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- EMDB-41840: Gaussian Mixture Models based single particle refinement - GPCR (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41840
タイトルGaussian Mixture Models based single particle refinement - GPCR (Substance P bound to active human neurokinin 1 receptor in complex with miniGs399 from EMPIAR-10786)
マップデータ
試料
  • 複合体: Substance P bound to active human neurokinin 1 receptor in complex with miniGs399
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Substance-P receptor
    • タンパク質・ペプチド: Protachykinin-1
キーワードGPCR / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


substance P receptor binding / substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / insemination / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / detection of abiotic stimulus ...substance P receptor binding / substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / insemination / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / detection of abiotic stimulus / tachykinin receptor signaling pathway / operant conditioning / positive regulation of lymphocyte proliferation / sperm head / response to ozone / sperm ejaculation / positive regulation of action potential / response to auditory stimulus / regulation of smooth muscle cell proliferation / smooth muscle contraction involved in micturition / positive regulation of blood pressure / positive regulation of hormone secretion / positive regulation of vascular permeability / regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of ossification / positive regulation of leukocyte migration / eating behavior / response to pain / positive regulation of epithelial cell migration / behavioral response to pain / associative learning / PKA activation in glucagon signalling / angiotensin-mediated drinking behavior / hair follicle placode formation / developmental growth / neuropeptide signaling pathway / D1 dopamine receptor binding / sperm flagellum / intracellular transport / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / response to electrical stimulus / long-term memory / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of stress fiber assembly / sperm midpiece / cellular response to glucagon stimulus / sensory perception of pain / adenylate cyclase activator activity / regulation of insulin secretion / positive regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to nerve growth factor stimulus / trans-Golgi network membrane / response to progesterone / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to nicotine / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / bone development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein activity / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / platelet aggregation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cognition / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of smell
類似検索 - 分子機能
Tachykinin family / Tachykinin family / Tachykinin domain / Tachykinin family / Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Tachykinin/Neurokinin-like, conserved site / Tachykinin family signature. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit ...Tachykinin family / Tachykinin family / Tachykinin domain / Tachykinin family / Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Tachykinin/Neurokinin-like, conserved site / Tachykinin family signature. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protachykinin-1 / Substance-P receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R21MH125285 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024
タイトル: Improving resolution and resolvability of single-particle cryoEM structures using Gaussian mixture models.
著者: Muyuan Chen / Michael F Schmid / Wah Chiu /
要旨: Cryogenic electron microscopy is widely used in structural biology, but its resolution is often limited by the dynamics of the macromolecule. Here we developed a refinement protocol based on Gaussian ...Cryogenic electron microscopy is widely used in structural biology, but its resolution is often limited by the dynamics of the macromolecule. Here we developed a refinement protocol based on Gaussian mixture models that integrates particle orientation and conformation estimation and improves the alignment for flexible domains of protein structures. We demonstrated this protocol on multiple datasets, resulting in improved resolution and resolvability, locally and globally, by visual and quantitative measures.
履歴
登録2023年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41840.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 240 pix.
= 275.04 Å		1.15 Å/pix.
x 240 pix.
= 275.04 Å		1.15 Å/pix.
x 240 pix.
= 275.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.146 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-17.381412999999998 - 31.966373000000001
平均 (標準偏差)0.001360809 (±1.0001353)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 275.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41840_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41840_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Substance P bound to active human neurokinin 1 receptor in comple...

全体名称: Substance P bound to active human neurokinin 1 receptor in complex with miniGs399
要素
  • 複合体: Substance P bound to active human neurokinin 1 receptor in complex with miniGs399
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Substance-P receptor
    • タンパク質・ペプチド: Protachykinin-1

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超分子 #1: Substance P bound to active human neurokinin 1 receptor in comple...

超分子名称: Substance P bound to active human neurokinin 1 receptor in complex with miniGs399
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Reprocessing of EMPIAR-10786. Sample information is the same as EMD-24570, PDB-7RMH.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 141 KDa

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.907684 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NSKTEDQRNE EKAQREANKK IEKQLQKDKQ VYRATHRLLL LGADNSGKST IVKQMRILHG GSGGSGGTSG IFETKFQVDK VNFHMFDVG GQRDERRKWI QCFNDVTAII FVVDSSDYNR LQEALNLFKS IWNNRWLRTI SVILFLNKQD LLAEKVLAGK S KIEDYFPE ...文字列:
NSKTEDQRNE EKAQREANKK IEKQLQKDKQ VYRATHRLLL LGADNSGKST IVKQMRILHG GSGGSGGTSG IFETKFQVDK VNFHMFDVG GQRDERRKWI QCFNDVTAII FVVDSSDYNR LQEALNLFKS IWNNRWLRTI SVILFLNKQD LLAEKVLAGK S KIEDYFPE FARYTTPEDA TPEPGEDPRV TRAKYFIRDE FLRISTASGD GRHYCYPHFT CAVDTENARR IFNDCRDIIQ RM HLRQYEL L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.786566 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPEDQVD PRLIDGKGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR E GNVRVSRE ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPEDQVD PRLIDGKGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR E GNVRVSRE LAGHTGYLSC CRFLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KL WDVREGM CRQTFTGHES DINAICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYD DFNCNV WDALKADRAG VLAGHDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.56375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFC

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Nanobody 35

分子名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 15.398067 KDa
組換発現生物種: Lama glama (ラマ)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSG SEDQVDPRLI DGK

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分子 #5: Substance-P receptor

分子名称: Substance-P receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.542867 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDASI DMDNVLPVDS DLSPNISTNT SEPNQFVQPA WQIVLWAAAY TVIVVTSVVG NVVVMWIILA HKRMRTVTNY FLVNLAFAE ASMAAFNTVV NFTYAVHNEW YYGLFYCKFH NFFPIAAVFA SIYSMTAVAF DRYMAIIHPL QPRLSATATK V VICVIWVL ...文字列:
DYKDDDDASI DMDNVLPVDS DLSPNISTNT SEPNQFVQPA WQIVLWAAAY TVIVVTSVVG NVVVMWIILA HKRMRTVTNY FLVNLAFAE ASMAAFNTVV NFTYAVHNEW YYGLFYCKFH NFFPIAAVFA SIYSMTAVAF DRYMAIIHPL QPRLSATATK V VICVIWVL ALLLAFPQGY YSTTETMPSR VVCMIEWPEH PNKIYEKVYH ICVTVLIYFL PLLVIGYAYT VVGITLWASE IP GDSSDRY HEQVSAKRKV VKMMIVVVCT FAICWLPFHI FFLLPYINPD LYLKKFIQQV YLAIMWLAMS STMYNPIIYC CLN DRFRLG FKHAFRCCPF ISAGDYEGLE MKSTRYLQTQ GSVYKVSRLE TTISTVVGAH EEEPEDGPKA TPSSLDLTSN CSSR SDSKT MTESFSFSSN VLS

UniProtKB: Substance-P receptor

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分子 #6: Protachykinin-1

分子名称: Protachykinin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.350629 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RPKPQQFFGL M

UniProtKB: Protachykinin-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

24570

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.99) / 使用した粒子像数: 288659
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8u26:
Gaussian Mixture Models based single particle refinement - GPCR (Substance P bound to active human neurokinin 1 receptor in complex with miniGs399 from EMPIAR-10786)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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