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- EMDB-41643: Langya Virus G glycoprotein (LayV G) with stabilizing mutations -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41643
タイトルLangya Virus G glycoprotein (LayV G) with stabilizing mutations
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Stabilized Langya virus attachment glycoprotein LayVG
    • タンパク質・ペプチド: Langya virus attachment glycoprotein G
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
キーワードLayVG / LayV / G protein / attachment protein / attachment glycoprotein / Langya virus / protein design / protein stabilization / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN
生物種Langya virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者McCallum M / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure and design of Langya virus glycoprotein antigens.
著者: Zhaoqian Wang / Matthew McCallum / Lianying Yan / Cecily A Gibson / William Sharkey / Young-Jun Park / Ha V Dang / Moushimi Amaya / Ashley Person / Christopher C Broder / David Veesler /
要旨: Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which ...Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which are the main targets of neutralizing antibodies. We show here that the LayV F and G glycoproteins promote membrane fusion with human, mouse, and hamster target cells using a different, yet unknown, receptor than Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) and that NiV- and HeV-elicited monoclonal and polyclonal antibodies do not cross-react with LayV F and G. We determined cryoelectron microscopy structures of LayV F, in the prefusion and postfusion states, and of LayV G, revealing their conformational landscape and distinct antigenicity relative to NiV and HeV. We computationally designed stabilized LayV G constructs and demonstrate the generalizability of an HNV F prefusion-stabilization strategy. Our data will support the development of vaccines and therapeutics against LayV and closely related HNVs.
履歴
登録2023年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41643.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 440 pix.
= 391.6 Å		0.89 Å/pix.
x 440 pix.
= 391.6 Å		0.89 Å/pix.
x 440 pix.
= 391.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.0830238 - 4.8504286
平均 (標準偏差)0.000020627871 (±0.08343676)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 391.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_41643_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map b

ファイルemd_41643_half_map_1.map
注釈half map b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map a

ファイルemd_41643_half_map_2.map
注釈half map a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Stabilized Langya virus attachment glycoprotein LayVG

全体名称: Stabilized Langya virus attachment glycoprotein LayVG
要素
  • 複合体: Stabilized Langya virus attachment glycoprotein LayVG
    • タンパク質・ペプチド: Langya virus attachment glycoprotein G
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Stabilized Langya virus attachment glycoprotein LayVG

超分子名称: Stabilized Langya virus attachment glycoprotein LayVG
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Langya virus (ウイルス)

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分子 #1: Langya virus attachment glycoprotein G

分子名称: Langya virus attachment glycoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Langya virus (ウイルス)
分子量理論値: 68.051281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTRLTVLALL AGLLASSRAS GPHHHHHHHH GSSPQAEELK AIKEELKAIK EELKAIKEEL KAIQAMLKII QDEVNSKLEM LVSLDQLVK TEIKPKVSLI NTAVSVSIPA QISNLQTKVL QKLVYLEESI TKQCTCNPLS GIFPTTKPPP PPTDKPDDDT T DDDKVDTT ...文字列:
MTRLTVLALL AGLLASSRAS GPHHHHHHHH GSSPQAEELK AIKEELKAIK EELKAIKEEL KAIQAMLKII QDEVNSKLEM LVSLDQLVK TEIKPKVSLI NTAVSVSIPA QISNLQTKVL QKLVYLEESI TKQCTCNPLS GIFPTTKPPP PPTDKPDDDT T DDDKVDTT IKPVEYYKPD GCNKTNDHFT MQPGVNFYTV PNLGPSSSSA DECYTNPSFS IGSSIYMFSQ EIRKTDCTTG EI LSIQIVL GRIVDKGQQG PQASPLLVWS VPNPKIINSC AVAAGDETGW VLCSVTLTAA SGEPIPHMFD GFWLYKFEPD TEV VAYRIT GFAYLLDKVY DSVFIGKGGG IQRGNDLYFQ MFGLSRNRQS IKALCEHGSC LGTGGGGYQV LCDRAVMSFG SEES LISNA YLKVNDVASG KPTIISQTFP PSDSYKGSNG RIYTIGERYG IYLAPSSWNR YLRFGLTPDI SVRSTTWLKE KDPIM KVLT TCTNTDKDMC PEICNTRGYQ DIFPLSEDSS FYTYIGITPS NEGTKSFVAV KDDAGHVASI TILPNYYSIT SATISC FMY KEEIWCIAVT EGRKQKENPQ RIYAHSYRVQ KMCFNIKPAS VVTSLPSNVT IRS

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 145167
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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