EMDB-42825: HBV T=3 3A mutant capsid from HEK-293T cells

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-42825

タイトル

HBV T=3 3A mutant capsid from HEK-293T cells

マップデータ

cryo-em map

試料

ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
- タンパク質・ペプチド: Capsid protein

キーワード

HBV / Hepatitis B / Capsid / Core Protein / HEK-293T / VIRUS

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Bianchini EN / Wang JCY / Hu J

資金援助

米国, 2件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI173104	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI043453	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights into Capsid Conformation and Dynamics: Cryo-EM Structures of HBV Capsids from HEK-293T Cells
著者: Bianchini EN / Liu H / Cai Y / Shanklin J / Hu J / Wang JCY

履歴

登録	2023年11月14日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年11月20日	-
マップ公開	2024年11月20日	-
更新	2024年11月20日	-
現状	2024年11月20日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_42825.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_42825.map.gz	135.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-42825-v30.xml emd-42825.xml	17.7 KB 17.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_42825_fsc.xml	22.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_42825.png	126.4 KB
Filedesc metadata	emd-42825.cif.gz	6 KB
その他	emd_42825_half_map_1.map.gz emd_42825_half_map_2.map.gz	809.3 MB 809.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42825 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42825	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_42825_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_42825_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_42825_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	emd_42825_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42825 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42825	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uywMC 42822C 42823C 42824C 42826C 42827C 42828C 8uytC 8uyuC 8uyvC 8uyxC 8uyyC 8uyzC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_42825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

cryo-em map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.7 Å/pix. x 640 pix. = 448. Å	0.7 Å/pix. x 640 pix. = 448. Å	0.7 Å/pix. x 640 pix. = 448. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.7 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.003
最小 - 最大	-0.017908566 - 0.030848445
平均 (標準偏差)	0.00004798914 (±0.0012815219)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: half 1

ファイル

emd_42825_half_map_1.map

注釈

half 1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 2

ファイル

emd_42825_half_map_2.map

注釈

half 2

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Hepatitis B virus

全体	名称: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
要素	ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) タンパク質・ペプチド: Capsid protein

-
超分子 #1: Hepatitis B virus

超分子	名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Recombinant HBV capsid protein was expressed by transfecting HEK-293T cells with a plasmid containing a mutant HBV capsid protein gene. NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 5 MDa
ウイルス殻	Shell ID: 1 / 名称: capsid protein / 直径: 340.0 Å / T番号(三角分割数): 4

-
分子 #1: Capsid protein

分子	名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
分子量	理論値: 21.108254 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMTLAT WVGVNLEDPA SRDLVVSYV NTNMGLKFRQ LLWFHISCLT FGRETVIEYL VSFGVWIRTP PAYRPPNAPI LSTLPETTVV RRRGRAPRRR T PAPRRRRS QAPRRRRSQS REPQC UniProtKB: Capsid protein

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5 / 詳細: 300mM NaCl, 50mM Tris-HCl(pH7.5), 2mM DTT
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細	Sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER / 詳細: De novo generated in RELION
最終再構成	アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 24407
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 1qgt Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化	空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル	PDB-8uyw: HBV T=3 3A mutant capsid from HEK-293T cells

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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