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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41920 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome | |||||||||
マップデータ | main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | DNA cytosine methyltransferase / TRANSFERASE | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen X / Song J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human DNMT3A N-terminal domain bound to H2AK119Ub nucleosome 著者: Chen X / Song J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41920.map.gz | 13.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41920-v30.xml emd-41920.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41920.png | 41.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41920.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_41920_half_map_1.map.gz emd_41920_half_map_2.map.gz | 25.1 MB 25.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41920 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41920 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41920_validation.pdf.gz | 838.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41920_full_validation.pdf.gz | 838.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41920_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41920_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41920 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41920 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41920.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2347 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_41920_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_41920_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DNMT3A N-terminal domain and H2AK119Ub nucleosome complex
全体 | 名称: DNMT3A N-terminal domain and H2AK119Ub nucleosome complex |
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要素 |
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-超分子 #1: DNMT3A N-terminal domain and H2AK119Ub nucleosome complex
超分子 | 名称: DNMT3A N-terminal domain and H2AK119Ub nucleosome complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: DNMT3A N-terminal domain/ubiquitin/nucleosome DNA
超分子 | 名称: DNMT3A N-terminal domain/ubiquitin/nucleosome DNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: histone
超分子 | 名称: histone / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 86685 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |