[日本語] English
万見
- EMDB-41612: Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41612
タイトルCryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited MKLN1 tetramer
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited MKLN1 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Muskelin
キーワードE3 ubiquitin ligase / CTLH complex / substrate adapter recruitment / PROTEIN BINDING / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic specialization membrane of symmetric synapse / postsynaptic endosome membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / regulation of receptor internalization / vesicle-mediated transport in synapse / ubiquitin ligase complex / ruffle / Regulation of pyruvate metabolism / cell-matrix adhesion / GABA-ergic synapse ...postsynaptic specialization membrane of symmetric synapse / postsynaptic endosome membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / regulation of receptor internalization / vesicle-mediated transport in synapse / ubiquitin ligase complex / ruffle / Regulation of pyruvate metabolism / cell-matrix adhesion / GABA-ergic synapse / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / cell cortex / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Attractin/LZTR1 beta-propeller / Muskelin, N-terminal / : / Muskelin N-terminus / Galactose oxidase, central domain / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Lissencephaly type-1-like homology motif ...: / Attractin/LZTR1 beta-propeller / Muskelin, N-terminal / : / Muskelin N-terminus / Galactose oxidase, central domain / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Kelch-type beta propeller / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Chana CK / Keszei AFA / Sicheri F
資金援助 カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-178026 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-180338 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-186218 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: FAM72A degrades UNG2 through the GID/CTLH complex to promote mutagenic repair during antibody maturation.
著者: Philip Barbulescu / Chetan K Chana / Matthew K Wong / Ines Ben Makhlouf / Jeffrey P Bruce / Yuqing Feng / Alexander F A Keszei / Cassandra Wong / Rukshana Mohamad-Ramshan / Laura C McGary / ...著者: Philip Barbulescu / Chetan K Chana / Matthew K Wong / Ines Ben Makhlouf / Jeffrey P Bruce / Yuqing Feng / Alexander F A Keszei / Cassandra Wong / Rukshana Mohamad-Ramshan / Laura C McGary / Mohammad A Kashem / Derek F Ceccarelli / Stephen Orlicky / Yifei Fang / Huihui Kuang / Mohammad Mazhab-Jafari / Rossanna C Pezo / Ashok S Bhagwat / Trevor J Pugh / Anne-Claude Gingras / Frank Sicheri / Alberto Martin /
要旨: A diverse antibody repertoire is essential for humoral immunity. Antibody diversification requires the introduction of deoxyuridine (dU) mutations within immunoglobulin genes to initiate somatic ...A diverse antibody repertoire is essential for humoral immunity. Antibody diversification requires the introduction of deoxyuridine (dU) mutations within immunoglobulin genes to initiate somatic hypermutation (SHM) and class switch recombination (CSR). dUs are normally recognized and excised by the base excision repair (BER) protein uracil-DNA glycosylase 2 (UNG2). However, FAM72A downregulates UNG2 permitting dUs to persist and trigger SHM and CSR. How FAM72A promotes UNG2 degradation is unknown. Here, we show that FAM72A recruits a C-terminal to LisH (CTLH) E3 ligase complex to target UNG2 for proteasomal degradation. Deficiency in CTLH complex components result in elevated UNG2 and reduced SHM and CSR. Cryo-EM structural analysis reveals FAM72A directly binds to MKLN1 within the CTLH complex to recruit and ubiquitinate UNG2. Our study further suggests that FAM72A hijacks the CTLH complex to promote mutagenesis in cancer. These findings show that FAM72A is an E3 ligase substrate adaptor critical for humoral immunity and cancer development.
履歴
登録2023年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_41612.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41612.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 324 pix.
= 267.3 Å		0.83 Å/pix.
x 324 pix.
= 267.3 Å		0.83 Å/pix.
x 324 pix.
= 267.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報0.41250.41250.4125
CCP4マップ ヘッダ情報0.8250.8250.825
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-0.32015845 - 0.9423437
平均 (標準偏差)0.0024185418 (±0.03280106)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 133.65 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_41612_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: deepEMhancer sharpened map

ファイルemd_41612_additional_1.map
注釈deepEMhancer sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_41612_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_41612_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited ...

全体名称: Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited MKLN1 tetramer
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited MKLN1 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Muskelin

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited ...

超分子名称: Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited MKLN1 tetramer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: From focused refinement of MKLN1 tetramer
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Muskelin

分子名称: Muskelin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.202195 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHSAV DENLYFQGGG RAAGGAVAAA PECRLLPYAL HKWSSFSSTY LPENILVDKP NDQSSRWSSE SNYPPQYLIL KLERPAIVQ NITFGKYEKT HVCNLKKFKV FGGMNEENMT ELLSSGLKND YNKETFTLKH KIDEQMFPCR FIKIVPLLSW G PSFNFSIW ...文字列:
MHHHHHHSAV DENLYFQGGG RAAGGAVAAA PECRLLPYAL HKWSSFSSTY LPENILVDKP NDQSSRWSSE SNYPPQYLIL KLERPAIVQ NITFGKYEKT HVCNLKKFKV FGGMNEENMT ELLSSGLKND YNKETFTLKH KIDEQMFPCR FIKIVPLLSW G PSFNFSIW YVELSGIDDP DIVQPCLNWY SKYREQEAIR LCLKHFRQHN YTEAFESLQK KTKIALEHPM LTDIHDKLVL KG DFDACEE LIEKAVNDGL FNQYISQQEY KPRWSQIIPK STKGDGEDNR PGMRGGHQMV IDVQTETVYL FGGWDGTQDL ADF WAYSVK ENQWTCISRD TEKENGPSAR SCHKMCIDIQ RRQIYTLGRY LDSSVRNSKS LKSDFYRYDI DTNTWMLLSE DTAA DGGPK LVFDHQMCMD SEKHMIYTFG GRILTCNGSV DDSRASEPQF SGLFAFNCQC QTWKLLREDS CNAGPEDIQS RIGHC MLFH SKNRCLYVFG GQRSKTYLND FFSYDVDSDH VDIISDGTKK DSGMVPMTGF TQRATIDPEL NEIHVLSGLS KDKEKR EEN VRNSFWIYDI VRNSWSCVYK NDQAAKDNPT KSLQEEEPCP RFAHQLVYDE LHKVHYLFGG NPGKSCSPKM RLDDFWS LK LCRPSKDYLL RHCKYLIRKH RFEEKAQVDP LSALKYLQND LYITVDHSDP EETKEFQLLA SALFKSGSDF TALGFSDV D HTYAQRTQLF DTLVNFFPDS MTPPKGNLVD LITL

UniProtKB: Muskelin

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.08 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: AlphaFold2 model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159095
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

ul63

chain_id: A, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

ul63

chain_id: B, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化温度因子: 168.75
得られたモデル

PDB-8ttq:
Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited MKLN1 tetramer

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る