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万見
- EMDB-42839: Structure of UT14 Fab in complex with the head domain of H3 (A/Si... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42839
タイトルStructure of UT14 Fab in complex with the head domain of H3 (A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016)
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of UT14 Fab in complex with the head domain of H3 (A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016)
    • タンパク質・ペプチド: UT14 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: UT14 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
キーワードComplex / viral protein / immune system / Influenza / Hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Park J / Georgiou G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government75D30119C06088 米国
引用ジャーナル: Lancet Microbe / 年: 2025
タイトル: Molecular features of the serological IgG repertoire elicited by egg-based, cell-based, or recombinant haemagglutinin-based seasonal influenza vaccines: a comparative, prospective, ...タイトル: Molecular features of the serological IgG repertoire elicited by egg-based, cell-based, or recombinant haemagglutinin-based seasonal influenza vaccines: a comparative, prospective, observational cohort study.
著者: Juyeon Park / Foteini Bartzoka / Troy von Beck / Zhu-Nan Li / Margarita Mishina / Luke S Hebert / Jessica Kain / Feng Liu / Suresh Sharma / Weiping Cao / Devon J Eddins / Amrita Kumar / Jin ...著者: Juyeon Park / Foteini Bartzoka / Troy von Beck / Zhu-Nan Li / Margarita Mishina / Luke S Hebert / Jessica Kain / Feng Liu / Suresh Sharma / Weiping Cao / Devon J Eddins / Amrita Kumar / Jin Eyun Kim / Justin S Lee / Yuanyuan Wang / Evan A Schwartz / Axel F Brilot / Ed Satterwhite / Dalton M Towers / Eric McKnight / Jan Pohl / Mark G Thompson / Manjusha Gaglani / Fatimah S Dawood / Allison L Naleway / James Stevens / Richard B Kennedy / Joshy Jacob / Jason J Lavinder / Min Z Levine / Shivaprakash Gangappa / Gregory C Ippolito / Suryaprakash Sambhara / George Georgiou /
要旨: BACKGROUND: Egg-based inactivated quadrivalent seasonal influenza vaccine (eIIV4), cell culture-based inactivated quadrivalent seasonal influenza vaccine (ccIIV4), and recombinant haemagglutinin (HA) ...BACKGROUND: Egg-based inactivated quadrivalent seasonal influenza vaccine (eIIV4), cell culture-based inactivated quadrivalent seasonal influenza vaccine (ccIIV4), and recombinant haemagglutinin (HA)-based quadrivalent seasonal influenza vaccine (RIV4) have been licensed for use in the USA. In this study, we used antigen-specific serum proteomics analysis to assess how the molecular composition and qualities of the serological antibody repertoires differ after seasonal influenza immunisation by each of the three vaccines and how different vaccination platforms affect the HA binding affinity and breadth of the serum antibodies that comprise the polyclonal response.
手法: In this comparative, prospective, observational cohort study, we included female US health-care personnel (mean age 47·6 years [SD 8]) who received a single dose of RIV4, eIIV4, or ccIIV4 ...手法: In this comparative, prospective, observational cohort study, we included female US health-care personnel (mean age 47·6 years [SD 8]) who received a single dose of RIV4, eIIV4, or ccIIV4 during the 2018-19 influenza season at Baylor Scott & White Health (Temple, TX, USA). Eligible individuals were selected based on comparable day 28 serum microneutralisation titres and similar vaccination history. Laboratory investigators were blinded to assignment until testing was completed. The preplanned exploratory endpoints were assessed by deconvoluting the serological repertoire specific to A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 (H3N2) HA before (day 0) and after (day 28) immunisation using bottom-up liquid chromatography-mass spectrometry proteomics (referred to as Ig-Seq) and natively paired variable heavy chain-variable light chain high-throughput B-cell receptor sequencing (referred to as BCR-Seq). Features of the antigen-specific serological repertoire at day 0 and day 28 for the three vaccine groups were compared. Antibodies identified with high confidence in sera were recombinantly expressed and characterised in depth to determine the binding affinity and breadth to time-ordered H3 HA proteins.
FINDINGS: During September and October of the 2018-19 influenza season, 15 individuals were recruited and assigned to receive RIV4 (n=5), eIIV4 (n=5), or ccIIV4 (n=5). For all three cohorts, the ...FINDINGS: During September and October of the 2018-19 influenza season, 15 individuals were recruited and assigned to receive RIV4 (n=5), eIIV4 (n=5), or ccIIV4 (n=5). For all three cohorts, the serum antibody repertoire was dominated by back-boosted antibody lineages (median 98% [95% CI 88-99]) that were present in the serum before vaccination. Although vaccine platform-dependent differences were not evident in the repertoire diversity, somatic hypermutation, or heavy chain complementarity determining region 3 biochemical features, antibodies boosted by RIV4 showed substantially higher binding affinity to the vaccine H3/HA (median half-maximal effective concentration [EC50] to A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 HA: 0·037 μg/mL [95% CI 0·012-0·12] for RIV4; 4·43 μg/mL [0·030-100·0] for eIIV4; and 18·50 μg/mL [0·99-100·0] μg/mL for ccIIV4) and also the HAs from contemporary H3N2 strains than did those elicited by eIIV4 or ccIIV4 (median EC50 to A/Texas/50/2012 HA: 0·037 μg/mL [0·017-0·32] for RIV4; 1·10 μg/mL [0·045-100] for eIIV4; and 12·6 μg/mL [1·8-100] for ccIIV4). Comparison of B-cell receptor sequencing repertoires on day 7 showed that eIIV4 increased the median frequency of canonical egg glycan-targeting B cells (0·20% [95% CI 0·067-0·37] for eIIV4; 0·058% [0·050-0·11] for RIV4; and 0·035% [0-0·062] for ccIIV4), whereas RIV4 vaccination decreased the median frequency of B-cell receptors displaying stereotypical features associated with membrane proximal anchor-targeting antibodies (0·062% [95% CI 0-0·084] for RIV4; 0·12% [0·066-0·16] for eIIV4; and 0·18% [0·016-0·20] for ccIIV4). In exploratory analysis, we characterised the structure of a highly abundant monoclonal antibody that binds to both group 1 and 2 HAs and recognises the HA trimer interface, despite its sequence resembling the stereotypical sequence motif found in membrane-proximal anchor binding antibodies.
INTERPRETATION: Although all three licensed seasonal influenza vaccines elicit serological antibody repertoires with indistinguishable features shaped by heavy imprinting, the RIV4 vaccine ...INTERPRETATION: Although all three licensed seasonal influenza vaccines elicit serological antibody repertoires with indistinguishable features shaped by heavy imprinting, the RIV4 vaccine selectively boosts higher affinity monoclonal antibodies to contemporary strains and elicits greater serum binding potency and breadth, possibly as a consequence of the multivalent structural features of the HA immunogen in this vaccine formulation. Collectively, our findings show advantages of RIV4 vaccines and more generally highlight the benefits of multivalent HA immunogens in promoting higher affinity serum antibody responses.
FUNDING: Centers for Disease Control and Prevention, National Institutes of Health, and Bill & Melinda Gates Foundation.
履歴
登録2023年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42839.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42839.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.624 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.624 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.624 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0415 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.6390998 - 3.2719517
平均 (標準偏差)-0.0019334697 (±0.054853804)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42839_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42839_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of UT14 Fab in complex with the head domain of H3 (A/Si...

全体名称: Structure of UT14 Fab in complex with the head domain of H3 (A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016)
要素
  • 複合体: Structure of UT14 Fab in complex with the head domain of H3 (A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016)
    • タンパク質・ペプチド: UT14 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: UT14 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin

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超分子 #1: Structure of UT14 Fab in complex with the head domain of H3 (A/Si...

超分子名称: Structure of UT14 Fab in complex with the head domain of H3 (A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 113 KDa

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分子 #1: UT14 Fab heavy chain

分子名称: UT14 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.28108 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCATSGFTFS SYGIHWVRQA PGKGLGWVAM ISFDGSKTYY ADSVRGRFTI SRDNSKNTLS LQMNSLRTE DTAVYYCAKE RDRDGYNEGI YDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCATSGFTFS SYGIHWVRQA PGKGLGWVAM ISFDGSKTYY ADSVRGRFTI SRDNSKNTLS LQMNSLRTE DTAVYYCAKE RDRDGYNEGI YDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCD

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分子 #2: UT14 Fab light chain

分子名称: UT14 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.687346 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVMTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSAG FYLAWYQQKP GQAPRLLIYD TSNRATGIPA RFSGRGSGTD FTLTINSLEP EDFAVYYCQ QRYNWPITFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
EIVMTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSAG FYLAWYQQKP GQAPRLLIYD TSNRATGIPA RFSGRGSGTD FTLTINSLEP EDFAVYYCQ QRYNWPITFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #3: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: H3N2 (A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016)
分子量理論値: 65.679719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI LCLVFAQKIP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT IVKTITNDRI EVTNATELVQ NSSIGEICDS PHQILDGENC TLIDALLGD PQCDGFQNKK WDLFVERSKA YSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFKNE SFNWTGVTQN GTSSACIRGS S SSFFSRLN ...文字列:
MKTIIALSYI LCLVFAQKIP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT IVKTITNDRI EVTNATELVQ NSSIGEICDS PHQILDGENC TLIDALLGD PQCDGFQNKK WDLFVERSKA YSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFKNE SFNWTGVTQN GTSSACIRGS S SSFFSRLN WLTHLNYTYP ALNVTMPNKE QFDKLYIWGV HHPGTDKDQI FLYAQSSGRI TVSTKRSQQA VIPNIGSRPR IR DIPSRIS IYWTIVKPGD ILLINSTGNL IAPRGYFKIR SGKSSIMRSD APIGKCKSEC ITPNGSIPND KPFQNVNRIT YGA CPRYVK HSTLKLATGM RNVPEKQTRG IFGAIAGFIE NGWEGMVDGW YGFRHQNSEG RGQAADLKST QAAIDQINGK LNRL IGKTN EKFHQIEKEF SEVEGRVQDL EKYVEDTKID LWSYNAELLV ALENQHTIDL TDSEMNKLFE KTKKQLRENA EDMGN GCFK IYHKCDNACI ESIRNETYDH NVYRDEALNN RFQIKGVELK SGYKDGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGS GLN DIFEAQKIEW HEGSHHHHHH

UniProtKB: Hemagglutinin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
0.02 %NaN3Sodium azide

詳細: 2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02% NaN3
グリッドモデル: Au-flat 1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 240 sec.
詳細: A total of 3ul of the specimen was applied to Au-flat 1.2/1.3-hole pattern 300 mesh grids (Electron Microscopy Sciences, PA; Cat. AUFT313-50) that had been plasma cleaned in a PELCO easiGlow ...詳細: A total of 3ul of the specimen was applied to Au-flat 1.2/1.3-hole pattern 300 mesh grids (Electron Microscopy Sciences, PA; Cat. AUFT313-50) that had been plasma cleaned in a PELCO easiGlow plasma cleaner (Ted Pella Inc., CA) for 4 min and were plunge-frozen into liquid ethane using Thermo Fisher/FEI Vitrobot Mark IV at 4 celsius under 100% humidity. Excess liquid was blotted for 4-6 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
詳細: The grids were imaged using a FEI Titan Krios G3 300kV cryo-TEM (Thermo Fisher Scientific, MA) equipped with a K3 direct electron detection camera (Gatan, CA) with a slit width 10eV Gatan ...詳細: The grids were imaged using a FEI Titan Krios G3 300kV cryo-TEM (Thermo Fisher Scientific, MA) equipped with a K3 direct electron detection camera (Gatan, CA) with a slit width 10eV Gatan BioContinuum Imaging Filter.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
詳細: The calibrated pixel sizes were 0.83A/pixel with a total dose of 80e/A^2.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 122281
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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