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万見
- EMDB-42113: Tomograms of the apical end of Toxoplasma Gondii with Rhoptry Dis... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42113
タイトルTomograms of the apical end of Toxoplasma Gondii with Rhoptry Discharge Factor 3 (RDF3) conditionally knocked down
マップデータToxoplasma gondii with Rhoptry Discharge Factor 3 (RDF3) conditionally knocked down
試料
  • 細胞: Toxoplasma Gondii tachyzoite apical complex with Rhoptry Discharge Factor 3 (RDF3) conditionally knocked down
キーワードRhoptry / Parasite / Conoid / CELL INVASION
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Martinez M / Ben Chaabene R / Chang Y-W / Soldati-Favre D
資金援助 米国, スイス, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
David and Lucile Packard Foundation 米国
Swiss National Science Foundation310030_185325 スイス
European Research Council (ERC)695596European Union
Burroughs Wellcome Fund1022785 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2024
タイトル: Toxoplasma gondii rhoptry discharge factor 3 is essential for invasion and microtubule-associated vesicle biogenesis.
著者: Rouaa Ben Chaabene / Matthew Martinez / Alessandro Bonavoglia / Bohumil Maco / Yi-Wei Chang / Gaëlle Lentini / Dominique Soldati-Favre /
要旨: Rhoptries are specialized secretory organelles conserved across the Apicomplexa phylum, essential for host cell invasion and critical for subverting of host cellular and immune functions. They ...Rhoptries are specialized secretory organelles conserved across the Apicomplexa phylum, essential for host cell invasion and critical for subverting of host cellular and immune functions. They contain proteins and membranous materials injected directly into the host cells, participating in parasitophorous vacuole formation. Toxoplasma gondii tachyzoites harbor 8 to 12 rhoptries, 2 of which are docked to an apical vesicle (AV), a central element associated with a rhoptry secretory apparatus prior to injection into the host cell. This parasite is also equipped with 5 to 6 microtubule-associated vesicles, presumably serving as AV replenishment for iterative rhoptry discharge. Here, we characterized a rhoptry protein, rhoptry discharge factor 3 (RDF3), crucial for rhoptry discharge and invasion. RDF3 enters the secretory pathway, localizing near the AV and associated with the rhoptry bulb. Upon invasion, RDF3 dynamically delocalizes, suggesting a critical role at the time of rhoptry discharge. Cryo-electron tomography analysis of RDF3-depleted parasites reveals irregularity in microtubule-associated vesicles morphology, presumably impacting on their preparedness to function as an AV. Our findings suggest that RDF3 is priming the microtubule-associated vesicles for rhoptry discharge by a mechanism distinct from the rhoptry secretory apparatus contribution.
履歴
登録2023年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42113.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Toxoplasma gondii with Rhoptry Discharge Factor 3 (RDF3) conditionally knocked down
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.6 Å/pix.
x 800 pix.
= 8480. Å		10.6 Å/pix.
x 1440 pix.
= 15264.001 Å		10.6 Å/pix.
x 1023 pix.
= 10843.801 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-1858.0 - 707.0
平均 (標準偏差)63.974789999999999 (±55.649006)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-209209-401
サイズ14401023800
Spacing10231440800
セルA: 10843.801 Å / B: 15264.001 Å / C: 8480.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Toxoplasma gondii with Rhoptry Discharge Factor 3 (RDF3)...

ファイルemd_42113_additional_1.map
注釈Toxoplasma gondii with Rhoptry Discharge Factor 3 (RDF3) conditionally knocked down
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Toxoplasma Gondii tachyzoite apical complex with Rhoptry Discharg...

全体名称: Toxoplasma Gondii tachyzoite apical complex with Rhoptry Discharge Factor 3 (RDF3) conditionally knocked down
要素
  • 細胞: Toxoplasma Gondii tachyzoite apical complex with Rhoptry Discharge Factor 3 (RDF3) conditionally knocked down

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超分子 #1: Toxoplasma Gondii tachyzoite apical complex with Rhoptry Discharg...

超分子名称: Toxoplasma Gondii tachyzoite apical complex with Rhoptry Discharge Factor 3 (RDF3) conditionally knocked down
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: DMEM supplemented with 5% fetal bovine serum and 2 mM glutamine
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Front blot for 4 seconds before plunging.
詳細Egressed tachyzoites from a culture of confluent HFF cells. RDF3 knockdown induced by treatment with 50 nM rapamycin for 48 hours prior to egress.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Ted Pella, Inc / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
ソフトウェア名称: SerialEM (ver. 3.8)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Raw frames were gain normalized in serialEM and motion corrected using the alignframes command in IMOD
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.5) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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