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万見
- EMDB-42092: Cryo-EM structure of Ascl1/E12a in complex with NRCAM nucleosome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42092
タイトルCryo-EM structure of Ascl1/E12a in complex with NRCAM nucleosome (Local Map 1)
マップデータ
試料
  • 複合体: 162bp NRCAM nucleosome in complex with Ascl1/E12a
    • タンパク質・ペプチド: Ascl1
    • タンパク質・ペプチド: E12a
キーワードnucleosome / pioneer transcription factors / DNA binding proteins / transcription / NUCLEAR PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhou BR / Bai Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of NRCAM nucleosome aided by scFv
著者: Zhou BR / Bai Y
履歴
登録2023年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42092.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-8.381505000000001 - 9.4825
平均 (標準偏差)0.0027524685 (±0.065724365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42092_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42092_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 162bp NRCAM nucleosome in complex with Ascl1/E12a

全体名称: 162bp NRCAM nucleosome in complex with Ascl1/E12a
要素
  • 複合体: 162bp NRCAM nucleosome in complex with Ascl1/E12a
    • タンパク質・ペプチド: Ascl1
    • タンパク質・ペプチド: E12a

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超分子 #1: 162bp NRCAM nucleosome in complex with Ascl1/E12a

超分子名称: 162bp NRCAM nucleosome in complex with Ascl1/E12a / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ascl1

分子名称: Ascl1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESSGKMESG AGQQPQPPQP FLPPAACFFA TAAAAAAAAA AAAQSAQQQQ PQAPPQQAPQ LSPVADSQP SGGGHKSAAK QVKRQRSSSP ELMRCKRRLN FSGFGYSLPQ QQPAAVARRN E RERNRVKL VNLGFATLRE HVPNGAANKK MSKVETLRSA VEYIRALQQL ...文字列:
MESSGKMESG AGQQPQPPQP FLPPAACFFA TAAAAAAAAA AAAQSAQQQQ PQAPPQQAPQ LSPVADSQP SGGGHKSAAK QVKRQRSSSP ELMRCKRRLN FSGFGYSLPQ QQPAAVARRN E RERNRVKL VNLGFATLRE HVPNGAANKK MSKVETLRSA VEYIRALQQL LDEHDAVSAA FQ AGVLSPT ISPNYSNDLN SMAGSPVSSY SSDEGSYDPL SPEEQELLDF TNWF

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分子 #2: E12a

分子名称: E12a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMNQSQRMAP VGSDKELSDL LDFSMMFPLP VANGKSRPAS LGGTQFAGSG LEDRPSSGSW GSSDQNSSS FDPSRTYSEG AHFSDSHSSL PPSTFLGAGL GGKGSERNAY ATFGRDTSVG T LSQAGFLP GELSLSSPGP LSPSGIKSSS QYYPSFPSNP RRRAADGGLD ...文字列:
MMNQSQRMAP VGSDKELSDL LDFSMMFPLP VANGKSRPAS LGGTQFAGSG LEDRPSSGSW GSSDQNSSS FDPSRTYSEG AHFSDSHSSL PPSTFLGAGL GGKGSERNAY ATFGRDTSVG T LSQAGFLP GELSLSSPGP LSPSGIKSSS QYYPSFPSNP RRRAADGGLD TQPKKVRKVP PG LPSSVYP PSSGDSYSRD AAAYPSAKTP SSAYPSPFYV ADGSLHPSAE LWSTPSQVGF GPM LGDGSS PLPLAPGSSS VGSGTFGGLQ QQDRMGYQLH GSEVNGSLPA VSSFSAAPGT YSGT SGHTP PVSGAAAESL LGTRGTTASS SGDALGKALA SIYSPDHSSN NFSPSPSTPV GSPQG LPGT SQWPRAGAPS ALSPNYDAGL HGLSKMEDRL DEAIHVLRSH AVGTASDLHG LLPGHG ALT TSFTGPMSLG GRHAGLVGGS HPEEGLTSGA SLLHNHASLP SQPSSLPDLS QRPPDSY SG LGRAGTTAGA SEIKREEKED EEIASVADAE EDKKDLKVPR TRTSPDEDED DLLPPEQK A EREKERRVAN NARERLRVRD INEAFKELGR MCQLHLSSEK PQTKLLILHQ AVAVILSLE QQVRERNLNP KAACLKRREE EKVSGVVGDP QLALSAAHPG LGEAHNPAGH L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 237174
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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