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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43008 | |||||||||
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タイトル | Fab fragment of human mAb #58 in complex with computationally optimized broadly reactive H1 influenza hemagglutinin X6 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / antibody / hemagglutinin / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Nagashima KA / Mousa JJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Structural basis for the broad antigenicity of the computationally optimized influenza hemagglutinin X6. 著者: Kaito A Nagashima / John V Dzimianski / Meng Yang / Jan Abendroth / Giuseppe A Sautto / Ted M Ross / Rebecca M DuBois / Thomas E Edwards / Jarrod J Mousa / 要旨: Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been ...Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been previously applied to hemagglutinin (HA). This approach integrates wild-type HA sequences into a single immunogen to expand the breadth of accessible antibody epitopes. Adding to previous studies of H1, H3, and H5 COBRA HAs, we define the structural features of another H1 subtype COBRA, X6, that incorporates HA sequences from before and after the 2009 H1N1 influenza pandemic. We determined structures of this antigen alone and in complex with COBRA-specific as well as broadly reactive and functional antibodies, analyzing its antigenicity. We found that X6 possesses features representing both historic and recent H1 HA strains, enabling binding to both head- and stem-reactive antibodies. Overall, these data confirm the integrity of broadly reactive antibody epitopes of X6 and contribute to design efforts for a next-generation vaccine. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43008.map.gz | 417.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43008-v30.xml emd-43008.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43008.png | 57.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43008.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_43008_additional_1.map.gz emd_43008_half_map_1.map.gz emd_43008_half_map_2.map.gz | 405.6 MB 764.8 MB 764.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43008 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43008 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43008_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43008_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43008_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43008_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43008 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43008 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43008.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.526 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_43008_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43008_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43008_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of COBRA HA X6 with #58 Fab
全体 | 名称: Complex of COBRA HA X6 with #58 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of COBRA HA X6 with #58 Fab
超分子 | 名称: Complex of COBRA HA X6 with #58 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 62.494656 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYANNK ...文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYANNK EKEVLVLWGV HHPPNIGDQR ALYHTENAYV SVVSSHYSRK FTPEIAKRPK VRDQEGRINY YWTLLEPGDT II FEANGNL IAPRYAFALS RGFGSGIITS NAPMDECDAK CQTPQGAINS SLPFQNVHPV TIGECPKYVR SAKLRMVTGL RNI PSIQSR GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLE RRMEN LNKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKN GTYD YPKYSEESKL NREKIDGVGT GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGSG LNDIFEAQKI EWHEGHHHHH H UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #2: #58 heavy chain
分子 | 名称: #58 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Heavy chain Fab fragment variable region of human mAb #58 コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.052598 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCNVSGGSIN SYYWSWIRQP PGKGLEWIGY VYHSGSTHYN PSLNSRVTIS VDTSKRQFSL KLRSVTAAD TAVYYCAREK SDFWTVDSFF YYMDVWGRGT TVTVSS |
-分子 #3: #58 light chain
分子 | 名称: #58 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: Kappa chain Fab fragment variable region of human mAb #58 コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.797213 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVA TSLAWYQQKP GQPPRLLIYD ASHRATAIPA RFTGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QRTHWPPALT FGGGTKVEIK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 57.22 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 110051 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |