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- EMDB-42375: Deinococcus aerius TR0125 C-glucosyl deglycosidase (CGD), cryo-EM -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42375
タイトルDeinococcus aerius TR0125 C-glucosyl deglycosidase (CGD), cryo-EM
マップデータRefinement map.
試料
  • 複合体: C-glucosyl deglycosidase, alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF6379 domain-containing protein
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードbacterial C-glucosyl deglycosidase / C-C bond cleavage / C-glucosyl aromatic polyketides / C-glucosyl flavonoids / Deinococcus aerius / soil bacterium / N-terminal DUF6379 beta-sandwich domain / C-terminal TIM-barrel domain / alpha2beta2 heterotetramer / LYASE
機能・相同性Domain of unknown function DUF6379 / Domain of unknown function (DUF6379) / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein / DUF6379 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Deinococcus aerius (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Furlanetto V / Kalyani DC / Kostelac A / Haltrich D / Hallberg BM / Divne C
資金援助 スウェーデン, オーストリア, 5件
OrganizationGrant number国
Other governmentFormas 2017-00983 スウェーデン
Other governmentVR 2017-03877 スウェーデン
Other privateOscar and Lili Lamm Memorial Foundation DO2017-0020 スウェーデン
Austrian Science FundFWF P33545 オーストリア
Austrian Science FundFWF W1224 オーストリア
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Gene Cluster Responsible for Deglycosylation of C-glucosyl Flavonoids and Xanthonoids by Deinococcus aerius.
著者: Valentina Furlanetto / Dayanand C Kalyani / Anja Kostelac / Jolanta Puc / Dietmar Haltrich / B Martin Hällberg / Christina Divne /
要旨: Plant C-glycosylated aromatic polyketides are important for plant and animal health. These are specialized metabolites that perform functions both within the plant, and in interaction with soil or ...Plant C-glycosylated aromatic polyketides are important for plant and animal health. These are specialized metabolites that perform functions both within the plant, and in interaction with soil or intestinal microbes. Despite the importance of these plant compounds, there is still limited knowledge of how they are metabolized. The Gram-positive aerobic soil bacterium Deinococcus aerius strain TR0125 and other Deinococcus species thrive in a wide range of harsh environments. In this work, we identified a C-glycoside deglycosylation gene cluster in the genome of D. aerius. The cluster includes three genes coding for a GMC-type oxidoreductase (DaCGO1) that oxidizes the glucosyl C3 position in aromatic C-glucosyl compounds, which in turn provides the substrate for the C-glycoside deglycosidase (DaCGD; composed of α+β subunits) that cleaves the glucosyl-aglycone C-C bond. Our results from size-exclusion chromatography, single particle cryo-electron microscopy and X-ray crystallography show that DaCGD is an αβ heterotetramer, which represents a novel oligomeric state among bacterial CGDs. Importantly, the high-resolution X-ray structure of DaCGD provides valuable insights into the activation of the catalytic hydroxide ion by Lys261. DaCGO1 is specific for the 6-C-glucosyl flavones isovitexin, isoorientin and the 2-C-glucosyl xanthonoid mangiferin, and the subsequent C-C-bond cleavage by DaCGD generated apigenin, luteolin and norathyriol, respectively. Of the substrates tested, isovitexin was the preferred substrate (DaCGO1, K 0.047 mM, k 51 min; DaCGO1/DaCGD, K 0.083 mM, k 0.42 min).
履歴
登録2023年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42375.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42375.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refinement map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.049786236 - 1.75417
平均 (標準偏差)0.0008591428 (±0.021085763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 258.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42375_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap B

ファイルemd_42375_half_map_1.map
注釈halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap A

ファイルemd_42375_half_map_2.map
注釈halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C-glucosyl deglycosidase, alpha subunit

全体名称: C-glucosyl deglycosidase, alpha subunit
要素
  • 複合体: C-glucosyl deglycosidase, alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF6379 domain-containing protein
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: C-glucosyl deglycosidase, alpha subunit

超分子名称: C-glucosyl deglycosidase, alpha subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: The complex contains two alpha subunits and two beta subunits that form an alpha2beta2 heteroteramer
由来(天然)生物種: Deinococcus aerius (バクテリア) / 株: TR0125

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分子 #1: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

分子名称: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Deinococcus aerius (バクテリア) / 株: TR0125
分子量理論値: 40.554328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MTQPQIKRGV SLYSFQEEFF LRKMTLEDCV AACASMGAYG IESLAEQMMP GFPNLDDAFY DGWHAMMAKY GTVSVCHDMF LDTKKFRGR LMTLDEQVES FVRDIRHASR LGCTVIRVLN FVSPELMEKV LPHAEQSNMR LGLEIHAPMH FEHPWVLRHI E FMDRLGSP ...文字列:
MTQPQIKRGV SLYSFQEEFF LRKMTLEDCV AACASMGAYG IESLAEQMMP GFPNLDDAFY DGWHAMMAKY GTVSVCHDMF LDTKKFRGR LMTLDEQVES FVRDIRHASR LGCTVIRVLN FVSPELMEKV LPHAEQSNMR LGLEIHAPMH FEHPWVLRHI E FMDRLGSP LLGFIPDMGI FTKHFPPVMA ERLIRQGATP HIIEYIREQY DRRVLAEYVV GDVRNMGGNP VDIRAAEMLR HN NWSNPRR LLEHMDRIFH VHAKFYEMDE QDRETSLGYE EVIPVLKEGG YSGYLASEYE GNRHIQDAFE VDSVEQVRRH QRM LARLIG EREVAHVAEN LYFQSHHHHH H

UniProtKB: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

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分子 #2: DUF6379 domain-containing protein

分子名称: DUF6379 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Deinococcus aerius (バクテリア) / 株: TR0125
分子量理論値: 13.755647 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列:
MFDKYIVVED SLKRVPGGVQ FGVRLPYYRG LGLSMVETMD VTVDGERVPE ENLTVTLGDR TVPFARRDDE TDTIWNFGEI ATVTARLPH ELGPGEHQVG VNFGLRISYF PVPMVGQDAK TLKL

UniProtKB: DUF6379 domain-containing protein

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分子 #3: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
詳細Data collected at the Karolinska Institutet 3D-EM facility
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2153 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 335185
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 101068
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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