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万見
- EMDB-41842: Prefusion structure of the PRD-0038 spike glycoprotein ectodomain... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41842
タイトルPrefusion structure of the PRD-0038 spike glycoprotein ectodomain trimer
マップデータ
試料
  • 複合体: PRD-0038 Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: PRD-0038 Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSarbecoviruses / Spike glycoprotein / fusion protein / neutralizing antibodies / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / viral protein
生物種Sarbecovirus sp. (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lee J / Park YJ / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023
タイトル: Broad receptor tropism and immunogenicity of a clade 3 sarbecovirus.
著者: Jimin Lee / Samantha K Zepeda / Young-Jun Park / Ashley L Taylor / Joel Quispe / Cameron Stewart / Elizabeth M Leaf / Catherine Treichel / Davide Corti / Neil P King / Tyler N Starr / David Veesler /
要旨: Although Rhinolophus bats harbor diverse clade 3 sarbecoviruses, the structural determinants of receptor tropism along with the antigenicity of their spike (S) glycoproteins remain uncharacterized. ...Although Rhinolophus bats harbor diverse clade 3 sarbecoviruses, the structural determinants of receptor tropism along with the antigenicity of their spike (S) glycoproteins remain uncharacterized. Here, we show that the African Rhinolophus bat clade 3 sarbecovirus PRD-0038 S has a broad angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) usage and that receptor-binding domain (RBD) mutations further expand receptor promiscuity and enable human ACE2 utilization. We determine a cryo-EM structure of the PRD-0038 RBD bound to Rhinolophus alcyone ACE2, explaining receptor tropism and highlighting differences with SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2. Characterization of PRD-0038 S using cryo-EM and monoclonal antibody reactivity reveals its distinct antigenicity relative to SARS-CoV-2 and identifies PRD-0038 cross-neutralizing antibodies for pandemic preparedness. PRD-0038 S vaccination elicits greater titers of antibodies cross-reacting with vaccine-mismatched clade 2 and clade 1a sarbecoviruses compared with SARS-CoV-2 S due to broader antigenic targeting, motivating the inclusion of clade 3 antigens in next-generation vaccines for enhanced resilience to viral evolution.
履歴
登録2023年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41842.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 512 pix.
= 512. Å		1 Å/pix.
x 512 pix.
= 512. Å		1 Å/pix.
x 512 pix.
= 512. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-4.097704 - 6.557691
平均 (標準偏差)0.0018445768 (±0.09642812)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 512.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_41842_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41842_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41842_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PRD-0038 Spike glycoprotein

全体名称: PRD-0038 Spike glycoprotein
要素
  • 複合体: PRD-0038 Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: PRD-0038 Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: PRD-0038 Spike glycoprotein

超分子名称: PRD-0038 Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sarbecovirus sp. (ウイルス)

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分子 #1: PRD-0038 Spike glycoprotein

分子名称: PRD-0038 Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sarbecovirus sp. (ウイルス)
分子量理論値: 141.350484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTQEGCGILS NKSKPALTQY SSSRRGFYYF DDTFRSSVRV LTTGYFLPFN SNLTGYSSR NAVTGRLIQF DNPNIPFKDG LYFAATERSN VIRGWIFGST LDNTTQSAVL FNNGTHIVIN VCNFYFCQDP M LTVANGSH ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTQEGCGILS NKSKPALTQY SSSRRGFYYF DDTFRSSVRV LTTGYFLPFN SNLTGYSSR NAVTGRLIQF DNPNIPFKDG LYFAATERSN VIRGWIFGST LDNTTQSAVL FNNGTHIVIN VCNFYFCQDP M LTVANGSH YKSWVFLNAT NCTYNRVHAF EIDPSLNTGA FIHLREHVFR NVDGFLYVYH NYERANVYDN FPSGFSVLKP IL KLPFGLN ITQFKVIMTL FSPTTSSFNA DASVYFVGHL KPLTMLAEFD ENGTITDAVD CSQDPLSELK CTTKSLTVEK GIY QTSNFR VSPSTEVVRF PNITNLCPFG QVFNASKFPS VYAWERLRIS DCVADYSVLY NSSSSFSTFK CYGVSPTKLN DLCF SSVYA DYFVVKGDDV RQIAPAQTGV IADYNYKLPD DFTGCVLAWN TNSVDSKQGN NFYYRLFRHG KIKPYERDIS NVLYN SAGG TCSSTSQLGC YEPLKSYGFT PTVGVGYQPY RVVVLSFELL NAPATVCGPK KSTELVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTS STK KFQPFQQFGR DVSDFTDSVR DPKTLEILDI SPCSYGGVSV ITPGTNTSKA VAVLYQDVNC TDVPTMLHVE QVSTDWR VY ALSADGNMFQ TQAGCLVGAT YENSTYECDI PIGAGICAKF GSNKLRLESI VAYTMSIGED QSIAYSNNTI AIPTNFSI S VTTEVLPVSM TKTSVDCNMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALSGIA VEQDRNTRDV FAQTKAIYKT PNIKDFGGF NFSQILPDPK KPSYRSPIED LLYNKVTLSD PGFMKQYGDC LGGINARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDDMI AAYTAALISG TATAGYTFG AGAALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKQIANQFNN AISKIQDSLT TTPAALGKLQ DVINQNAVAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQAAP HGVVFLHVTY VPSQQQNFTT APAICHNGKA YFPREGVFVM NGTHWFITQR NFYSPQVITT DNT FESGSC DVVIGIVNNT VYDPLQPELE SFKQELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VDIKKEIAHL NEIAKNLNES LIDL QELGK YEQYVKSGRE NLYFQGGGGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHHHHGGSS GLNDIFEAQK IEWHE

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 33 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 103347
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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