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- EMDB-41775: SpG Cas9 with NGC PAM DNA target -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41775
タイトルSpG Cas9 with NGC PAM DNA target
マップデータ
試料
  • 複合体: SpG Cas9 with NGG PAM target
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
    • RNA: RNA (98-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*G)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードSpG-Cas9 / CRISPR / Cas9 / IMMUNE SYSTEM / R-loop / IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Bravo JPK / Hibshman GN / Taylor DW
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-1938 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138348 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Unraveling the mechanisms of PAMless DNA interrogation by SpRY-Cas9.
著者: Grace N Hibshman / Jack P K Bravo / Matthew M Hooper / Tyler L Dangerfield / Hongshan Zhang / Ilya J Finkelstein / Kenneth A Johnson / David W Taylor /
要旨: CRISPR-Cas9 is a powerful tool for genome editing, but the strict requirement for an NGG protospacer-adjacent motif (PAM) sequence immediately next to the DNA target limits the number of editable ...CRISPR-Cas9 is a powerful tool for genome editing, but the strict requirement for an NGG protospacer-adjacent motif (PAM) sequence immediately next to the DNA target limits the number of editable genes. Recently developed Cas9 variants have been engineered with relaxed PAM requirements, including SpG-Cas9 (SpG) and the nearly PAM-less SpRY-Cas9 (SpRY). However, the molecular mechanisms of how SpRY recognizes all potential PAM sequences remains unclear. Here, we combine structural and biochemical approaches to determine how SpRY interrogates DNA and recognizes target sites. Divergent PAM sequences can be accommodated through conformational flexibility within the PAM-interacting region, which facilitates tight binding to off-target DNA sequences. Nuclease activation occurs ~1000-fold slower than for Streptococcus pyogenes Cas9, enabling us to directly visualize multiple on-pathway intermediate states. Experiments with SpG position it as an intermediate enzyme between Cas9 and SpRY. Our findings shed light on the molecular mechanisms of PAMless genome editing.
履歴
登録2023年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41775.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41775.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.872 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.872 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.872 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.434
最小 - 最大-0.9451912 - 2.0036352
平均 (標準偏差)0.0015753886 (±0.04521346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.872 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41775_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41775_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SpG Cas9 with NGG PAM target

全体名称: SpG Cas9 with NGG PAM target
要素
  • 複合体: SpG Cas9 with NGG PAM target
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
    • RNA: RNA (98-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*G)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: SpG Cas9 with NGG PAM target

超分子名称: SpG Cas9 with NGG PAM target / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
分子量理論値: 211.54 KDa

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分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
分子量理論値: 160.860484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRTADGSEF ESPKKKRKVD KKYSIGLDIG TNSVGWAVIT DEYKVPSKKF KVLGNTDRHS IKKNLIGALL FDSGETAEAT RLKRTARRR YTRRKNRICY LQEIFSNEMA KVDDSFFHRL EESFLVEEDK KHERHPIFGN IVDEVAYHEK YPTIYHLRKK L VDSTDKAD ...文字列:
MKRTADGSEF ESPKKKRKVD KKYSIGLDIG TNSVGWAVIT DEYKVPSKKF KVLGNTDRHS IKKNLIGALL FDSGETAEAT RLKRTARRR YTRRKNRICY LQEIFSNEMA KVDDSFFHRL EESFLVEEDK KHERHPIFGN IVDEVAYHEK YPTIYHLRKK L VDSTDKAD LRLIYLALAH MIKFRGHFLI EGDLNPDNSD VDKLFIQLVQ TYNQLFEENP INASGVDAKA ILSARLSKSR RL ENLIAQL PGEKKNGLFG NLIALSLGLT PNFKSNFDLA EDAKLQLSKD TYDDDLDNLL AQIGDQYADL FLAAKNLSDA ILL SDILRV NTEITKAPLS ASMIKRYDEH HQDLTLLKAL VRQQLPEKYK EIFFDQSKNG YAGYIDGGAS QEEFYKFIKP ILEK MDGTE ELLVKLNRED LLRKQRTFDN GSIPHQIHLG ELHAILRRQE DFYPFLKDNR EKIEKILTFR IPYYVGPLAR GNSRF AWMT RKSEETITPW NFEEVVDKGA SAQSFIERMT NFDKNLPNEK VLPKHSLLYE YFTVYNELTK VKYVTEGMRK PAFLSG EQK KAIVDLLFKT NRKVTVKQLK EDYFKKIECF DSVEISGVED RFNASLGTYH DLLKIIKDKD FLDNEENEDI LEDIVLT LT LFEDREMIEE RLKTYAHLFD DKVMKQLKRR RYTGWGRLSR KLINGIRDKQ SGKTILDFLK SDGFANRNFM QLIHDDSL T FKEDIQKAQV SGQGDSLHEH IANLAGSPAI KKGILQTVKV VDELVKVMGR HKPENIVIEM ARENQTTQKG QKNSRERMK RIEEGIKELG SQILKEHPVE NTQLQNEKLY LYYLQNGRDM YVDQELDINR LSDYDVDHIV PQSFLKDDSI DNKVLTRSDK NRGKSDNVP SEEVVKKMKN YWRQLLNAKL ITQRKFDNLT KAERGGLSEL DKAGFIKRQL VETRQITKHV AQILDSRMNT K YDENDKLI REVKVITLKS KLVSDFRKDF QFYKVREINN YHHAHDAYLN AVVGTALIKK YPKLESEFVY GDYKVYDVRK MI AKSEQEI GKATAKYFFY SNIMNFFKTE ITLANGEIRK RPLIETNGET GEIVWDKGRD FATVRKVLSM PQVNIVKKTE VQT GGFSKE SILPKRNSDK LIARKKDWDP KKYGGFLWPT VAYSVLVVAK VEKGKSKKLK SVKELLGITI MERSSFEKNP IDFL EAKGY KEVKKDLIIK LPKYSLFELE NGRKRMLASA KQLQKGNELA LPSKYVNFLY LASHYEKLKG SPEDNEQKQL FVEQH KHYL DEIIEQISEF SKRVILADAN LDKVLSAYNK HRDKPIREQA ENIIHLFTLT NLGAPAAFKY FDTTIDRKQY RSTKEV LDA TLIHQSITGL YETRIDLSQL GG

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1

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分子 #2: RNA (98-MER)

分子名称: RNA (98-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 31.7029 KDa
配列文字列:
GACGCAUAAA GAUGAGACGC GUUUUAGAGC UAGAAAUAGC AAGUUAAAAU AAGGCUAGUC CGUUAUCAAC UUGAAAAAGU GGCACCGAG UCGGUGCUU

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分子 #3: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.905176 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT) (DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.119319 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)

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分子 #5: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.984625 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27946
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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