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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of AriA-AriB complex (Form II) | |||||||||
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![]() | Bacterial Defense system / Toxin-antitoxin system / AriAB / PARIS / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | : / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å | |||||||||
![]() | Deep A / Corbett KD | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of AriA-AriB complex (Form II) 著者: Deep A / Corbett KD | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 107.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 119.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8v47MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.935 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42967_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42967_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : AriAB complex
全体 | 名称: AriAB complex |
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要素 |
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-超分子 #1: AriAB complex
超分子 | 名称: AriAB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: AriA-AriB |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 360 KDa |
-分子 #1: AriA antitoxin
分子 | 名称: AriA antitoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 53.287113 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: VAIRTISKIE LSKIHNRYNL TVDFFNDLNV IHGKNGAGKS TLIHVIANIV NGDFIRFAFL IFEEIKATYS DGLKIVIRRD KIDEQSFIS VTLSNGKYIK FAVGEAMATV REIESERHLR ERDVKSMLAM DIDKFVKENE LQKVRASYFP AFRTMLEAWS S SSDVGYER ...文字列: VAIRTISKIE LSKIHNRYNL TVDFFNDLNV IHGKNGAGKS TLIHVIANIV NGDFIRFAFL IFEEIKATYS DGLKIVIRRD KIDEQSFIS VTLSNGKYIK FAVGEAMATV REIESERHLR ERDVKSMLAM DIDKFVKENE LQKVRASYFP AFRTMLEAWS S SSDVGYER RVIRSSFYNR KASAFARELF GQFLPSINYP SPMEIEDRLR EEIRRAQLGI AAYESRTFSE SFVKVFSALF DN SSVEGEI TGELLKEIEG LAIAQDSSIK NGYYAEYSKV YEEIRSLINR NLKGKVENSV SGALVVYRDA LRDRQDYQEK AFS EIDNYM SSVNSFLEDK EMAYDFDLRR KYPKVGLKFP DGSWSPIRVL SSGERQLLTM LYAASKMGDD AIVLIDQPEI SLHI DWQED LLKRMLSQLS GRQIIVCTHS PSIATGYEDF MINISPEFIS SRDNDNHKDS EEMEEDESL UniProtKB: UNIPROTKB: D6IC77 |
-分子 #2: AriB
分子 | 名称: AriB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 34.749578 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSSCAYTIDS YITLLTMSSK KRLLVEGRHD RSHLYQLIYK FNPASKVKID TAQDIKASDK AMSKNNRLKI ETIHSKVKGK DNISFLCDR AFREFAFNDQ IEDLLNSHYC DDSLYWTLGH SLENYFFNPS IIIDAFQFLS PSEYKYKAIE LFSELISSSF A VLAAVSLA ...文字列: MSSCAYTIDS YITLLTMSSK KRLLVEGRHD RSHLYQLIYK FNPASKVKID TAQDIKASDK AMSKNNRLKI ETIHSKVKGK DNISFLCDR AFREFAFNDQ IEDLLNSHYC DDSLYWTLGH SLENYFFNPS IIIDAFQFLS PSEYKYKAIE LFSELISSSF A VLAAVSLA AKDIDKAGLP AALIDWKDIV INDGTIKLIR RDSYDIDSAC VDSFFNAFDA VLPRVIASDV GICSRVVRGH TG ILLLQKL FSACLYYVGR EDDALQADSS ANYFCNLSEL SLTTALAESW VRKIGVLEDV YFPDSLLKNI E UniProtKB: UNIPROTKB: D6IC76 |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5058 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8v47: |