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- EMDB-42207: Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi lipopo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42207
タイトルAcinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi lipopolysaccharide and a macrocyclic peptide
マップデータAcinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS and a macrocyclic peptide.
試料
  • 複合体: Inner membrane lipopolysaccharide transporter composed of LptF, LptG, and two molecules of LptB in complex with lipopolysaccharide and a macrocyclic peptide
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
    • タンパク質・ペプチド: LPS export ABC transporter permease LptG
  • リガンド: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-3-acetamido-6-carboxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(3~{S})-3-dodecanoyloxydodecanoyl]oxy-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-heptanoyloxynonanoyl]amino]-3-oxidanyl-4-[(3~{R})-3-oxidanyloctanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-[[(3~{S})-3-[(3~{R})-3-oxidanyldodecanoyl]oxydecanoyl]amino]-3-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
  • リガンド: (7S,10S,13S,17P)-10-(4-aminobutyl)-7-(3-aminopropyl)-17-(6-aminopyridin-3-yl)-20-chloro-13-[(1H-indol-3-yl)methyl]-12-methyl-6,7,9,10,12,13,15,16-octahydropyrido[2,3-b][1,5,8,11,14]benzothiatetraazacycloheptadecine-8,11,14(5H)-trione
キーワードlipopolysaccharide / ABC / ATPase / antibiotic / macrocyclic peptide / gram-negative bacteria / ESKAPE / Lipid transport
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB / Permease / Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pahil KS / Gilman MSA / Baidin V / Kruse AC / Kahne D
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI149778 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081059 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI153358 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158028 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Hanna Gray Fellowship 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: A new antibiotic traps lipopolysaccharide in its intermembrane transporter.
著者: Karanbir S Pahil / Morgan S A Gilman / Vadim Baidin / Thomas Clairfeuille / Patrizio Mattei / Christoph Bieniossek / Fabian Dey / Dieter Muri / Remo Baettig / Michael Lobritz / Kenneth ...著者: Karanbir S Pahil / Morgan S A Gilman / Vadim Baidin / Thomas Clairfeuille / Patrizio Mattei / Christoph Bieniossek / Fabian Dey / Dieter Muri / Remo Baettig / Michael Lobritz / Kenneth Bradley / Andrew C Kruse / Daniel Kahne /
要旨: Gram-negative bacteria are extraordinarily difficult to kill because their cytoplasmic membrane is surrounded by an outer membrane that blocks the entry of most antibiotics. The impenetrable nature ...Gram-negative bacteria are extraordinarily difficult to kill because their cytoplasmic membrane is surrounded by an outer membrane that blocks the entry of most antibiotics. The impenetrable nature of the outer membrane is due to the presence of a large, amphipathic glycolipid called lipopolysaccharide (LPS) in its outer leaflet. Assembly of the outer membrane requires transport of LPS across a protein bridge that spans from the cytoplasmic membrane to the cell surface. Maintaining outer membrane integrity is essential for bacterial cell viability, and its disruption can increase susceptibility to other antibiotics. Thus, inhibitors of the seven lipopolysaccharide transport (Lpt) proteins that form this transenvelope transporter have long been sought. A new class of antibiotics that targets the LPS transport machine in Acinetobacter was recently identified. Here, using structural, biochemical and genetic approaches, we show that these antibiotics trap a substrate-bound conformation of the LPS transporter that stalls this machine. The inhibitors accomplish this by recognizing a composite binding site made up of both the Lpt transporter and its LPS substrate. Collectively, our findings identify an unusual mechanism of lipid transport inhibition, reveal a druggable conformation of the Lpt transporter and provide the foundation for extending this class of antibiotics to other Gram-negative pathogens.
履歴
登録2023年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月3日-
マップ公開2024年1月3日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_42207.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42207.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS and a macrocyclic peptide.
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最小 - 最大-2.7695599 - 4.457256
平均 (標準偏差)0.0036356798 (±0.12349392)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 231.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS...

ファイルemd_42207_additional_1.map
注釈Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS and a macrocyclic peptide. Local refinement with a mask excluding the detergent micelle.
投影像・断面図
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追加マップ: Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS...

ファイルemd_42207_additional_2.map
注釈Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS and a macrocyclic peptide. Non-uniform refinement post 3D classification showing variation in macrocyclic peptide conformation.
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追加マップ: Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS...

ファイルemd_42207_additional_3.map
注釈Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS and a macrocyclic peptide. Non-uniform refinement post 3D classification showing variation in macrocyclic peptide conformation.
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ハーフマップ: Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS...

ファイルemd_42207_half_map_1.map
注釈Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS and a macrocyclic peptide. Half map A.
投影像・断面図
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ハーフマップ: Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS...

ファイルemd_42207_half_map_2.map
注釈Acinetobacter baylyi LptB2FG bound to Acinetobacter baylyi LPS and a macrocyclic peptide. Half map B.
投影像・断面図
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試料の構成要素

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全体 : Inner membrane lipopolysaccharide transporter composed of LptF, L...

全体名称: Inner membrane lipopolysaccharide transporter composed of LptF, LptG, and two molecules of LptB in complex with lipopolysaccharide and a macrocyclic peptide
要素
  • 複合体: Inner membrane lipopolysaccharide transporter composed of LptF, LptG, and two molecules of LptB in complex with lipopolysaccharide and a macrocyclic peptide
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
    • タンパク質・ペプチド: LPS export ABC transporter permease LptG
  • リガンド: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-3-acetamido-6-carboxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(3~{S})-3-dodecanoyloxydodecanoyl]oxy-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-heptanoyloxynonanoyl]amino]-3-oxidanyl-4-[(3~{R})-3-oxidanyloctanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-[[(3~{S})-3-[(3~{R})-3-oxidanyldodecanoyl]oxydecanoyl]amino]-3-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
  • リガンド: (7S,10S,13S,17P)-10-(4-aminobutyl)-7-(3-aminopropyl)-17-(6-aminopyridin-3-yl)-20-chloro-13-[(1H-indol-3-yl)methyl]-12-methyl-6,7,9,10,12,13,15,16-octahydropyrido[2,3-b][1,5,8,11,14]benzothiatetraazacycloheptadecine-8,11,14(5H)-trione

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超分子 #1: Inner membrane lipopolysaccharide transporter composed of LptF, L...

超分子名称: Inner membrane lipopolysaccharide transporter composed of LptF, LptG, and two molecules of LptB in complex with lipopolysaccharide and a macrocyclic peptide
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア)
分子量理論値: 139.483 KDa

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分子 #1: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

分子名称: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア)
分子量理論値: 29.032344 KDa
組換発現生物種: Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア)
配列文字列: MHHHHHHHME QIAQQQPQTL CIKHLAKNYS KRWVVKDVSF EMQSGQIVGL LGPNGAGKTT SFYMVVGLVR MDKGEIHLDN LDLSDLAMH ERARKGIGYL PQEASIFRKL TIAENIMAIL ETRKDLNKQQ RQQRLQELLN DFKITHIKDS LGMSVSGGER R RAEIARAL ...文字列:
MHHHHHHHME QIAQQQPQTL CIKHLAKNYS KRWVVKDVSF EMQSGQIVGL LGPNGAGKTT SFYMVVGLVR MDKGEIHLDN LDLSDLAMH ERARKGIGYL PQEASIFRKL TIAENIMAIL ETRKDLNKQQ RQQRLQELLN DFKITHIKDS LGMSVSGGER R RAEIARAL AADPKFMLLD EPFAGVDPIS VGDIKDIIRN LKDRGIGVLI TDHNVRETLA ICEHAYIVSE GAVIAEGSPQ DI LENEQVR KVYLGDDFTV

UniProtKB: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

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分子 #2: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF

分子名称: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア)
分子量理論値: 41.564273 KDa
組換発現生物種: Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア)
配列文字列: MIIRRYLVKQ VVSTSLVVIA LLTLIMMGGR LIKYFGVAAQ GRLDAGVLFS IIGYRMPEFL TLILPLGFFI GLMLVFGRLY VDHEMAVLN GSGISRIRLG QLLIPLALVF LVIQGILMLW MTPWGLRQFD QLSSSQAVRT GFDLVRPKEF ISSGPYTIYA G DLSEDRKN ...文字列:
MIIRRYLVKQ VVSTSLVVIA LLTLIMMGGR LIKYFGVAAQ GRLDAGVLFS IIGYRMPEFL TLILPLGFFI GLMLVFGRLY VDHEMAVLN GSGISRIRLG QLLIPLALVF LVIQGILMLW MTPWGLRQFD QLSSSQAVRT GFDLVRPKEF ISSGPYTIYA G DLSEDRKN LKDIFFYQRA QKEGKPDVMI LAKEATRVVM ENETANVVDL IQGRRYEIYP GKAKYSQAEF QRYRLRLEND KS ATFETDK VEALPSSKLW NKWNDPVIAS EMGWRVFGPF TIVIALMMAV ALCEVSPRQG RYYRLIPAIF IFASLIVLLI AIR TRISRD ELGVWAYPAA LAVYGIAAAL FSRKQKLAPK IKKQIKRVRA

UniProtKB: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF

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分子 #3: LPS export ABC transporter permease LptG

分子名称: LPS export ABC transporter permease LptG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア)
分子量理論値: 40.080621 KDa
組換発現生物種: Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア)
配列文字列: MLARRIVAKH VTKTTALAML GTTIVLVILQ VLFTYLGELS NLKADYSAWQ AFLYVLWGAP RYLYEILPIS ALIGAILGLG TLASNSELI VMRSVGISLW RIVGWVIRSA LVLVLLSFAL SEWVVPYTNE RANSVKSHQS VAALGEVRGY WSREGQRFIY V DYANSQGQ ...文字列:
MLARRIVAKH VTKTTALAML GTTIVLVILQ VLFTYLGELS NLKADYSAWQ AFLYVLWGAP RYLYEILPIS ALIGAILGLG TLASNSELI VMRSVGISLW RIVGWVIRSA LVLVLLSFAL SEWVVPYTNE RANSVKSHQS VAALGEVRGY WSREGQRFIY V DYANSQGQ LKRIQVVDFD DNYRLKSVTN AEQGQFVKDG QWLLNHSQQM AIQGQGDAVL ANAAKQPFSL ALQPKYVHMV TI DPEDLSF SQLVSFMNYM REYSQVPKTY QLAFWKKVAS PFALITLVLV ACSFIFGPLR QQSMGFRLVI ALFIGLGFYY LQD FLGYAS LVYNPSPAWF VLGPIVLMFV AGSYLLYRAR

UniProtKB: Permease

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分子 #4: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[(2~{S},...

分子名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-3-acetamido-6-carboxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2- ...名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-3-acetamido-6-carboxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(3~{S})-3-dodecanoyloxydodecanoyl]oxy-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-heptanoyloxynonanoyl]amino]-3-oxidanyl-4-[(3~{R})-3-oxidanyloctanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-[[(3~{S})-3-[(3~{R})-3-oxidanyldodecanoyl]oxydecanoyl]amino]-3-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: WJW
分子量理論値: 2.537735 KDa
Chemical component information

ChemComp-WJW:
(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-3-acetamido-6-carboxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(3~{S})-3-dodecanoyloxydodecanoyl]oxy-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-heptanoyloxynonanoyl]amino]-3-oxidanyl-4-[(3~{R})-3-oxidanyloctanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-[[(3~{S})-3-[(3~{R})-3-oxidanyldodecanoyl]oxydecanoyl]amino]-3-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid

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分子 #5: (7S,10S,13S,17P)-10-(4-aminobutyl)-7-(3-aminopropyl)-17-(6-aminop...

分子名称: (7S,10S,13S,17P)-10-(4-aminobutyl)-7-(3-aminopropyl)-17-(6-aminopyridin-3-yl)-20-chloro-13-[(1H-indol-3-yl)methyl]-12-methyl-6,7,9,10,12,13,15,16-octahydropyrido[2,3-b][1,5,8,11,14] ...名称: (7S,10S,13S,17P)-10-(4-aminobutyl)-7-(3-aminopropyl)-17-(6-aminopyridin-3-yl)-20-chloro-13-[(1H-indol-3-yl)methyl]-12-methyl-6,7,9,10,12,13,15,16-octahydropyrido[2,3-b][1,5,8,11,14]benzothiatetraazacycloheptadecine-8,11,14(5H)-trione
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: Y75
分子量理論値: 797.411 Da
Chemical component information

ChemComp-Y75:
(7S,10S,13S,17P)-10-(4-aminobutyl)-7-(3-aminopropyl)-17-(6-aminopyridin-3-yl)-20-chloro-13-[(1H-indol-3-yl)methyl]-12-methyl-6,7,9,10,12,13,15,16-octahydropyrido[2,3-b][1,5,8,11,14]benzothiatetraazacycloheptadecine-8,11,14(5H)-trione

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClSodium chloride
20.0 mMNH2C(CH2OH)3Tris pH 7.4
0.02 %C56H92O25glyco-diosgenin

詳細: 300 mM NaCl, 20 mM Tris [pH 7.4], 0.02% GDN, 0.25 mM tris(hydroxypropyl)phosphine, 8 mM imidazole
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse as determined by SEC.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 57.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1900000
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio model generated based on the data using cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 503695
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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