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- EMDB-42955: ACAD11 D753N with 4-phosphovaleryl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42955
タイトルACAD11 D753N with 4-phosphovaleryl-CoA
マップデータJ126_sharpen
試料
  • 複合体: ACAD11 D753N with FAD and 4-phosphovaleryl-CoA
    • タンパク質・ペプチド: Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
キーワードacyl-CoA dehydrogenases / Dihedral / mitochondrial / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


very-long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / mitochondrial membrane / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase family member 10/11, N-terminal / : / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain ...Acyl-CoA dehydrogenase family member 10/11, N-terminal / : / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-CoA dehydrogenase family member 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zhang J / Bartlett A / Rashan E / Yuan P / Pagliarini D
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131795 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK098672 米国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ACAD10 and ACAD11 enable mammalian 4-hydroxy acid lipid catabolism
著者: Bartlett A / Rashan E / Zhang J / Yuan P / Pagliarini D
履歴
登録2023年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42955.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈J126_sharpen
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-2.1923897 - 3.6701186
平均 (標準偏差)-0.00024498467 (±0.06754049)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: deepEMhancer

ファイルemd_42955_additional_1.map
注釈deepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half B

ファイルemd_42955_half_map_1.map
注釈half_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half A

ファイルemd_42955_half_map_2.map
注釈half_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ACAD11 D753N with FAD and 4-phosphovaleryl-CoA

全体名称: ACAD11 D753N with FAD and 4-phosphovaleryl-CoA
要素
  • 複合体: ACAD11 D753N with FAD and 4-phosphovaleryl-CoA
    • タンパク質・ペプチド: Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: ACAD11 D753N with FAD and 4-phosphovaleryl-CoA

超分子名称: ACAD11 D753N with FAD and 4-phosphovaleryl-CoA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11

分子名称: Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 87.332211 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ETDVTSDTVE VLPQHKFDLR SLEAYLNQHL PGFGSDSRAV LTVTQYRSGQ SNPTFFLQKG SQAYVLRKKP PGSLLPKAHK IDREFKIQK ALFSIGFPVA KPLLYCRDAS VIGTEFYVME HVQGRIFRDF SIPGVSSAER AAIYVSVAET LAWLHSLDIR S LKLDKYGT ...文字列:
ETDVTSDTVE VLPQHKFDLR SLEAYLNQHL PGFGSDSRAV LTVTQYRSGQ SNPTFFLQKG SQAYVLRKKP PGSLLPKAHK IDREFKIQK ALFSIGFPVA KPLLYCRDAS VIGTEFYVME HVQGRIFRDF SIPGVSSAER AAIYVSVAET LAWLHSLDIR S LKLDKYGT GVGYCKRQVS TWTKQYQASA HQSIPAMDQL STWLMKNLPD SDSEECLVHG DFKLDNIVFH PKECRVIAVL DW ELSTFGH PLTDLAHLSL FYYWPRTLPM INRGSHIPEN TGIPLMEELI SIYCHRRGID PNLPNWNFFM ALSFFKLAGI SQG VYRRYL MGNNSSEDSF LTANTVQPLA ETGLQLSKRT LRTTPPQADA KSQLFAQSRR GQEVLTRVKQ FMKQHVFPAE KEVA EYYAQ SGNSAEKWGH PLVIEKLKEI AKAEGLWNLF LPAVSGLSQV DYALIAEETG KCFFAPDVFN CQAPDTGNME VLHLY GSEQ QKKQWLEPLL RGDITSVFCM TEPNVSSSDA TNIECTIQRD GGGYIVNGKK WWSSGAGNPK CKIAIVLGRT ESPSAS RHR QHSMILVPMD TPGVELIRPL SVFGYMDNMH GGHWEVHFNH VRVPASNLIL GEGRGFEISQ GRLGPGRIHH CMRTVGL AE RILQIMCDRA VQREAFKKKL YEHEVVAHWI AKSRIAIEEI RLLTLKAAHS IDTLGSASAR KEIAMIKVAA PKAVCKIA D WAIQVHGGAG VSQDYPLANM YAIIRTLRLA NGPDEVHLSA IAKMELQDQA RRLTARM

UniProtKB: Acyl-CoA dehydrogenase family member 11

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分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 50mM HEPES, 50mM NaCl, 2% glycerol, 50uM FAD, 100uM 4-phosphovaleryl-CoA
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 2965 / 平均電子線量: 54.06 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1294186
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 297619
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6-f1


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8v3v:
ACAD11 D753N with 4-phosphovaleryl-CoA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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