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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the Helicobacter pylori CagYdAP OMC | ||||||||||||
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![]() | T4SS / protein translocation / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
![]() | Roberts JR | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Subdomains of the Cag T4SS outer membrane core complex exhibit structural independence. 著者: Jacquelyn R Roberts / Sirena C Tran / Arwen E Frick-Cheng / Kaeli N Bryant / Chiamaka D Okoye / W Hayes McDonald / Timothy L Cover / Melanie D Ohi / ![]() 要旨: The Cag type IV secretion system (Cag T4SS) has an important role in the pathogenesis of gastric cancer. The Cag T4SS outer membrane core complex (OMCC) is organized into three regions: a 14-fold ...The Cag type IV secretion system (Cag T4SS) has an important role in the pathogenesis of gastric cancer. The Cag T4SS outer membrane core complex (OMCC) is organized into three regions: a 14-fold symmetric outer membrane cap (OMC) composed of CagY, CagX, CagT, CagM, and Cag3; a 17-fold symmetric periplasmic ring (PR) composed of CagY and CagX; and a stalk with unknown composition. We investigated how CagT, CagM, and a conserved antenna projection (AP) region of CagY contribute to the structural organization of the OMCC. Single-particle cryo-EM analyses showed that complexes purified from Δ or Δ mutants no longer had organized OMCs, but the PRs remained structured. OMCCs purified from a CagY antenna projection mutant (CagYAP) were structurally similar to WT OMCCs, except for the absence of the α-helical antenna projection. These results indicate that CagY and CagX are sufficient for maintaining a stable PR, but the organization of the OMC requires CagY, CagX, CagM, and CagT. Our results highlight an unexpected structural independence of two major subdomains of the Cag T4SS OMCC. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 979.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 21.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 191.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 962.8 MB 962.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42290_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42290_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Helicobacter pylori CagYdAP OMC
全体 | 名称: Helicobacter pylori CagYdAP OMC |
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要素 |
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-超分子 #1: Helicobacter pylori CagYdAP OMC
超分子 | 名称: Helicobacter pylori CagYdAP OMC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Type IV secretion system apparatus protein Cag3
分子 | 名称: Type IV secretion system apparatus protein Cag3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFRKLATAVS LIGLLTSNTL YAKEISEADK VIKATKETKE TKKEAKRLKK EAKQRQQIPD HKKPQYVSV DDTKTQALFD IYDTLNVNDK SFGDWFGNSA LKDKTYLYAM DLLDYNNYLS I ENPIIKTR AMGTYADLII ITGSLEQVNG YYNILKALNK RNAKFVLKIN ...文字列: MFRKLATAVS LIGLLTSNTL YAKEISEADK VIKATKETKE TKKEAKRLKK EAKQRQQIPD HKKPQYVSV DDTKTQALFD IYDTLNVNDK SFGDWFGNSA LKDKTYLYAM DLLDYNNYLS I ENPIIKTR AMGTYADLII ITGSLEQVNG YYNILKALNK RNAKFVLKIN ENMPYAQATF LR VPKRSDP NAHTLDKGAS IDENKLFEQQ KKMYFNYAND VICRPDDEVC SPLRDEMVAM PTS DSVTQK PNIIAPYSLY RLKETNNANE AQPSPYATQT APENSKEKLI EELIANSQLV ANEE EREKK LLAEKEKQEA ELAKYKLKDL ENQKKLKALE AELKKKNAKK PRVVEVPVSP QTSNS DETM RVVKEKENYN GLLVDKETTI KRSYEGTLIS ENSYSKKTPL NPNDLRSLEE EIKSYY IKS NGLCYTNGIN LYVKIKNDPY KEGMLCGYES VQNLLSPLKD KLKYDKQKLQ KALLKDS K |
-分子 #2: Type IV secretion system apparatus protein CagM
分子 | 名称: Type IV secretion system apparatus protein CagM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MLAKIVFSSL VAFGVLSAN V EQFGSFFN EI KKEQEEV AAK EDALKA RKKL LNNTH DFLED LIFR KQKIKE LMD HRAKVLS DL ENKYKKEK E ALEKETRGK ILTAKSKAYG DLEQALKDN P LYRKLLPN PY AYVLNQE TFT KEDRER LSYY YPQVK ...文字列: MLAKIVFSSL VAFGVLSAN V EQFGSFFN EI KKEQEEV AAK EDALKA RKKL LNNTH DFLED LIFR KQKIKE LMD HRAKVLS DL ENKYKKEK E ALEKETRGK ILTAKSKAYG DLEQALKDN P LYRKLLPN PY AYVLNQE TFT KEDRER LSYY YPQVK TSSIF KKTT ATTKDK AQA LLQMGVF SL DEEQNKKA S RLALSYKQA IEEYSNNVSN LLSRKELDN I DYYLQLER NK FDSKAKD IAQ KATNTL IFNS ERLAF SMAID KINE KYLRGY EAF SNLLKNV KD DVELNTLT K NFTNQKLSF AQKQKLCLLV LDSFNFDTQ S KKSILKKT NE YNIFVDS DPM MSDKTT MQKE HYKIF NFFKT VVSA YRNNVA KNN PFE |
-分子 #3: Type IV secretion system apparatus protein CagT
分子 | 名称: Type IV secretion system apparatus protein CagT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MLAKIVFSSL VAFGVLSAN V EQFGSFFN EI KKEQEEV AAK EDALKA RKKL LNNTH DFLED LIFR KQKIKE LMD HRAKVLS DL ENKYKKEK E ALEKETRGK ILTAKSKAYG DLEQALKDN P LYRKLLPN PY AYVLNQE TFT KEDRER LSYY YPQVK ...文字列: MLAKIVFSSL VAFGVLSAN V EQFGSFFN EI KKEQEEV AAK EDALKA RKKL LNNTH DFLED LIFR KQKIKE LMD HRAKVLS DL ENKYKKEK E ALEKETRGK ILTAKSKAYG DLEQALKDN P LYRKLLPN PY AYVLNQE TFT KEDRER LSYY YPQVK TSSIF KKTT ATTKDK AQA LLQMGVF SL DEEQNKKA S RLALSYKQA IEEYSNNVSN LLSRKELDN I DYYLQLER NK FDSKAKD IAQ KATNTL IFNS ERLAF SMAID KINE KYLRGY EAF SNLLKNV KD DVELNTLT K NFTNQKLSF AQKQKLCLLV LDSFNFDTQ S KKSILKKT NE YNIFVDS DPM MSDKTT MQKE HYKIF NFFKT VVSA YRNNVA KNN PFE |
-分子 #4: Type IV secretion system apparatus protein CagX
分子 | 名称: Type IV secretion system apparatus protein CagX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKLRASVLIG ATILCLILSA CSNYAKKVVK QKNHVYTPVY NELIEKYSEI PLNDKLKDTP FMVQVKLPN YKDYLLDNKQ VVLTFKLVHH SKKITLIGDA NKILQYKNYF QANGARSDID F YLQPTLNQ KGVVMIASNY NDNPNSKEKP QTFDVLQGSQ PMLGANTKNL ...文字列: MKLRASVLIG ATILCLILSA CSNYAKKVVK QKNHVYTPVY NELIEKYSEI PLNDKLKDTP FMVQVKLPN YKDYLLDNKQ VVLTFKLVHH SKKITLIGDA NKILQYKNYF QANGARSDID F YLQPTLNQ KGVVMIASNY NDNPNSKEKP QTFDVLQGSQ PMLGANTKNL HGYDVSGANN KQ VINEVAR EKAQLEKINQ YYKTLLQDKE QEYTTRKNNQ REILETLSNR AGYQMRQNVI SSE IFKNGN LNMQAKEEEV REKLQEEREN EYLRNQIRSL LSGK |
-分子 #5: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
分子 | 名称: Cag pathogenicity island protein (Cag7) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGQAFFKKIV GCFCLGYLFL SSAIEAAALD IKNFNRGRVK VVNKKIAYLG DEKPITIWTS LDNVTVIQL EKDETISYIT TGFNKGWSIV PNSNHIFIQP KSVKSNLMFE KEAVNFALMT R DYQEFLKT KKLIVDAPDP KELEEQKKAL EKEKEAKEQA QKAQKDKREK ...文字列: MGQAFFKKIV GCFCLGYLFL SSAIEAAALD IKNFNRGRVK VVNKKIAYLG DEKPITIWTS LDNVTVIQL EKDETISYIT TGFNKGWSIV PNSNHIFIQP KSVKSNLMFE KEAVNFALMT R DYQEFLKT KKLIVDAPDP KELEEQKKAL EKEKEAKEQA QKAQKDKREK RKEERAKNRA NL ENLTNAM SNPQNLSNNK NLSEFIKQQR ENELDQMERL EDMQEQAQAN ALKQIEELNK KQA EETIKQ RAKDKINIKT DKPQKSPEDN SIELSPSDSA WRTNLVVRTN KALYQFILRI AQKD NFASA YLTVKLEYPQ RHEVSSVIEE ELKKREEAKR QKELIKQENL NTTAYINRVM MASNE QIIN KEKIREEKQK IILDQAKALE TQYVHNALKR NPVPRNYNYY QAPEKRSKHI MPSEIF DDG TFTYFGFKNI TLQPAIFVVQ PDGKLSMTDA AIDPNMTNSG LRWYRVNEIA EKFKLIK DK ALVTVINKGY GKNPLTKNYN IKNYGELERV IKKLPLVRDK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |