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万見
- EMDB-41644: Langya henipavirus postfusion fusion protein in complex with 4G5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41644
タイトルLangya henipavirus postfusion fusion protein in complex with 4G5 Fab (global refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: Langya henipavirus postfusion fusion protein in complex with 4G5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Langya henipavirus fusion protein in postfusion state
    • タンパク質・ペプチド: 4G5 Fab heavy chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: 4G5 Fab light chain variable domain
キーワードLangya / henipavirus / fusion protein / postfusion / LayVF / SSGCID / VIRAL PROTEIN
生物種Langya virus (ウイルス) / Mus sp. (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang Z / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure and design of Langya virus glycoprotein antigens.
著者: Zhaoqian Wang / Matthew McCallum / Lianying Yan / Cecily A Gibson / William Sharkey / Young-Jun Park / Ha V Dang / Moushimi Amaya / Ashley Person / Christopher C Broder / David Veesler /
要旨: Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which ...Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which are the main targets of neutralizing antibodies. We show here that the LayV F and G glycoproteins promote membrane fusion with human, mouse, and hamster target cells using a different, yet unknown, receptor than Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) and that NiV- and HeV-elicited monoclonal and polyclonal antibodies do not cross-react with LayV F and G. We determined cryoelectron microscopy structures of LayV F, in the prefusion and postfusion states, and of LayV G, revealing their conformational landscape and distinct antigenicity relative to NiV and HeV. We computationally designed stabilized LayV G constructs and demonstrate the generalizability of an HNV F prefusion-stabilization strategy. Our data will support the development of vaccines and therapeutics against LayV and closely related HNVs.
履歴
登録2023年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41644.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 480 pix.
= 472.08 Å		0.98 Å/pix.
x 480 pix.
= 472.08 Å		0.98 Å/pix.
x 480 pix.
= 472.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.9868132 - 2.8311188
平均 (標準偏差)0.0005579848 (±0.03304321)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 472.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened

ファイルemd_41644_additional_1.map
注釈Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41644_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41644_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Langya henipavirus postfusion fusion protein in complex with 4G5 Fab

全体名称: Langya henipavirus postfusion fusion protein in complex with 4G5 Fab
要素
  • 複合体: Langya henipavirus postfusion fusion protein in complex with 4G5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Langya henipavirus fusion protein in postfusion state
    • タンパク質・ペプチド: 4G5 Fab heavy chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: 4G5 Fab light chain variable domain

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超分子 #1: Langya henipavirus postfusion fusion protein in complex with 4G5 Fab

超分子名称: Langya henipavirus postfusion fusion protein in complex with 4G5 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Langya virus (ウイルス)

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分子 #1: Langya henipavirus fusion protein in postfusion state

分子名称: Langya henipavirus fusion protein in postfusion state
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Langya virus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFLKSAIIC YLLFYPHIVK SSLHYDSLSK VGIIKGLTYN YKIKGSPSTK LMVVKLIPNI DGVRNCTQKQ FDEYKNLVKN VLEPVKLALN AMLDNVKSGN NKYRFAGAIM AGVALGVATA ATVTAGIALH RSNENAQAIA NMKNAIQNTN EAVKQLQLAN KQTLAVIDTI ...文字列:
MAFLKSAIIC YLLFYPHIVK SSLHYDSLSK VGIIKGLTYN YKIKGSPSTK LMVVKLIPNI DGVRNCTQKQ FDEYKNLVKN VLEPVKLALN AMLDNVKSGN NKYRFAGAIM AGVALGVATA ATVTAGIALH RSNENAQAIA NMKNAIQNTN EAVKQLQLAN KQTLAVIDTI RGEINNNIIP VINQLSCDTI GLSVGIKLTQ YYSEILTAFG PALQNPVNTR ITIQAISSVF NRNFDELLKI MGYTSGDLYE ILHSGLIRGN IIDVDVEAGY IALEIEFPNL TLVPNAVVQE LMPISYNVDG DEWVTLVPRF VLTRTTLLSN IDTSRCTVTE SSVICDNDYA LPMSYELIGC LQGDTSKCAR EKVVSSYVPR FALSDGLVYA NCLNTICRCM DTDTPISQSL GTTVSLLDNK KCLVYQVGDI LISVGSYLGE GEYSADNVEL GPPVVIDKID IGNQLAGINQ TLQNAEDYIE KSEEFLKGIN PSMKQIEDKI EEILSKIYHI ENEIARIKKL IGEAPGGSIE GRGSGGGSHH HHHH

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分子 #2: 4G5 Fab heavy chain variable domain

分子名称: 4G5 Fab heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
配列文字列:
EVQLQQSGAD LVKPGASVKL SCTASGFNIK DTYIHWVKQR PEQGLEWIGR IDPANDNFKY DPKFQGKATI TTDTSSNTAY LQLSSLTSED TAVYYCASVI TTTGYALDYW GQGTSVTVSS

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分子 #3: 4G5 Fab light chain variable domain

分子名称: 4G5 Fab light chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
配列文字列:
DIQMTQSPAS LSASVGETVT ITCRASGNIH NYLAWYQQKQ GKSPQLLVYS AKTLADGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQP EDFGSYYCQH FWSSPRTFGG GTKLEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 24 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60440
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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