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- EMDB-42388: Cryo-EM map of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42388
タイトルCryo-EM map of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex with narrow PCNA opening state II (state 6)
マップデータEM sharpen map
試料
  • 複合体: the human clamp-clamp loader complex PCNA-CTF18
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードDNA clamp loader complex / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / response to organophosphorus / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / Elg1 RFC-like complex / Ctf18 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / MutLalpha complex binding ...positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / response to organophosphorus / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / Elg1 RFC-like complex / Ctf18 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / MutLalpha complex binding / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear lamina / DNA clamp loader activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / replisome / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA duplex unwinding / response to L-glutamate / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / histone acetyltransferase binding / DNA synthesis involved in DNA repair / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / G1/S-Specific Transcription / response to dexamethasone / replication fork processing / nuclear replication fork / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / SUMOylation of DNA replication proteins / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / estrous cycle / mismatch repair / translesion synthesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / Activation of ATR in response to replication stress / response to cadmium ion / DNA polymerase binding / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / epithelial cell differentiation / base-excision repair, gap-filling / positive regulation of DNA repair / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / replication fork / nuclear estrogen receptor binding / liver regeneration / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / G2/M DNA damage checkpoint / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / cellular response to xenobiotic stimulus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / heart development / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / DNA repair / centrosome / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site ...Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Wang F / He Q / Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM reveals a nearly complete PCNA loading process and unique features of the human alternative clamp loader CTF18-RFC.
著者: Qing He / Feng Wang / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: The DNA sliding clamp PCNA is a multipurpose platform for DNA polymerases and many other proteins involved in DNA metabolism. The topologically closed PCNA ring needs to be cracked open and loaded ...The DNA sliding clamp PCNA is a multipurpose platform for DNA polymerases and many other proteins involved in DNA metabolism. The topologically closed PCNA ring needs to be cracked open and loaded onto DNA by a clamp loader, e.g., the well-studied pentameric ATPase complex RFC (RFC1-5). The CTF18-RFC complex is an alternative clamp loader found recently to bind the leading strand DNA polymerase ε and load PCNA onto leading strand DNA, but its structure and the loading mechanism have been unknown. By cryo-EM analysis of in vitro assembled human CTF18-RFC-DNA-PCNA complex, we have captured seven loading intermediates, revealing a detailed PCNA loading mechanism onto a 3'-ss/dsDNA junction by CTF18-RFC. Interestingly, the alternative loader has evolved a highly mobile CTF18 AAA+ module likely to lower the loading activity, perhaps to avoid competition with the RFC and to limit its role to leading strand clamp loading. To compensate for the lost stability due to the mobile AAA+ module, CTF18 has evolved a unique β-hairpin motif that reaches across RFC2 to interact with RFC5, thereby stabilizing the pentameric complex. Further, we found that CTF18 also contains a separation pin to locally melt DNA from the 3'-end of the primer; this ensures its ability to load PCNA to any 3'-ss/dsDNA junction, facilitated by the binding energy of the E-plug to the major groove. Our study reveals unique structural features of the human CTF18-RFC and contributes to a broader understanding of PCNA loading by the alternative clamp loaders.
履歴
登録2023年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42388.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM sharpen map
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.96 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.96 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.96 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-1.8360748 - 3.898313
平均 (標準偏差)0.00046984662 (±0.08344474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: EM sharpen map by DeepEMhancer

ファイルemd_42388_additional_1.map
注釈EM sharpen map by DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Original unsharpen EM map

ファイルemd_42388_additional_2.map
注釈Original unsharpen EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map A

ファイルemd_42388_half_map_1.map
注釈EM half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map B

ファイルemd_42388_half_map_2.map
注釈EM half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the human clamp-clamp loader complex PCNA-CTF18

全体名称: the human clamp-clamp loader complex PCNA-CTF18
要素
  • 複合体: the human clamp-clamp loader complex PCNA-CTF18
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
    • DNA: DNA (40-MER)
    • DNA: DNA (20-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: the human clamp-clamp loader complex PCNA-CTF18

超分子名称: the human clamp-clamp loader complex PCNA-CTF18 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 300 KDa

+
分子 #1: Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog

分子名称: Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 107.523984 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MEDYEQELCG VEDDFHNQFA AELEVLAELE GASTPSPSGV PLFTAGRPPR TFEEALARGD AASSPAPAAS VGSSQGGARK RQVDADLQP AGSLPHAPRI KRPRLQVVKR LNFRSEEMEE PPPPDSSPTD ITPPPSPEDL AELWGHGVSE AAADVGLTRA S PAARNPVL ...文字列:
MEDYEQELCG VEDDFHNQFA AELEVLAELE GASTPSPSGV PLFTAGRPPR TFEEALARGD AASSPAPAAS VGSSQGGARK RQVDADLQP AGSLPHAPRI KRPRLQVVKR LNFRSEEMEE PPPPDSSPTD ITPPPSPEDL AELWGHGVSE AAADVGLTRA S PAARNPVL RRPPILEDYV HVTSTEGVRA YLVLRADPMA PGVQGSLLHV PWRGGGQLDL LGVSLASLKK QVDGERRERL LQ EAQKLSD TLHSLRSGEE EAAQPLGAPE EEPTDGQDAS SHCLWVDEFA PRHYTELLSD DFTNRCLLKW LKLWDLVVFG HER PSRKPR PSVEPARVSK EATAPGKWKS HEQVLEEMLE AGLDPSQRPK QKVALLCGPP GLGKTTLAHV IARHAGYSVV EMNA SDDRS PEVFRTRIEA ATQMESVLGA GGKPNCLVID EIDGAPVAAI NVLLSILNRK GPQEVGPQGP AVPSGGGRRR RAEGG LLMR PIICICNDQF APSLRQLKQQ AFLLHFPPTL PSRLVQRLQE VSLRQGMRAD PGVLAALCEK TDNDIRACIN TLQFLY SRG QRELSVRDVQ ATRVGLKDQR RGLFSVWQEV FQLPRAQRRR VGQDPALPAD TLLLGDGDAG SLTSASQRFY RVLHAAA SA GEHEKVVQGL FDNFLRLRLR DSSLGAVCVA LDWLAFDDLL AGAAHHSQSF QLLRYPPFLP VAFHVLFASS HTPRITFP S SQQEAQNRMS QMRNLIQTLV SGIAPATRSR ATPQALLLDA LCLLLDILAP KLRPVSTQLY STREKQQLAS LVGTMLAYS LTYRQERTPD GQYIYRLEPN VEELCRFPEL PARKPLTYQT KQLIAREIEV EKMRRAEASA RVENSPQVDG SPPGLEGLLG GIGEKGVHR PAPRNHEQRL EHIMRRAARE EQPEKDFFGR VVVRSTAVPS AGDTAPEQDS VERRMGTAVG RSEVWFRFNE G VSNAVRRS LYIRDLL

UniProtKB: Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog

+
分子 #2: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.203207 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MEVEAVCGGA GEVEAQDSDP APAFSKAPGS AGHYELPWVE KYRPVKLNEI VGNEDTVSRL EVFAREGNVP NIIIAGPPGT GKTTSILCL ARALLGPALK DAMLELNASN DRGIDVVRNK IKMFAQQKVT LPKGRHKIII LDEADSMTDG AQQALRRTME I YSKTTRFA ...文字列:
MEVEAVCGGA GEVEAQDSDP APAFSKAPGS AGHYELPWVE KYRPVKLNEI VGNEDTVSRL EVFAREGNVP NIIIAGPPGT GKTTSILCL ARALLGPALK DAMLELNASN DRGIDVVRNK IKMFAQQKVT LPKGRHKIII LDEADSMTDG AQQALRRTME I YSKTTRFA LACNASDKII EPIQSRCAVL RYTKLTDAQI LTRLMNVIEK ERVPYTDDGL EAIIFTAQGD MRQALNNLQS TF SGFGFIN SENVFKVCDE PHPLLVKEMI QHCVNANIDE AYKILAHLWH LGYSPEDIIG NIFRVCKTFQ MAEYLKLEFI KEI GYTHMK IAEGVNSLLQ MAGLLARLCQ KTMAPVAS

UniProtKB: Replication factor C subunit 2

+
分子 #3: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.545512 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: METSALKQQE QPAATKIRNL PWVEKYRPQT LNDLISHQDI LSTIQKFINE DRLPHLLLYG PPGTGKTSTI LACAKQLYKD KEFGSMVLE LNASDDRGID IIRGPILSFA STRTIFKKGF KLVILDEADA MTQDAQNALR RVIEKFTENT RFCLICNYLS K IIPALQSR ...文字列:
METSALKQQE QPAATKIRNL PWVEKYRPQT LNDLISHQDI LSTIQKFINE DRLPHLLLYG PPGTGKTSTI LACAKQLYKD KEFGSMVLE LNASDDRGID IIRGPILSFA STRTIFKKGF KLVILDEADA MTQDAQNALR RVIEKFTENT RFCLICNYLS K IIPALQSR CTRFRFGPLT PELMVPRLEH VVEEEKVDIS EDGMKALVTL SSGDMRRALN ILQSTNMAFG KVTEETVYTC TG HPLKSDI ANILDWMLNQ DFTTAYRNIT ELKTLKGLAL HDILTEIHLF VHRVDFPSSV RIHLLTKMAD IEYRLSVGTN EKI QLSSLI AAFQVTRDLI VAEA

UniProtKB: Replication factor C subunit 5

+
分子 #4: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.735711 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MQAFLKGTSI STKPPLTKDR GVAASAGSSG ENKKAKPVPW VEKYRPKCVD EVAFQEEVVA VLKKSLEGAD LPNLLFYGPP GTGKTSTIL AAARELFGPE LFRLRVLELN ASDERGIQVV REKVKNFAQL TVSGSRSDGK PCPPFKIVIL DEADSMTSAA Q AALRRTME ...文字列:
MQAFLKGTSI STKPPLTKDR GVAASAGSSG ENKKAKPVPW VEKYRPKCVD EVAFQEEVVA VLKKSLEGAD LPNLLFYGPP GTGKTSTIL AAARELFGPE LFRLRVLELN ASDERGIQVV REKVKNFAQL TVSGSRSDGK PCPPFKIVIL DEADSMTSAA Q AALRRTME KESKTTRFCL ICNYVSRIIE PLTSRCSKFR FKPLSDKIQQ QRLLDIAKKE NVKISDEGIA YLVKVSEGDL RK AITFLQS ATRLTGGKEI TEKVITDIAG VIPAEKIDGV FAACQSGSFD KLEAVVKDLI DEGHAATQLV NQLHDVVVEN NLS DKQKSI ITEKLAEVDK CLADGADEHL QLISLCATVM QQLSQNC

UniProtKB: Replication factor C subunit 4

+
分子 #5: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.614332 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MSLWVDKYRP CSLGRLDYHK EQAAQLRNLV QCGDFPHLLV YGPSGAGKKT RIMCILRELY GVGVEKLRIE HQTITTPSKK KIEISTIAS NYHLEVNPSD AGNSDRVVIQ EMLKTVAQSQ QLETNSQRDF KVVLLTEVDK LTKDAQHALR RTMEKYMSTC R LILCCNST ...文字列:
MSLWVDKYRP CSLGRLDYHK EQAAQLRNLV QCGDFPHLLV YGPSGAGKKT RIMCILRELY GVGVEKLRIE HQTITTPSKK KIEISTIAS NYHLEVNPSD AGNSDRVVIQ EMLKTVAQSQ QLETNSQRDF KVVLLTEVDK LTKDAQHALR RTMEKYMSTC R LILCCNST SKVIPPIRSR CLAVRVPAPS IEDICHVLST VCKKEGLNLP SQLAHRLAEK SCRNLRKALL MCEACRVQQY PF TADQEIP ETDWEVYLRE TANAIVSQQT PQRLLEVRGR LYELLTHCIP PEIIMKGLLS ELLHNCDGQL KGEVAQMAAY YEH RLQLGS KAIYHLEAFV AKFMALYKKF MEDGLEGMMF

UniProtKB: Replication factor C subunit 3

+
分子 #6: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.795752 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MFEARLVQGS ILKKVLEALK DLINEACWDI SSSGVNLQSM DSSHVSLVQL TLRSEGFDTY RCDRNLAMGV NLTSMSKILK CAGNEDIIT LRAEDNADTL ALVFEAPNQE KVSDYEMKLM DLDVEQLGIP EQEYSCVVKM PSGEFARICR DLSHIGDAVV I SCAKDGVK ...文字列:
MFEARLVQGS ILKKVLEALK DLINEACWDI SSSGVNLQSM DSSHVSLVQL TLRSEGFDTY RCDRNLAMGV NLTSMSKILK CAGNEDIIT LRAEDNADTL ALVFEAPNQE KVSDYEMKLM DLDVEQLGIP EQEYSCVVKM PSGEFARICR DLSHIGDAVV I SCAKDGVK FSASGELGNG NIKLSQTSNV DKEEEAVTIE MNEPVQLTFA LRYLNFFTKA TPLSSTVTLS MSADVPLVVE YK IADMGHL KYYLAPKIED EEGS

UniProtKB: Proliferating cell nuclear antigen

+
分子 #7: DNA (40-MER)

分子名称: DNA (40-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.214818 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)

+
分子 #8: DNA (20-MER)

分子名称: DNA (20-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.136008 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #11: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146250
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 123
得られたモデル

PDB-8umy:
Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex with narrow PCNA opening state II (state 6)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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