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万見
- EMDB-42770: Caulobacter crescentus FljM flagellar filament (symmetrized) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42770
タイトルCaulobacter crescentus FljM flagellar filament (symmetrized)
マップデータFljM (symmetrized) map
試料
  • 複合体: FljM flagellar filament (symmetrized)
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin FljM
キーワードflagellin / flagellar filament / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region / Flagellin FljM
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Sanchez JC / Montemayor EJ / Ploscariu NT / Parrell D / Baumgardt JK / Yang JE / Sibert B / Cai K / Wright ER
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM104540 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM139168 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0018409 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM135066 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32 GM143854 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct evidence for multi-flagellin filament stabilization via atomic-level architecture of Caulobacter crescentus flagellar filaments
著者: Sanchez JC / Montemayor EJ / Ploscariu NT / Parrell D / Baumgardt JK / Yang JE / Sibert B / Cai K / Wright ER
履歴
登録2023年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月26日-
マップ公開2024年6月26日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈FljM (symmetrized) map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-1.3806319 - 2.6971462
平均 (標準偏差)0.0047454885 (±0.11128284)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 417.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FljM flagellar filament (symmetrized)

全体名称: FljM flagellar filament (symmetrized)
要素
  • 複合体: FljM flagellar filament (symmetrized)
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin FljM

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超分子 #1: FljM flagellar filament (symmetrized)

超分子名称: FljM flagellar filament (symmetrized) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000
分子量理論値: 0.28 kDa/nm

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分子 #1: Flagellin FljM

分子名称: Flagellin FljM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 44 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000
分子量理論値: 27.95024 KDa
配列文字列: MALNSINTNS GALIALQNLN STNAELTQVQ QRINTGKKIG SAKDNGAIWA TAKNQSATAG SMNAVKDSLQ RGQSTIDVAL AAGDTITDL LGKMKEKALA ASDTSLNTAS FNALKSDFDS LRDQITKAAS NAKFNGVSIA DGTTTKLSFL ANSDGSAFTV T AKTLTLGG ...文字列:
MALNSINTNS GALIALQNLN STNAELTQVQ QRINTGKKIG SAKDNGAIWA TAKNQSATAG SMNAVKDSLQ RGQSTIDVAL AAGDTITDL LGKMKEKALA ASDTSLNTAS FNALKSDFDS LRDQITKAAS NAKFNGVSIA DGTTTKLSFL ANSDGSAFTV T AKTLTLGG LGLTATSSFT TAAAAKTMIG TIDTALQTAT NKLASLGTSS TGLDTHLTFV GKLQDSLDAG VGNLVDADLA KE SAKLQSL QTKQQLGVQA LSIANQSSSS ILSLFR

UniProtKB: Flagellin FljM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: phosphate buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.73 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 65.93 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 248115
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Featureless Cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2529


Chain - Source name: AlphaFold
精密化空間: REAL / 温度因子: 67
得られたモデル

PDB-8uxn:
Caulobacter crescentus FljM flagellar filament (symmetrized)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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