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万見
- EMDB-42639: Site-one protease and SPRING -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42639
タイトルSite-one protease and SPRING
マップデータPrimary map for SPRING-S1P
試料
  • 複合体: Complex of matured site-1 protease bound to SPRING
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-bound transcription factor site-1 protease
    • タンパク質・ペプチド: SREBP regulating gene protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードserine protease cholesterol metabolism zymogen activation Protein complex glycoprotein secretory pathway / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


site-1 protease / CREB3 factors activate genes / positive regulation of SREBP signaling pathway / ATF6-mediated unfolded protein response / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / regulation of cholesterol biosynthetic process / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport ...site-1 protease / CREB3 factors activate genes / positive regulation of SREBP signaling pathway / ATF6-mediated unfolded protein response / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / regulation of cholesterol biosynthetic process / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Golgi stack / lysosome organization / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cholesterol metabolic process / protein maturation / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / protein processing / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / protein import into nucleus / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SREBP regulating gene protein / SREBP regulating gene protein / Site-1 peptidase catalytic domain / : / Membrane-bound Site-1 Protease Family N-terminal domain / MBTPS1, fourth GATase-like domain / MBTPS1, third Ig-like domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. ...SREBP regulating gene protein / SREBP regulating gene protein / Site-1 peptidase catalytic domain / : / Membrane-bound Site-1 Protease Family N-terminal domain / MBTPS1, fourth GATase-like domain / MBTPS1, third Ig-like domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-bound transcription factor site-1 protease / SREBP regulating gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kober DL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM141261 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: SPRING licenses S1P-mediated cleavage of SREBP2 by displacing an inhibitory pro-domain.
著者: Sebastian Hendrix / Vincent Dartigue / Hailee Hall / Shrankhla Bawaria / Jenina Kingma / Bilkish Bajaj / Noam Zelcer / Daniel L Kober /
要旨: Site-one protease (S1P) conducts the first of two cleavage events in the Golgi to activate Sterol regulatory element binding proteins (SREBPs) and upregulate lipogenic transcription. S1P is also ...Site-one protease (S1P) conducts the first of two cleavage events in the Golgi to activate Sterol regulatory element binding proteins (SREBPs) and upregulate lipogenic transcription. S1P is also required for a wide array of additional signaling pathways. A zymogen serine protease, S1P matures through autoproteolysis of two pro-domains, with one cleavage event in the endoplasmic reticulum (ER) and the other in the Golgi. We recently identified the SREBP regulating gene, (SPRING), which enhances S1P maturation and is necessary for SREBP signaling. Here, we report the cryo-EM structures of S1P and S1P-SPRING at sub-2.5 Å resolution. SPRING activates S1P by dislodging its inhibitory pro-domain and stabilizing intra-domain contacts. Functionally, SPRING licenses S1P to cleave its cognate substrate, SREBP2. Our findings reveal an activation mechanism for S1P and provide insights into how spatial control of S1P activity underpins cholesterol homeostasis.
履歴
登録2023年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42639.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42639.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map for SPRING-S1P
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.54 Å/pix.
x 600 pix.
= 321. Å		0.54 Å/pix.
x 600 pix.
= 321. Å		0.54 Å/pix.
x 600 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.535 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.72899586 - 1.1720839
平均 (標準偏差)-0.00022382801 (±0.015809057)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened primary map, B factor = -70

ファイルemd_42639_additional_1.map
注釈Sharpened primary map, B factor = -70
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_42639_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_42639_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of matured site-1 protease bound to SPRING

全体名称: Complex of matured site-1 protease bound to SPRING
要素
  • 複合体: Complex of matured site-1 protease bound to SPRING
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-bound transcription factor site-1 protease
    • タンパク質・ペプチド: SREBP regulating gene protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of matured site-1 protease bound to SPRING

超分子名称: Complex of matured site-1 protease bound to SPRING / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Co-expressed and secreted ectodomains of SPRING-His10 and S1P-FLAG purified using NiNTA chromatography and gel filtration.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: Membrane-bound transcription factor site-1 protease

分子名称: Membrane-bound transcription factor site-1 protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 115.048203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKLVNIWLLL LVVLLCGKKH LGDRLEKKSF EKAPCPGCSH LTLKVEFSST VVEYEYIVAF NGYFTAKARN SFISSALKSS EVDNWRIIP RNNPSSDYPS DFEVIQIKEK QKAGLLTLED HPNIKRVTPQ RKVFRSLKYA ESDPTVPCNE TRWSQKWQSS R PLRRASLS ...文字列:
MKLVNIWLLL LVVLLCGKKH LGDRLEKKSF EKAPCPGCSH LTLKVEFSST VVEYEYIVAF NGYFTAKARN SFISSALKSS EVDNWRIIP RNNPSSDYPS DFEVIQIKEK QKAGLLTLED HPNIKRVTPQ RKVFRSLKYA ESDPTVPCNE TRWSQKWQSS R PLRRASLS LGSGFWHATG RHSSRRLLRA IPRQVAQTLQ ADVLWQMGYT GANVRVAVFD TGLSEKHPHF KNVKERTNWT NE RTLDDGL GHGTFVAGVI ASMRECQGFA PDAELHIFRV FTNNQVSYTS WFLDAFNYAI LKKIDVLNLS IGGPDFMDHP FVD KVWELT ANNVIMVSAI GNDGPLYGTL NNPADQMDVI GVGGIDFEDN IARFSSRGMT TWELPGGYGR MKPDIVTYGA GVRG SGVKG GCRALSGTSV ASPVVAGAVT LLVSTVQKRE LVNPASMKQA LIASARRLPG VNMFEQGHGK LDLLRAYQIL NSYKP QASL SPSYIDLTEC PYMWPYCSQP IYYGGMPTVV NVTILNGMGV TGRIVDKPDW QPYLPQNGDN IEVAFSYSSV LWPWSG YLA ISISVTKKAA SWEGIAQGHV MITVASPAET ESKNGAEQTS TVKLPIKVKI IPTPPRSKRV LWDQYHNLRY PPGYFPR DN LRMKNDPLDW NGDHIHTNFR DMYQHLRSMG YFVEVLGAPF TCFDASQYGT LLMVDSEEEY FPEEIAKLRR DVDNGLSL V IFSDWYNTSV MRKVKFYDEN TRQWWMPDTG GANIPALNEL LSVWNMGFSD GLYEGEFTLA NHDMYYASGC SIAKFPEDG VVITQTFKDQ GLEVLKQETA VVENVPILGL YQIPAEGGGR IVLYGDSNCL DDSHRQKDCF WLLDALLQYT SYGVTPPSLS HSGNRQRPP SGAGSVTPER MEGNHLHRYS KVLEAHLGDP KPRPLPACPR LSWAKPQPLN ETAPSNLWKH QKLLSIDLDK V VLPNFRSN RPQVRPLSPG ESGAWDIPGG IMPGRYNQEV DYKDDDDKGS DYKDDDDKGS DYKDDDDK

UniProtKB: Membrane-bound transcription factor site-1 protease

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分子 #2: SREBP regulating gene protein

分子名称: SREBP regulating gene protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.200291 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DKQEERAVRD RNLLQVHDHN QPIPWKVQFN LGNSSRPSNQ CRNSIQGKHL ITDELGYVCE RKDLLVNGC CNVNVPSTKQ YCCDGCWPNG CCSAYEYCVS CCLQPNKQLL LERFLNRAAV AFQNLFMAVE DHFELCLAKC R TSSQSVQH ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DKQEERAVRD RNLLQVHDHN QPIPWKVQFN LGNSSRPSNQ CRNSIQGKHL ITDELGYVCE RKDLLVNGC CNVNVPSTKQ YCCDGCWPNG CCSAYEYCVS CCLQPNKQLL LERFLNRAAV AFQNLFMAVE DHFELCLAKC R TSSQSVQH ENTYRDPIAK YCYGESPPEL FPAHHHHHHH HHH

UniProtKB: SREBP regulating gene protein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 75 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMHEPES-NaOHHEPES buffered with sodium hydroxide

詳細: 50 mM HEPES-NaOH and 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa / 詳細: 30 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4885 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 / 詳細: CDS mode, 8 electrons per second, 50 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 452453
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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