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- EMDB-42985: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42985
タイトルStructure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation in complex with the 6C10 Fab
    • 複合体: Fab fragment of the 6C10 human monoclonal antibody
      • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the light chain from the human antibody 6C10
      • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the heavy chain from the human antibody 6C10
    • 複合体: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 / Spike / S2 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus molossinus (ハツカネズミ) / Tequatrovirus T4 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Olmedillas E / Diaz R / Hastie K / Ollmann-Saphire E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI165072 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation
著者: Olmedillas E / Diaz R / Hastie K / Ollmann-Saphire E
履歴
登録2023年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42985.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 280 pix.
= 369.6 Å		1.32 Å/pix.
x 280 pix.
= 369.6 Å		1.32 Å/pix.
x 280 pix.
= 369.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-0.40506163 - 1.5480001
平均 (標準偏差)-0.0010804561 (±0.039018154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 369.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42985_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42985_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open ...

全体名称: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation in complex with the 6C10 Fab
要素
  • 複合体: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation in complex with the 6C10 Fab
    • 複合体: Fab fragment of the 6C10 human monoclonal antibody
      • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the light chain from the human antibody 6C10
      • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the heavy chain from the human antibody 6C10
    • 複合体: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open ...

超分子名称: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation in complex with the 6C10 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: Wuhan
分子量理論値: 280 KDa

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超分子 #2: Fab fragment of the 6C10 human monoclonal antibody

超分子名称: Fab fragment of the 6C10 human monoclonal antibody / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Immune system

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超分子 #3: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open ...

超分子名称: Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus molossinus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Spike protein S2,Fibritin

分子名称: Spike protein S2,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tequatrovirus T4 (ウイルス)
分子量理論値: 64.292461 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: SIIAYTMSLG AENSVACSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQ EVFAQVKQCY KTPPIKDFGG FNFSQILPDP SKPSKRSPIE DLLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL I CAQKFNGL ...文字列:
SIIAYTMSLG AENSVACSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQ EVFAQVKQCY KTPPIKDFGG FNFSQILPDP SKPSKRSPIE DLLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL I CAQKFNGL TVLPPLLTDE MIAQYTSCLL AGTICSGWTF GAGPALQIPF PMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQFN SA IGKIQDS LSSTPSALGK LQDVVNQNAQ ALNTLVKQLS SNFGAISSVL NDILSRLDKP EAEVQIDRLI TGRLQSLQTY VTQ QLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG YHLMSFPQSA PHGVVFLHVT YVPAQEKNFT TAPAICHDGK AHFP REGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDIS GINA SVVNIQKEID RLNEVAKNLN ESLIDLQELG KYEQYIKGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLLEVL FQGPAG WSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEK

UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin

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分子 #2: Variable domain of the light chain from the human antibody 6C10

分子名称: Variable domain of the light chain from the human antibody 6C10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.696993 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
AIRMTQSPST LSVSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQHKP GQAPRLLVYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPPPFT FGPGTKVDI

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分子 #3: Variable domain of the heavy chain from the human antibody 6C10

分子名称: Variable domain of the heavy chain from the human antibody 6C10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.913493 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VRKPGASVKV SCKASGYTFT GYYIHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY AQKFQGWVIM TRDTSISTAY MELSRLTSD DTAVYYCARC GARSYYYDSG DYCAFDIWGQ GTVVTV

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
200.0 mMNaCl

詳細: Filtered and degased
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.001 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 6 seconds blotting time at force 0.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.1 K / 最高: 90.2 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 6000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12444 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: Two datasets
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.973 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.481 µm / 倍率（補正後）: 75757 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 407314
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: The images were transferred to cryoSparc and ab initio model built
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 408064
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 200000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xkl


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 150
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8v5v:
Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

6xkl


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細COOT model building and refinament
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8v5v:
Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る