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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42429 | ||||||||||||
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タイトル | Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP53 bound to human plasminogen | ||||||||||||
マップデータ | Full Map of hPg bound to PAM on a lentivirus | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | PAM / human plasminogen / M-protein / Group A streptococcus / BLOOD CLOTTING | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Readnour BM / Tjia-Fleck SK / Castellino FJ / McCann NR | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP53 bound to human plasminogen 著者: Readnour BM / Tjia-Fleck SK / McCann NR / Ayinuola YA / Ploplis VA / Castellino FJ | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42429.map.gz | 166.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42429-v30.xml emd-42429.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42429_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42429.png | 80.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42429.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_42429_half_map_1.map.gz emd_42429_half_map_2.map.gz | 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42429 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42429 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42429_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42429_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42429_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42429_validation.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42429 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42429 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tvlMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full Map of hPg bound to PAM on a lentivirus | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.437 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map of hPg bound to PAM on a lentivirus
ファイル | emd_42429_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map of hPg bound to PAM on a lentivirus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map of hPg bound to PAM on a lentivirus
ファイル | emd_42429_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map of hPg bound to PAM on a lentivirus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Plasminogen Binding Group A Streptococcus M-Like Protein from AP5...
全体 | 名称: Plasminogen Binding Group A Streptococcus M-Like Protein from AP53 bound to human plasminogen |
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要素 |
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-超分子 #1: Plasminogen Binding Group A Streptococcus M-Like Protein from AP5...
超分子 | 名称: Plasminogen Binding Group A Streptococcus M-Like Protein from AP53 bound to human plasminogen タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: PAM was bound to the surface of a lentivirus |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / 株: AP53 / 細胞中の位置: Cell surface |
分子量 | 理論値: 41 KDa |
-分子 #1: Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein
分子 | 名称: Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / 株: AP53 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MNRADDARNE VLRGNLVRAE LWYRQIQEND QL KLENKGL KTDLREKEEE LQGLKDDVEK LTADAELQRL KNERHEEAEL ERLKSERHDH DKK EAERKA LEDKLADKQE HLNGALRYIN EKEAEAKEKE AEQKKLKEEK QISDASRQGL RRDL DASRE AKKQVEKDLA ...文字列: MNRADDARNE VLRGNLVRAE LWYRQIQEND QL KLENKGL KTDLREKEEE LQGLKDDVEK LTADAELQRL KNERHEEAEL ERLKSERHDH DKK EAERKA LEDKLADKQE HLNGALRYIN EKEAEAKEKE AEQKKLKEEK QISDASRQGL RRDL DASRE AKKQVEKDLA NLTAELDKVK EEKQISDASR QGLRRDLDAS REAKKQVEKG LANLT AELD KVKEEKQISD ASRQGLRRDL DASREAKKQV EKALEEANSK LAALEKLNKE LEESKK LTE KEKAELQAKL EAEAKALKEQ LAKQAEELAK LRAEKASDSQ TPDAKPGNKA VPGKGQA PQ AGTKPNQNKA PMKETKRQLP STG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Plasminogen binding Group A streptococcus M like protein of AP53 bound to human plasminogen on the surface of a lentivirus |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4054 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 34.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 109000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8tvl: |