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- EMDB-42578: Subtomogram average of the Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42578
タイトルSubtomogram average of the Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer
マップデータSubtomogram average of the Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer
試料
  • 複合体: Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer
キーワードDPANN / Intercellular communication / Protein nanotube / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Metallosphaera javensis (ex Sakai et al. 2022) (古細菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.6 Å
データ登録者Ghosal D / Johnson MD / Shepherd DC
資金援助 オーストラリア, フランス, 日本, 5件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1196924 オーストラリア
Human Frontier Science Program (HFSP)RGEC33/2023 フランス
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K15153 日本
Australian Research Council (ARC)FT200100270 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP210100362 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cell-to-cell interactions revealed by cryo-tomography of a DPANN co-culture system.
著者: Matthew D Johnson / Doulin C Shepherd / Hiroyuki D Sakai / Manasi Mudaliyar / Arun Prasad Pandurangan / Francesca L Short / Paul D Veith / Nichollas E Scott / Norio Kurosawa / Debnath Ghosal /
要旨: DPANN is a widespread and diverse group of archaea characterized by their small size, reduced genome, limited metabolic pathways, and symbiotic existence. Known DPANN species are predominantly ...DPANN is a widespread and diverse group of archaea characterized by their small size, reduced genome, limited metabolic pathways, and symbiotic existence. Known DPANN species are predominantly obligate ectosymbionts that depend on their host for proliferation. The structural and molecular details of host recognition, host-DPANN intercellular communication, and host adaptation in response to DPANN attachment remain unknown. Here, we use electron cryotomography (cryo-ET) to show that the Microcaldus variisymbioticus ARM-1 may interact with its host, Metallosphaera javensis AS-7 through intercellular proteinaceous nanotubes. Combining cryo-ET and sub-tomogram averaging, we show the in situ architectures of host and DPANN S-layers and the structures of the nanotubes in their primed and extended states. In addition, comparative proteomics and genomic analyses identified host proteomic changes in response to DPANN attachment. These results provide insights into the structural basis of host-DPANN communication and deepen our understanding of the host ectosymbiotic relationships.
履歴
登録2023年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月28日-
マップ公開2024年8月28日-
更新2024年8月28日-
現状2024年8月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42578.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42578.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of the Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.39 Å/pix.
x 208 pix.
= 705.12 Å		3.39 Å/pix.
x 208 pix.
= 705.12 Å		3.39 Å/pix.
x 208 pix.
= 705.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.55
最小 - 最大-6.3956113 - 9.217768
平均 (標準偏差)0.042524904 (±1.0000378)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-104-104-104
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 705.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42578_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer

全体名称: Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer
要素
  • 複合体: Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer

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超分子 #1: Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer

超分子名称: Metallosphaera javensis AS-7 Surface layer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Metallosphaera javensis (ex Sakai et al. 2022) (古細菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 3
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Cultures of Metallosphaera javensis AS-7 were routinely cultivated at 55 degrees Celsius using modified Brocks basal salt medium supplemented with 1 g/L yeast extract (MBSY medium). The pH of the medium was adjusted to 3.0 by the addition of 50% (v/v) sulfate.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.99) / 使用したサブトモグラム数: 10711
抽出トモグラム数: 72 / 使用した粒子像数: 10711 / 手法: Template matching / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.99)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.99)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.99)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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