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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Sec7 autoinhibited conformation | |||||||||
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![]() | GEF / Exchange Factor / Golgi / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein transport / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Brownfield BA / Fromme JC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Sec7 regulatory domains scaffold autoinhibited and active conformations. 著者: Bryce A Brownfield / Brian C Richardson / Steve L Halaby / J Christopher Fromme / ![]() 要旨: The late stages of Golgi maturation involve a series of sequential trafficking events in which cargo-laden vesicles are produced and targeted to multiple distinct subcellular destinations. Each of ...The late stages of Golgi maturation involve a series of sequential trafficking events in which cargo-laden vesicles are produced and targeted to multiple distinct subcellular destinations. Each of these vesicle biogenesis events requires activation of an Arf GTPase by the Sec7/BIG guanine nucleotide exchange factor (GEF). Sec7 localization and activity is regulated by autoinhibition, positive feedback, and interaction with other GTPases. Although these mechanisms have been characterized biochemically, we lack a clear picture of how GEF localization and activity is modulated by these signals. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of full-length Sec7 in its autoinhibited form, revealing the architecture of its multiple regulatory domains. We use functional experiments to determine the basis for autoinhibition and use structural predictions to produce a model for an active conformation of the GEF that is supported empirically. This study therefore elucidates the conformational transition that Sec7 undergoes to become active on the organelle membrane surface. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() ![]() ![]() ![]() | 715.7 KB 715.3 KB 7.7 KB 16.9 KB | 表示 表示 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 26.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 1.2 MB 1.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 327.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 327.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 90.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 234.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ucqMC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.7415 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #2
ファイル | emd_42135_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_42135_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Sec7 homodimer
全体 | 名称: Sec7 homodimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Sec7 homodimer
超分子 | 名称: Sec7 homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 392.14 KDa |
-分子 #1: SEC7 domain-containing protein
分子 | 名称: SEC7 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 215.563719 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MEQKLISEED LNSAVDHHHH HHRIPGLINS SLKFVVSSLD IIAAQAGRNK QLAELAEKAL AAIKENDQQL PDPEVVFAPL QLATKSGTI PLTTTALDCI GKLISYSYFS APSSSATQDG TEQTPLIERA IDTICDCFQG ETTLVEIQLQ IVKSLLAAVL N DKIIVHGA ...文字列: MEQKLISEED LNSAVDHHHH HHRIPGLINS SLKFVVSSLD IIAAQAGRNK QLAELAEKAL AAIKENDQQL PDPEVVFAPL QLATKSGTI PLTTTALDCI GKLISYSYFS APSSSATQDG TEQTPLIERA IDTICDCFQG ETTLVEIQLQ IVKSLLAAVL N DKIIVHGA GLLKAVRQVY NIFLLSRSTA NQQVAQGTLT QMVGTVFERV KTRLHMKEAR ANLGRLKASR SSLAVDRSDD QD SQAGKVD GEDATVETVS DATPSESVDK AGGGKLTLKD LEHRKSFDDS HMGDGPTMVS QVKPMKKASR SVSEQSLQES PQD ETPESL DAEDEAYIRD AYLVFRSFCN LSTKILPPDQ LYDLRGQPMR SKLISLHLIH TLLNNHITVF TSPLCTIRNT KNNE PTNFL QAIKYYLCLS ITRNGASSVD RVFDICCEIF WLMLKYMRSS FKNEIEVFLN EIYLALLARR NAPLSQKLTF VGILK RLCE DPRALVELYL NYDCNQNVDN IFQTIVEDLS RFATASVPIT PTQEQQYEES RSKSATAGEW QIKSVLPPPL SVALIA TNH EADTELPKEY VMKRTALDSL VETLRSLVHW SQPGRPELNG ASGDVQRRTS SDDLGDSIDP SMSETASRME VPIAPAT PV IDDDPDQLEK EKARKTAMTN AIKVFNFKPK HGIKLLIKEG FIPSDKPEDI ARFLLREERL DKAQIGEYLG EGDQKNVD I MHAFVDMMDF SKKRFVDALR EFLQAFRLPG EAQKIDRFML KFAHRYVTGN PNAFANADTP YVLAYSVIML NTDLHSSKV VKRMSKAEFI KNNRGINDNA DLPDEYLIGI YDDIASNEIV LKSEREAAAA AGTLPAQSTG LAGLGQAFSN VGRDLQREAY VQQSEEISL RSEQLFRDLY RSQRKSATKG GVKFISATSF KHVGPMFDAT WMSFFSTLSS LVQKTHNLDV NKLCLEGMKL A TKIACLFD LSTPREAFIS MLKNTANLNN PREMQAKNVE ALKVLLDLAQ TEGNYLKESW KDVLLCISQL DRLQLISGGV DE SAVPDVS RARFVPPPRT ETGESRKSTS SARRTRPRAH TGPQGVSLEI ALESRSDEVI KSVDRIFTNT ANLSRDAIIH FAR ALTEVS WDEIKVSGSN DSPRTYSLQK IVEISYYNMT RVRFEWSHIW DVLGEHFNRV GCHANTAIVF FALDSLRQLS MRFM EIEEL AGFKFQKDFL KPFEHVMSNS SNVTVKDMVL RCLIQMIQAR GENIRSGWRT MFGVFTVAAR EPYESIVNLA YENVT QVYK TRFGVVISQG AFTDLIVCLT EFSKNMRFQK KSLQAMETLK SVIPTMLKTP ECPLSQHKPT ATTASGSESH SKKAAV QQT RTSVEEGFWF PVLFAFHDVL MTGEDLEVRS NALNYFFETL LRYGGDFPPE FWDILWRQQL YPIFMVLRSR PEMTNAL NH EELSVWLSTT MIQALRNMIT LFTHYFDALE YMLDRFLELL ALCICQENDT IARIGSNCLQ QLILQNVTKF TAEHWAKI V GAFCELFERT TAYQLFSATT INSTASLSPP PSGLELGGPL SPTSATAPVD GKSLKINGVE TNGQTPGAEP ANGDADGNG TAAAAADASA PAATPQPQQG PAQQLEEFKP NNPLQQQPVV VTAARRRFFN RIISRCVLQL LMIETVNELF SNDAVYAQIP SAELLRLMA LLKKSFLFAK RFNADKDLRM RLWREGFMKQ PPNLLKQESG SAATYVAILF RMFGDTAPDR RGSRADVEAA L VPLCRDII RGYTALDDES QHRNIVAWRP VVVDVLEGYA AFPRDAFAAH IRSFYPLVVE LLGKDLGQDL RAALLLVLRR VG EVGLGIE GMGSGGAAAA AAAGAAAASS GQGNGNGAAA AAADSERRSS VLSVPSGPRH TPSMDSLNDD PSRQVMGKAE QKL ISEEDL NSAVDHHHHH H UniProtKB: A7bd1859-5d22-4ce8-aff3-d8d273e6acf0 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 8.0 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4474 / 平均露光時間: 3.092 sec. / 平均電子線量: 55.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 63000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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詳細 | Phenix Real Space Refinement |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-8ucq: |