50.53 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23193 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |