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- EMDB-41663: Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-Ctf18-8-1-DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41663
タイトルCryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-Ctf18-8-1-DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Ctf18-RFC-PCNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 18
    • DNA: Primer DNA
    • DNA: Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein DCC1
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードPol2 / Ctf18-8-1 / DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / Ctf18 RFC-like complex / telomere tethering at nuclear periphery / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex ...maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / Ctf18 RFC-like complex / telomere tethering at nuclear periphery / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / Dual incision in TC-NER / DNA replication initiation / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / replication fork / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mRNA binding / nucleotide binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 ...Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Chromosome transmission fidelity protein 8 / Chromosome transmission fidelity protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Yuan Z / Georgescu R / O'Donnell M / Li H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)M.E.O. 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Mechanism of PCNA loading by Ctf18-RFC for leading-strand DNA synthesis.
著者: Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Nina Y Yao / Olga Yurieva / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: The proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp encircles DNA to hold DNA polymerases (Pols) to DNA for processivity. The Ctf18-RFC PCNA loader, a replication factor C (RFC) variant, is specific ...The proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp encircles DNA to hold DNA polymerases (Pols) to DNA for processivity. The Ctf18-RFC PCNA loader, a replication factor C (RFC) variant, is specific to the leading-strand Pol (Polε). We reveal here the underlying mechanism of Ctf18-RFC specificity to Polε using cryo-electron microscopy and biochemical studies. We found that both Ctf18-RFC and Polε contain specific structural features that direct PCNA loading onto DNA. Unlike other clamp loaders, Ctf18-RFC has a disordered ATPase associated with a diverse cellular activities (AAA+) motor that requires Polε to bind and stabilize it for efficient PCNA loading. In addition, Ctf18-RFC can pry prebound Polε off of DNA, then load PCNA onto DNA and transfer the PCNA-DNA back to Polε. These elements in both Ctf18-RFC and Polε provide specificity in loading PCNA onto DNA for Polε.
履歴
登録2023年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41663.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41663.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.968 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.968 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.326
最小 - 最大-0.5911503 - 1.40892
平均 (標準偏差)0.008571329 (±0.059680644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41663_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41663_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ctf18-RFC-PCNA complex

全体名称: Ctf18-RFC-PCNA complex
要素
  • 複合体: Ctf18-RFC-PCNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 18
    • DNA: Primer DNA
    • DNA: Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein DCC1
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Ctf18-RFC-PCNA complex

超分子名称: Ctf18-RFC-PCNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Chromosome transmission fidelity protein 18

分子名称: Chromosome transmission fidelity protein 18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 3.171607 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
TVKIWVKYNE GFSNAVRKNV TWNNLW

UniProtKB: Chromosome transmission fidelity protein 18

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分子 #4: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

分子名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 255.992484 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MMFGKKKNNG GSSTARYSAG NKYNTLSNNY ALSAQQLLNA SKIDDIDSMM GFERYVPPQY NGRFDAKDID QIPGRVGWLT NMHATLVSQ ETLSSGSNGG GNSNDGERVT TNQGISGVDF YFLDEEGGSF KSTVVYDPYF FIACNDESRV NDVEELVKKY L ESCLKSLQ ...文字列:
MMFGKKKNNG GSSTARYSAG NKYNTLSNNY ALSAQQLLNA SKIDDIDSMM GFERYVPPQY NGRFDAKDID QIPGRVGWLT NMHATLVSQ ETLSSGSNGG GNSNDGERVT TNQGISGVDF YFLDEEGGSF KSTVVYDPYF FIACNDESRV NDVEELVKKY L ESCLKSLQ IIRKEDLTMD NHLLGLQKTL IKLSFVNSNQ LFEARKLLRP ILQDNANNNV QRNIYNVAAN GSEKVDAKHL IE DIREYDV PYHVRVSIDK DIRVGKWYKV TQQGFIEDTR KIAFADPVVM AFDIETTKPP LKFPDSAVDQ IMMISYMIDG EGF LITNRE IISEDIEDFE YTPKPEYPGF FTIFNENDEV ALLQRFFEHI RDVRPTVIST FNGDFFDWPF IHNRSKIHGL DMFD EIGFA PDAEGEYKSS YCSHMDCFRW VKRDSYLPQG SQGLKAVTQS KLGYNPIELD PELMTPYAFE KPQHLSEYSV SDAVA TYYL YMKYVHPFIF SLCTIIPLNP DETLRKGTGT LCEMLLMVQA YQHNILLPNK HTDPIERFYD GHLLESETYV GGHVES LEA GVFRSDLKNE FKIDPSAIDE LLQELPEALK FSVEVENKSS VDKVTNFEEI KNQITQKLLE LKENNIRNEL PLIYHVD VA SMYPNIMTTN RLQPDSIKAE RDCASCDFNR PGKTCARKLK WAWRGEFFPS KMDEYNMIKR ALQNETFPNK NKFSKKKV L TFDELSYADQ VIHIKKRLTE YSRKVYHRVK VSEIVEREAI VCQRENPFYV DTVKSFRDRR YEFKGLAKTW KGNLSKIDP SDKHARDEAK KMIVLYDSLQ LAHKVILNSF YGYVMRKGSR WYSMEMAGIT CLTGATIIQM ARALVERVGR PLELDTDGIW CILPKSFPE TYFFTLENGK KLYLSYPCSM LNYRVHQKFT NHQYQELKDP LNYIYETHSE NTIFFEVDGP YKAMILPSSK E EGKGIKKR YAVFNEDGSL AELKGFELKR RGELQLIKNF QSDIFKVFLE GDTLEGCYSA VASVCNRWLD VLDSHGLMLE DE DLVSLIC ENRSMSKTLK EYEGQKSTSI TTARRLGDFL GEDMVKDKGL QCKYIISSKP FNAPVTERAI PVAIFSADIP IKR SFLRRW TLDPSLEDLD IRTIIDWGYY RERLGSAIQK IITIPAALQG VSNPVPRVEH PDWLKRKIAT KEDKFKQTSL TKFF SKTKN VPTMGKIKDI EDLFEPTVEE DNAKIKIART TKKKAVSKRK RNQLTNEEDP LVLPSEIPSM DEDYVGWLNY QKIKW KIQA RDRKRRDQLF GNTNSSRERS ALGSMIRKQA ESYANSTWEV LQYKDSGEPG VLEVFVTING KVQNITFHIP KTIYMK FKS QTMPLQKIKN CLIEKSSASL PNNPKTSNPA GGQLFKITLP ESVFLEEKEN CTSIFNDENV LGVFEGTITP HQRAIMD LG ASVTFRSKAM GALGKGIQQG FEMKDLSMAE NERYLSGFSM DIGYLLHFPT SIGYEFFSLF KSWGDTITIL VLKPSNQA Q EINASSLGQI YKQMFEKKKG KIETYSYLVD IKEDINFEFV YFTDISKLYR RLSQETTKLK EERGLQFLLL LQSPFITKL LGTIRLLNQM PIVKLSLNEV LLPQLNWQPT LLKKLVNHVL SSGSWISHLI KLSQYSNIPI CNLRLDSMDY IIDVLYARKL KKENIVLWW NEKAPLPDHG GIQNDFDLNT SWIMNDSEFP KINNSGVYDN VVLDVGVDNL TVNTILTSAL INDAEGSDLV N NNMGIDDK DAVINSPSEF VHDAFSNDAL NVLRGMLKEW WDEALKENST ADLLVNSLAS WVQNPNAKLF DGLLRYHVHN LT KKALLQL VNEFSALGST IVYADRNQIL IKTNKYSPEN CYAYSQYMMK AVRTNPMFSY LDLNIKRYWD LLIWMDKFNF SGL ACIEIE EKENQDYTAV SQWQLKKFLS PIYQPEFEDW MMIILDSMLK TKQSYLKLNS GTQRPTQIVN VKKQDKEDSV ENSL NGFSH LFSKPLMKRV KKLFKNQQEF ILDPQYEADY VIPVLPGSHL NVKNPLLELV KSLCHVMLLS KSTILEIRTL RKELL KIFE LREFAKVAEF KDPSLSLVVP DFLCEYCFFI SDIDFCKAAP ESIFSCVRCH KAFNQVLLQE HLIQKLRSDI ESYLIQ DLR CSRCHKVKRD YMSAHCPCAG AWEGTLPRES IVQKLNVFKQ VAKYYGFDIL LSCIADLTI

UniProtKB: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

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分子 #5: Chromosome transmission fidelity protein 8

分子名称: Chromosome transmission fidelity protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.058493 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
PSVDIDASQW QKLTQSREKQ TTVITPLGMM MLEIQGELEL PKDFASLARR DSPNEGRFSE QDGETLIRFG SLQIDGERAT LFVGKKQRL LGKVTKLDVP MGIMHFNSKD NKVELVDVMK YKVIFKDRPL PIM

UniProtKB: Chromosome transmission fidelity protein 8

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分子 #6: Sister chromatid cohesion protein DCC1

分子名称: Sister chromatid cohesion protein DCC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 44.133785 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSINLHSAPE YDPSYKLIQL TPELLDIIQD PVQNHQLRFK SLDKDKSEVV LCSHDKTWVL KQRKHSNTVL LMREFVPEQP ITFDETLLF GLSKPYMDVV GFAKTESEFE TRETHGELNL NSVPIYNGEL DFSDKIMKRS STKVIGTLEE LLENSPCSAL E GISKWHKI ...文字列:
MSINLHSAPE YDPSYKLIQL TPELLDIIQD PVQNHQLRFK SLDKDKSEVV LCSHDKTWVL KQRKHSNTVL LMREFVPEQP ITFDETLLF GLSKPYMDVV GFAKTESEFE TRETHGELNL NSVPIYNGEL DFSDKIMKRS STKVIGTLEE LLENSPCSAL E GISKWHKI GGSVKDGVLC ILSQDFLFKA LHVLLMSAMA ESLDLQHLNV EDTHHAVGKD IEDEFNPYTR EIIETVLNKF AV QEQEAEN NTWRLRIPFI AQWYGIQALR KYVSGISMPI DEFLIKWKSL FPPFFPCDID IDMLRGYHFK PTDKTVQYIA KST LPMDPK ERFKVLFRLQ SQWDLEDIKP LIEELNSRGM KIDSFIMKYA RRKRLGKKTV VTSR

UniProtKB: Sister chromatid cohesion protein DCC1

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分子 #2: Primer DNA

分子名称: Primer DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 2.737795 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)

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分子 #3: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.567998 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DC)(DA)

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分子 #7: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 385806
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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